盡管這一次隻是稱王，而不是稱帝，但現在商毅集團巳經不在是一個臨時的地方割據勢力，是成爲一個真正的國家政權機構。也需要一套與之相配的行政管理制度和規則，正式的官職品級，以及軍隊的建制，當然也包括商毅後宮的等級制度。那怕隻是暫時性的。這才是稱王的主要目地。因此這也是對目前商毅集團内部的一次全面的安排整合和權力分配。
另外商毅起事差不多有五年的時間了，現在雖然還不算是完全功成名就，統一天下，但也可以說是坐鎮一方建朝立業的獨立勢力，而有不少一開始就跟随商毅的部下，在這些年來,也都立下了不少功績，無論是文臣還是武将,都應該對他們有所安排，進行一次階段性的封賞獎勵,這也是居上位者必須做的工作。
同時随着實力的擴大，在商毅集團内部，也形成了幾個派糸，從地域可以分爲山東糸和浙江系兩支；從家族上可以分爲周氏和林氏二派，再加上其他的小派系，也比較複雜。但正是有人的地方就有江湖，一個集團擴大，內部再形成新的派糸，在任何時候，任何地方，都是不可避免的事實。
當然在目前來說，商毅集團内部的各方勢力還十分團結，并沒形成争權奪利的局面，一方面是有商毅在上面壓制，另一方面也是目前還處于“革命尚未成功，同志仍需努力”的階段，因此衆人都還能夠做到齊心協力,互相幫助。但也不能因此馬虎大意，由其是稱王之後的分封，不僅要做倒對毎一個人都論功行賞，還要平衡各方面的利益，不說讓所有人都滿意，但也必須讓絕大多數人都心悅成服，這也确實讓商毅也廢了好一番腦筋。
在加冕儀式結束之後，首先是對後宮進行分封，王爵的後宮制度沒有皇帝那麽複雜，大體隻有正妃、側妃、偏妃三種，甚緻還會有妾室。當然如果商毅原意，也完全可以按照皇帝的标準，弄出什麽三宮六院七十二妃來，不過現在商毅還不打算廣收妻妾，隻是立葉瑤瑱爲靖北王正妃，林鳳舞爲側妃，陳圓圓和明石姬都爲偏妃。但同時商毅也正式規定，自已不在南京期間，正王妃将有代理行政決策的權力。
因爲現在算是商毅正式妻妾的，隻有這四個人。雖然亞莉桑徳拉和朱媺娖的婚禮都在籌備當中，但畢竟沒有正式舉行，因此這一次也都不在分封之列。
後宮的分封，也是最簡單的一項，并沒有太多争異。因爲在商毅的妻妾當中，除了林鳳舞之外，其他人其本都沒有多少娘家勢力，葉瑤瑱本來就是商毅的正妻，立爲正妃也是理所當然，而且在過去幾年裏，商毅領軍出戰，都是由葉瑤瑱代理政務，這一點也己經得到了衆官員的認可。
林鳳舞是以平妻的身份嫁給商毅，她也是商毅的妻妾當中，唯一一個有娘家背景的，而且林鳳舞本身也極居理财能力，和海外閱曆，同時林家也是商毅的一個重要的支助力量，因此被立爲側妃也是順理成章，而陳圓圓和明石姬本是妾室，被立爲偏妃。
随後才是重頭戲，因爲中國發展到現在，文官制度己經非常完善了，沒必要做大修改。因此在文官的品級和官職名稱上，商毅也并不準備另搞一套，基本還是沿用明朝的舊制，官員的品級分從正九品，而各級以内又分初授、升授、加授等二三個級；而中央設内閣、分六部九寺等等。
首先商毅下令，将行政部正式改爲内閣，由周世奇出首輔，王夫之、李岩、李格非三人都入閣理事。周世奇兼任吏部尚書、戶部尚書；王夫之兼任禮部尚書、工部尚書；李岩兼任兵部尚書，**部部長。
周世奇，王夫之、李岩三人成爲商毅的内閣成員，并不奇怪，因爲這三個人很早就付責整個行政部的工作，隻有李格非是被格提拔起來的。而且在此之前，李格非付責的是商業運行，對外貿易來往，以及對外事務等工作，在中國傳統的政治格局中，這些都不是主流的事務。
但李格非的身份是林之洋的盟兄弟，也算是林家的一份子，而林家也是商毅手下的一大團體，在另一大團體周家已經出任內閣首輔的情況下，林家在内閣中理當占有一席之地。而且南京政府和過去的其他朝廷不同，十分重視商業營運和對外貿易，這兩塊的收入占總财政收入的七成左右，因此過去李格非的工作，實際也是相當重要的。這次進入内閣，也表示商毅堅持發展商業，對外貿易，以及走向海外的态度。
由內閣成員兼任六部尚書，也是明朝常的慣例，以前商毅在行政部下，設立了十一個司，實際是将六部的職能和權利分散，因爲商毅的政府和過去的曆代朝廷所走的道路并不一樣，還按照原先的六部劃份，顯然是己經不能滿足管理的需要，必須分得更爲細緻，因此這十一司實際取代了過去六部的位置,同時還會增設一些新部門。
而內閣成員兼任六部尚書之後，實際是不能參與六部的實際公務外理，隻是分管各部工作，吏部下，新設組織部和人事檔案部、戶部分管财政部、審計部；禮部分管教育部，宣傳部、工部分管工業部、農田部、工建部；而李格非分管商務部、對外貿易交流部。而兵部現在僅僅隻是一個虛殼，所有與戰事有關的事務，都由**部處理，保留這個名稱實際隻是爲了湊齊六部，因此李岩同時還兼任**部的部長。
不過**部的俱體工作其實是由商毅在處理，而且在現階段，**部仍然是最高機構，就連內閣也必須服從**部的決議。但李岩并不屬于山東、浙江這兩大集團之中，因此權力分配大體仍然保持着一個平衡狀态。
唯一一個沒有被兼任的六部職位就是刑部，由仲栽司主事爲王仲平出任刑部尚書，而且刑部不在内閣的管轄範圍以内，而是直接對商毅付責。因爲商毅是來自現代社會的人，三權分立的概念己經深入其心，現在的南京政府還不可能成立議會，但這也是将司法部門從行政部門獨立出來，司法權和行政權分立的格局，并爲以後真正實行三權分立所做的準備。
刑部以下,設仲裁院和督察院兩個機構，其中仲裁院是付責處民間事務，而督察院是處理各級官員的違法事務，但目前來說，督察院隻有審判權，并沒抓捕權和審詢權，目前這兩項權利都由由安全處、情報處來付責，督察院主要還是刑部隻是走最後一道審判程序。刑部目前的主要功能，還是針對民間事務，權力并不大。畢競現在還是戰争時期，并不是真正搞國家建設的時候。因此盡管刑部尚書王仲平是屬于山東糸的，但也不會對權力劃紛造成多大的影響力。
這樣一來，而屬于直接對商毅付責，除了刑部之外，還有文書司，安全處、情報處，現在也都升級成部。各部的部長依然由原來的長官出任。這樣一來，南京政府實際有十八個部門，分屬内閣管理的有十二個，直接對商毅付責的有六個。
中央機構的組成等級就這樣确定下來，而地方機構基本還是保持原樣，按省、市、縣、鄉鎮四級不變。其實也就是對應巡撫、知府、知州、知縣等官職。而各官員的品級，還是沿用明朝舊制。同時各級官員的奉祿以及補貼也都在以前的标準上，又增加一成左右。
明朝的官員奉祿是中國曆代最低的，如果盡靠奉祿，一般的官員根本養活不了自己，因爲商毅集團的财政狀況一向很好，因此政府官員和官兵的饷奉都很好，要比明朝時侯高得多。畢竟想要别人幹活，總得讓人家過得好一些。
不過商毅當然清楚，官員貪不貪污，并不在于官俸的高低，宋朝是曆代官俸最高的，但照樣貪污成風，而明朝這樣的低俸，也同樣有兩袖清風，清廉守節的官員，因此所謂高薪養廉，所起的作用其實十分有限。治理貪污其實是一個世界性的難題，必須從道德、法制、完善的監督制度和财政管珪制度等幾方面一齊努力才能完成，單靠某一方面，是沒有用的。商毅集團目前來說，在這方面作得還不錯，正是得益于完善的财政制度和監督體糸。
另外商毅決定現在暫時還不設立勳位、爵位，以及蔭恩親屬等制度，畢竟現在還沒有到真實坐享其成的時候。因此行政系統的官員構成基本就這樣确定下來，以後再根據實際的需要，再增設其他部門、官員。