随後商毅也立刻開始安排布置，南京政府在菲賓律設有兩個商館，不過所謂商館，其實就是一個小型的城堡，平時可以儲貨住人，在突發事情發生之後，也可以轉變成爲戰鬥堡壘。不過菲律賓畢竟不是琉球，南京政府不可能名目張膽将商館修建成軍營，因此毎個商館的面積都不大，最多隻能容納三千人左右。
現在調集兵力，戰船，準備物資，還需要一定的時間，好在是目前所知的消息來看，大屠殺尚未發生，因此商毅首先下令段鵬，從南京軍區的特種師中，抽調出二個營的兵力，必須是最精銳的人馬，立刻随商船一起出發，趕奔馬尼拉，做爲先期的軍隊，一但屠殺事件發生，就地展開與西班牙軍戰鬥，同時守住商館和港口，爲後面的大隊人馬到來，先期建立一個灘頭基地。
同時随商船一同還帶出大批的武器，好在大屠殺發生之後，武裝當地華人，與西班牙殖民者和當地土著戰鬥。
另外上一次兵工廠向商毅展示的幾件新式武器，己經過去了三個多月，也都各制造出來一些，商毅也決定給先頭部隊裝配一部份，利用這次戰鬥，試驗一下這些武器的性能。裝配的武器有速射一型、二型步槍各一百二十支，六管、九管、十二轉輪連發槍各二十架，單管鬥方填彈連發槍五十架，多管填彈連發槍十架，還包括有二十門火炮、雖然其中沒有重型火炮，但卻帶了不少霹靂火箭。還有大量的手榴彈。
而段鵬接令之後，也向商毅推薦了南京軍區第七軍特種師特種三團的第一五營和第二十三營，由團長宋協昌親自帶隊。特種七團是一個老番号特種部隊，而這兩個營也是特種兵裏的王牌，當初商家軍強攻天險仙霞關，就是由這兩個營擔任主攻，當時宋協昌還是一個營長，在重新整編軍隊之後，晉升爲團長。當年從懸崖峭壁爬上仙霞嶺的那一個班幸存的三名士兵中，班長房箴己經出任一五營營長、戰士劉曉一、溫中都晉升爲連長，因此兩個營也确實是精英部隊。
商毅對段鵬的安排也十分滿意，并且接見了宋協昌、房箴和另一名營長韋章裕，告訴他們這一戰的重要性。
而張庚秋得知商毅果然派出人馬，出征菲律賓之後，又一次來求見商毅，自告奮勇要帶着自己一家随軍一起出戰，幫助第一批軍隊，同時也可以組織當地的華人，一起團結起來，抵抗西班牙人。而商毅也考慮到，有一個在當地有一定影響力的人出面，對先期部隊确實有幫助，因此也同意了張庚秋的請求，并對他們一家再三感謝，同時又咛囑宋協昌，一定要保護好他們一家的安全。
最後商毅還決定，出動自己一支暗藏的軍隊，大明版的加勒比海盜，李華梅艦隊，支援對菲作戰。
自從将李華梅的海盜經過包裝之後，李華梅就帶領着這支山寨版的加勒比海盜，在南洋一帶海面上打劫外籍商船,搶到的商品貨物就送到杭州來銷髒,并且換取軍需物資、糧食、武器、戰船等等，裝配自己的海盜部隊，因此現在李華梅的海盜團隊勢力大增，雖然還達不到當年十八芝那樣的水平，但也不再在小打小鬧的小毛賊了。
因爲她們活動的地方遍及整個南洋地區，而且随時都可以出動，因此商毅也決定動用這支秘密艦隊，從海上支援先期低菲的部隊作戰，在必要的時候，還可以登陸作戰。
随後商毅又找到在南京的天主教傳教士，直接告訴他們，自己将要向菲律賓發動進攻，要求派出一名洋和尚，爲自己向西班牙人傳遞警告，并且将王夫之所寫的谕文翻譯成西班牙文，請洋和尚帶給查孔。
湯若望得知西班牙人又要在菲律賓搞大屠殺，也不禁大吃一驚，他當然知道，商毅可不同于他以後見過的幾名中國皇帝，把商毅比作中國的亞利山大大帝或是凱薩大帝也絲毫不爲過，如果他說要進攻馬尼拉，那可就絕不是說着玩的，而且他對雙方的實力也有所了解，也知道西班牙人根本就不是南京政府的對手。
當然湯若望但心的并不是西班牙人的命運，而是自己在菲律賓的那些同行們。正是漏底怕老鄉，湯若望當然知道在菲律賓的同行們是什麽徳行。
在大航海時代開始的時候，葡萄牙人口号是“種族與靈魂”，而西班牙人的口号則是“黃金、榮耀和福音”，基本上都帶着宗教聖戰的影子。可以說從大船海時代的開始，也是天主教會對外擴張的開始。而這其中又以西班牙人的宗教信仰更爲狂熱一些。因爲現在的西班牙哈布斯堡王朝就是以天主教會的保護者而自居。
菲律賓已經是西班牙人的天下，因此天主教會在菲律賓的勢力極大，傳教士多達數百人，由其是馬尼拉大主教，可以參與菲律賓的重大決策事務，連曆任的菲律賓總督也要讓他幾分。
而天主教會在菲律賓傳教活動可不比在中國，像個小媳婦一樣處處小心，處處委屈求全。完全可以橫着走，各地的分舵都設有宗教審判所這一機構，隻要指定誰是異教徒，就會立刻被抓走關進審判所裏。因爲中國人信仰宗教往往都是多種宗教并存，而天主教本身帶有很強的排他性，完全是唯我獨尊，因此在傳教士的眼裏，中國人絕對都是異教衆，都該死，在前二次馬尼拉大屠殺中，天主教會也起了不小的煽動作用，有少數傳教士甚緻還親自操刀上陣，殘殺了不少華僑。
湯若望當然知道，商毅對天主教其實半點信仰都沒有，因此如果這些傳教士落到商毅手裏，下場自然是可想而知。盡管湯若望對自己的這些同行的行爲也不贊同，但畢竟都是同一個組織的人，也不希望他們死在商毅手裏。但天主教會在馬尼拉的成份及爲複雜，大體分四個教會：奧古斯丁會，方濟各會，多明我會，耶稣會。而在中國隻有耶稣會這一個教會，這幾個教會互相之間也存在競争，因此中國教會最多隻能在馬尼拉的耶稣會中說得上話，和其他幾個組織，基本都沒有來往。就算想幫忙調解，也使不上力。
而接到了商毅的要求之後，湯若望和其他洋和尚們商議于一夜，最後決定，派阿科尼亞爲首，帶領傅汎際、陽瑪諾、郭納爵三名葡萄牙籍傳教士，一起趕奔菲律賓，首先盡力調解雙方的關系，如果實在調解不了，則盡可能保全一部份傳教士，以及教堂、教衆，當然是在保證自己站穩中國一方立場的情況下，畢竟自己的利益才是最重要的，付不容易在中國打開了這麽一個局面，湯若望也不想放棄。湯若望到是也聽說過中國的那句老話：死道友不死貧道。
就這樣，在三天以後，六艘裝載着士兵、傳教士、武器、糧食、彈藥以及爲了掩人耳目而帶上的少量商品的商船從杭州出發，駛向菲律賓而去。
而在另一方面，內閣派去和清廷來使交涉的官員也和他們碰了面，但雙方隻談了一次，就立刻談崩了，因爲清廷根本就不想割讓任合的土地，隻想以現在的疆土爲邊界，簽定和約，這顯然和商毅的要求不符。當然這一次出面的都是小人物，隻付責傳話，而沒有決策權，無論是談成還是談崩，都不是他們所能拍扳決定的。因此隻能互相表示，回去請示上級，再做定奪。
商毅接到回報之後，也有些覺得好笑，覺得多爾衮似乎有一點很傻很天真，如果以現有基礎還談個毛。當然也不排除多爾衮隻試探一下自己的态度，談不成就談不成，那樣打起來也就全無顧忌了。當然現在這個時候，還是全力準備菲律賓的戰鬥。
不過這時也有好消息傳來，就在六月二十二日，亞莉桑德拉生下了一個女孩，這也是商毅的第二個女兒。雖然前兩個孩子都是女兒，但商毅依然十分高興，因爲他對男孩女孩一樣看待，雖然說作爲君主，誕下一個男孩來繼承事業可以說是一個必須完成的任務，但現在商毅也還年輕，還有足夠的時間，何況家裏還有一個孕婦。
但就在合府上下都沉浸在一片喜悅之情裏的時候，安全部的周琦來求見商毅，遞給商毅幾份報告。商毅看完之後，也不禁臉大變，道：“競有這種事情。”
周琦點點頭，道：“回禀王爺，千真萬确，決無虛假。”
商毅把這幾份報告又看了一遍，才指着幾處地方，道：“這裏有幾點疑問的地方，你馬上分派人手，去查清楚，緻于怎麽處置，由我來處珵。”
周琦答應了一聲，立刻退下。而商毅坐在椅子上，久久無語。