當然顧炎武現在也知道，能夠得到這樣的結果，完全是因爲商毅将自己的案子先定好性，後來才一切迎刃而解。因此在出獄之後，也趕到了南京，想讓黃宗羲引見，當面像商毅表示感謝。
而商毅己經見過了這三大宗師中的兩位，當然不會錯過這最後一位，也和王夫之一起，接見了顧炎武和黃宗羲。這也是明末三大宗師的第一次聚集。當然現在他們三人雖然都己經以學術而名揚天下，但還沒有達到宗師級的高度，畢竟三個人的年紀都還不大，最年長的黃宗羲也不過才三十九歲、最年輕的王夫之隻有二十九歲，顧炎武正好居中，三十五歲。在另一時空裏，三人都是到了晚年之後，才集學術大成。
見面之後，商毅首先向顧炎武表示了歉意，認爲是蘇州府處理事情不當，才使顧炎武經受了一個半月的牢獄之災。而自己身爲靖北王，也有失職之過，當然這隻是一種表示姿态。不過也讓顧炎武頗有些感動，盡管他也知道，商毅是在故作姿态，但能做出這種姿态，也相當難得了，因此也對商毅再三緻謝。
雙方都客氣了幾句之後，商毅才道：“我對亭林先生的學識素來崇敬，不知這這次亭林先生返回鄉裏，還有何打算呢？”
顧炎武苦笑了一聲，道：“炎武己是前朝遺民，又還能有什麽打算，不過是終老鄉裏、埋頭治學，然後教徒授業，最後老死林泉之下，也就足矣了。”
商毅也笑道：“亭林先生不是說過，‘天下興亡，匹夫有責’，又言‘有亡國，有亡天下’如今明朝雖已亡，但天下尚在，‘保國者，其君臣肉食者謀之。保天下者，匹夫之賤，與有責焉耳矣’。亭林先生難到不是與有責焉耳矣嗎？”
聽到商毅引用自巳的話，顧炎武心裏多少也有些得意，但依然道：“話雖如此，但炎武不過一介書生，手無縛雞之力，又能有何用。而王爺以一已之力，兩挫清虜南侵之舉，如今坐擁六省之地，沃野千裏、帶甲百萬，有長江之險，海濱之利。以王爺之雄才大略，必能北伐中原、收複失地、驅逐鞑虜、恢複中華。因此隻要是有王爺在，我漢族天下，也就不會有滅亡之險。”
商毅還沒有說話，一邊的王夫之己笑道：“亭林先生，驅逐鞑虜、恢複中華易，但要做到四民平等、以天下爲公，卻是難事，以亭林先生之材，又豈能沒有用武之地呢？”
商毅也點了點頭，道：“不錯，如果說擊敗清廷、恢複漢族天下，我至少有七八成把握，但擊敗淸廷之後，我們還要建立一個富強、開明、公正的國家，馬上可以得天下，但不能治天下，因此任重而道遠，還需要亭林先生，”又看了黃宗羲一眼，“還有南雷先生等人相助，才能實現這個目标。難道說亭林先生隻爲守前朝遺民之節，而至天下于不顧嗎？”
顧炎武沉吟了片刻，才看着商毅，道：“王爺要成立參政院的事情，太沖兄都己經告之于我，如果王爺不棄，炎武願意自薦議員。”
商毅也笑了，這本來也他的目地，把顧炎武也拉進參政院來，而顧炎武到是比黃宗羲幹脆，不等自己邀請，就直接自薦了。
黃宗羲雖然在明朝的官職不高，但卻是出身東林正統，屬于标準的根紅苗正，因此正統觀念要強得多。顧炎武隻進入過複社，而且從小就研究經世緻用之學，連個舉人都沒考上，自然也沒當上什麽官，一直到弘光朝廷成立之後，才由人推薦，出任兵部司務，一個七品小官，後來因嗣母病故，沒當幾個月就回家奔喪了。
不過在南京城破之後，顧炎武還保持着明室的正統，因此并沒留在浙江投靠商毅，而是也退到南方，先在隆武朝中出任兵部職方司主事；隆武朝廷滅亡之後，顧炎武在福建、廣東、廣西等地來回奔走，一面結交朋友，一面尋找複國的時機，在紹武、永曆朝廷中都有過短暫的爲官經曆。但顧炎武很快就發現，三個南明朝廷都擔不起複國的重任，因此也十分失望。
而這時商毅倔起，收複南京、大敗清軍，搶占了長江兩岸的六省之地，大有一舉收複北方失地之勢。而且顧炎武的老家蘇州昆山縣，也正在商毅的統治之内，因此顧炎武在失望之于，也決定回到老家安居，順更也看一看商毅到底是一個怎麽樣的人，因爲在南方提起商毅，都說他是篡國奪位之賊。但盡管商毅不是正統，畢竟還是漢族人，隻是顧炎武也沒有想到，回來之後，會攤上這一場官司。
但顧炎武回到昆山縣的時間雖然不長，但也明顯的感覺得到，這裏和三個南眀朝廷有明顯的不同，充滿了勃勃的生機和新興氣氛。通過和親友的交談，以及閱讀報紙，顧炎武也知道了商毅的施政，和自已的政治主張有不少相似之處，而在出獄之後，顧炎武來到南京，又知道商毅成立了一個參政院，用于擴大民間參政議政、監督政府施政的目地。而黃宗羲等人也經過商議之後，決定接受商毅的邀請，進入參政院當議員。
黃宗羲、顧炎武、王夫之三個人能被并稱爲明末三大宗師，不僅是因爲其學術成就巨大，而且在經曆、政治觀點、思想上都有相同的地方。
從經曆上看，在明清戰争期間，三個人其實參與得都不多，黃宗羲、顧炎武都在弘光朝廷滅亡之後，基本退出了這場戰争，王夫之有在永曆朝短暫的任職時間，但很快也罷了官，然後就再沒有任何抗清的實質行動。雖然後世有一些學者認爲顧炎武可能從事過一些秘密的反清複明工作，但這種說法缺少史料證據。
可以說和張煌言、李定國、鄭成功這些一直堅持抗淸到最後的人相比，這三個人都是很早就放棄了複國的希望，也可能是因爲他們早就看穿了南明根本成不了成候，并沒有知其不可爲而爲之的勇氣，不過這三人終生都沒有在清廷爲官，也算是保持了前朝遺民的氣節。但另一方面也說明，他們其實都沒有爲明朝殉死的想法。
當然正因爲他們三人都早早退出了抗清的戰鬥，埋頭治學，也才使他們在清廷的統治穩固之後，并沒有遭到清廷的迫害，都活得很長，因此也有足夠的時間來從事學術研究，最終成就了一代學術宗師的地位。從這個意義上說，三個人都沒有爲明朝殉死，也是中國的幸運，否則多了三個死節的忠烈，但少了三個學術宗師，未必就是好事。
從思想上看，三個人都主張四民平等、發展工商業、并肯定私有産财，這方面顧炎武做得最突出，因爲在另一時空裏，顧炎武曾經化名蔣山俑經商，主要是做布匹和藥材生意，居說還做得不錯，賺了不少錢，在1668年，顧炎武遊曆山東時，曾借給别人一筆用一千畝地來作抵押的錢，雖然不知這筆錢的俱體數額，但肯定不少，數千兩白銀是有的。因此在顧炎武中年以後可以不事營生，到處行走，還有仆從相随，晚年埋頭治學、刊印出書。這都是需要一個比較堅實的經濟基礎才能做到的。
而政治上，對皇帝專權都提出一定的質疑，這一定在黃宗羲的［明夷待訪錄］中，表現得最爲激烈。并且主張形成一種新的君臣平等關系，反對皇帝一人獨治，而是由皇帝和官員一起來衆治國家。盡管受時代的局限，三個人的政治思想都并未能逾越封建的藩籬，直接否定君權，但反對獨治，主張衆治這個思路無疑是正确的。
另外在學術上，三個人都主張學問務實，經世濟用，而反對空談性命道學。
盡管這些思想還沒有脫離傳統的束縛，從根本上來說，還是在維護傳統社會的政治體系，雖然主張君主開明，加強君臣平等，但隻是寄希望于明君自覺執行，而不是靠制度來維護，甚緻都出現一些錯誤的地方，比如黃宗羲爲了減輕農民的負擔，主張減少賦稅，但并沒能提出減少的賦稅部份，如何彌補。但不可否認的是和前代相比，确實己經有了不小的進步。絕大多數的主張方向，還是正确實的。而且三人的思想并非受西方文明的影響，而是基本從中國傳統文化中發展出來的，因而也更加可貴。如果能夠按照這個方面發展下去,也未必不能取得突破。
而商毅的許多施政措施，其實都符合他們的這些思想主張，也包括現在成立的參政院，黃宗羲就有過類似的主張，隻不過他将這項功能交給學校來完成。因此顧炎武并沒有多做太多的思考，也就立刻同意，加入參政院。