這時整個馬尼拉城裏己是一遍大亂，到處都是槍聲、爆炸聲，西班牙士兵，土著兵、馬尼拉城裏的居民都像沒頭的蒼蠅一樣，在城裏四處亂跑，因爲誰也沒有想到，号稱固若金湯的馬尼拉城竟然隻用了兩天的時間，就被中華軍給攻破了，确切的說，中華軍開始正式的攻城，實際隻用了一天的時間。因此誰都沒有做好逃跑撤離的準備，而現在中華軍攻入馬尼拉城之後，這才都着了慌，有些人趕忙七手八腳的收拾東西，也有人幹脆什厶都不拿，沖出了家門，尋路逃跑，結果互相推擠踐踏，還有一些人被誤殺。當然也有少數人趁火打劫，悶聲發财。
馬尼拉城的城市規模本來就不大，不一會兒查孔就帶人退到城市中心的十字路處，菲律賓總督府和奧古斯丁大教堂在這裏各占一個尖角。這時在查孔身邊聚集了兩百多名西班牙士兵，而且邦班牙部的酋長阿諾基三世也帶着一百多名護衛隊，和他們彙合在一起。
而幾經颠波之後，昏迷的大主教也終于酲來，幾個人立刻聚在一起商議，下一步該怎麽辦，阿諾基三世建議，馬尼拉城是守不住了，因此不如先退到邦班牙部去，然後再另想其他的辦法。
事到如今也沒有其他的路可走了，因此查孔和弗朗西斯科也隻好決定，先到邦班牙部去暫躲一時，然後再做打算。
就在這時，從斜刺裏忽然殺出一支中華軍，一下子将他們的隊伍給沖亂了，弗朗西斯科和阿諾基三世在一起，趕忙向另一個城方的方向逃去，而查孔卻被這支中華軍給擋住，殺不出去，被打得退進了總督府裏拒守。但這時中華軍己經基本控制住馬尼拉城，于是将總督府給團團圍住。
查孔抵擋了一會，也知道現在大勢已去，因此隻好舉手投降。而這時大主教卻在阿諾基三世的保護下，終于從馬尼拉城裏逃了出去，到邦班牙部去暫時躲避。
到下午三時左右，馬尼拉城裏的戰鬥基本結束，中華軍己經完全控制了馬尼拉城，商毅接到消息之後，才帶領着衆人進駐馬尼拉城，這座像征着西班牙在馬尼拉的殖民統治的城市，也正式迎來了他的新主人。
這時中華軍的士兵正在清理着城市裏的屍體和血迹，搜查有沒有漏網的西班牙人，并且查封庫房，等着有人束清點。不過總督府己經率先清理出來，做爲中華軍在馬尼拉的臨時指揮部，商毅和中華軍的主要将領都入住到總督裏，阿科尼亞住進了對面的奧古斯了大教堂裏。而張庚秋等其他主要的華人成員住進總督府傍邊的基他房屋裏。因爲現在馬尼拉的居民己經全部都被抓捕起來，集中關押，所有的房屋也都空置了下來。
到了晚上，戰果也統計出來，這一戰中華軍隻陣亡了一百八十七名士兵，另有二百一十三人受傷，而打死了西班牙士兵五百七十五人，待從兵三百二十七人，土著兵兩千三百四十六人，城中居民死亡六百六十九人，其中有一百三十二人是西班牙人。俘虜西班牙士兵四百三十三人，其中軍官有十二人，包括總督查孔和摩萊爾上校。待從兵二百八十二人，土著兵一千二百七十五人。城中居民二千八百五十二人，包括西班牙一千二百四十四人。另外還有傳教士五十七人。但在死亡人員和俘虜中，并沒有發現大主教弗朗西科。
另外還繳獲火槍四百餘支，火炮五門，刀槍武器等三千餘件，還有二十六匹安達盧西亞馬。糧食約有兩千餘石不過在馬尼拉城中搜找出來大量的金銀，不過種類繁多，各國的金銀币，金錠銀錠也有，而且居然還發現數百枚中華寶币。
将金銥全部測算成重量之後，黃金有八萬四千八百餘兩，白銀有一百一十七萬五千餘兩，另外還發現了不少貴重物品，粗略估算，大約價值中華寶币三百萬圓左右。而其中居然有四分之一的錢财，是在奧古斯丁大教堂裏發現的，這還不算教堂裏裝飾的金銀制品，看來馬尼拉的洋和尚也屬于先富起來的那一批人。
商毅也不禁大爲高興，雖然說在攻下聖地亞哥堡之後，奪到了十幾艘戰船，造船廠，都價值不菲，但這些并非真金白銀，而在搜找到這批錢财之後，這一次海外作戰，又是一次賺得盆滿缽滿的戰鬥。回去以後，對内閣也有交待了。而且西班牙人在菲律賓地區殖民八十餘年的積累财富，果然不是一個小數字啊。可惜這就是家門口的風水寶地，在另一時空裏的中國，居然拱手讓給了他人。
正當商毅因爲又大賺一筆而高興的時候，阿科尼亞從奧古斯丁教堂過來求見。
這時已經是深夜十點多鍾的時間，将阿科尼亞讓到客廳裏坐下之後，商毅才笑道：“神父，這麽晚了，來找我有事嗎？”
阿科尼亞的神情有一些尴尬，道：“我來是想向陛下詢問，對于抓住的那些修道士，陛下打算怎樣處置他們。”
商毅道：“神父，我以前就說得很清楚了，如果是無辜的人，我絕不會胡亂殺戮，但如果是煽動、組織、參加了這次大屠殺的人，我決不會輕僥，例如馬尼拉的大主教弗朗西斯科，我可以明确的告神父，這個人被我抓住，結局決對是被處死，其他的人則根據他罪行，給予處罰。不過我會組織一個調查會，對這些修道士在這次大屠殺中的行爲進行詳細調查，不會冤枉一個人，也不會放過一個人。當然如果神父不放心，你也可以加入這個調查會。”
阿科尼亞苦笑了一聲，道：“我隻想請陛下能夠網開一面，僥恕了他們。”
其實阿科尼亞當然知道商毅的決定，剛才在教堂裏，他也詢問過那些被抓的修道士，按照商毅的标準，絕大多數都将有罪，而被處死的人數估計會占到一半以上，雖然這些修道士和阿科尼亞不屬于同一修道，但畢竟是一個祖師爺的門下，阿科尼亞心裏總有過已不去，因此這才趕來來向商毅救情。
商毅的臉色變得嚴肅起來，道：“神父，我們相識了有五年的時間，你應該清楚，我是一個怎樣的人。雖然我并不信仰任何的宗教，但我并不會阻止任何宗教在我的治下傳播，也不會制止我治下的人民信仰任合的宗教。”
阿科尼亞也點了點頭，道：“陛下，您确實是一個開明的君主，雖然您并非主的信徒，但我們和教皇冕下仍然視您爲我們教會的最好朋友。”
商毅道：“神父，我也非常感謝您和教皇冕下的友誼。但這并不表示我會寬恕這些有罪的修道士們，這一次我爲什麽會出兵來進攻馬尼拉，而馬尼拉大主教，還有奧古斯丁會的傳教士在這次大屠殺中，扮演了一個什麽樣的角色，您應該很清楚。如果他們的罪行能夠得到寬恕的話，那麽那些在這次大屠殺中死難的華人的冤屈，又到那裏去申訴，難到就是因爲他們不是天主教的教徒，連生存的權力都沒有了嗎？”
阿科尼亞苦笑了一聲，道：“您應該知道，我們一向都反對将異教徒采用極端手。”
商毅道：“但這隻能代神父你的個人觀點，并不是所有修道士都有這樣的想法。天主教會屠殺異教徒的曆史，也不是一天兩天的時間了，從十字軍東征的時代就己經開始了，神父，我說得對嗎？”
阿科尼亞也隻付尴尬的笑了笑，沒有說話。
商毅道：“這些都是過去的曆史，我可以不理會，而且現在的教會也不用爲過去的曆史付責，不過現在天主教會在歐州仍然擁有許多的特權，但這是在歐州，而在我治下的地方，任何一個宗教都不會有特殊的權力，也都必須尊從世俗的法律，觸犯了法律，就必須接受世俗的審判。如果天主教會想在我治下的地方進行傳播，也就必須接受我的條件，神父，這一點您應該很明白。”
話說到這個份上，阿科尼亞那還會再不知趣的再勸下去，反正自己也盡力最大的努力，做到仁至義盡，要怪就隻能怪這些奧古斯丁會的修道士們自己自作孽。因此也起身道：“陛下，爲了這件事情，打撓您的休息，萬分的抱欠，我告辭了。”
商毅也起身相送，道：“神父，馬尼拉的事情結束之後，我會寫信給羅馬的教皇冕下，告訴他馬尼拉發生的事情，并向他請求招回其他的修會，将馬尼拉教區交給耶稣會來管理。因此也希望您也能寫信給教皇，如實的向他說明馬尼拉的事情經過。”
阿科尼亞聽了，心裏也不禁一喜，現在中國教區是耶稣會一家的天下，如果馬尼拉教區再被耶稣會獨占，那麽耶稣會在亞州的勢大将會得到極大的擴展。不過這件事情還是要和馬尼拉的耶稣會主教商量一下。