參加四方會談的代表是，南京方面的代表是李岩、李松晨；永曆朝廷的代表丁時魁、吳貞毓；永安朝廷後代表張煌言、尚之孝；紹武朝廷的代表鄭鴻逵、顧元鏡。另外還有三名中立方的代表吳甡、史可法、黃宗羲，付責從中調停，協調各方的關系。
整個會談足足進行了一個多月的時間，過程也十分曲折，四方代表爲了自己一方的利益，全部都盡力據理力争，寸步不讓，多次中斷了會談的進程。在整個會談其間，一共發生了七次休會暫停，甚緻還有兩次有代表威脅要退出會談，而在桌面下的暗箱操作，威逼利誘，拉隴分化等等手段，更是不計其數。
不過現在南方的四個政權一強三弱的事實是不可改變，三個南明朝廷都是處于弱勢的一方，但本身都不思進取，不能勵精圖治，奮發作爲，而且在互相之間還都不能相容，難以組成一個聯系緊密的同盟來對抗南京，因此在會談的大趨勢上，也隻能被南京政府牽着鼻子走。
但經過了艱距的反複協商，扯皮拉筋之後，終于在十月五日這一天，達成了一緻的意見，簽定了協議。
協議首先規定，正式承認永曆、永安、紹武這三個明藩朝廷的合法地位，互相并尊，如遇會議、會盟、簽定協議，則以各朝廷皇帝的輩份、年齡來分列位次；各朝内部的内政自主，官員任命、歲賦役征，其他各方都不得幹涉，；南京方面也承認奉立三個明藩朝廷爲正朔，在公文來往方面，以臣屬自居。而三個明藩朝廷也共用正式策封商毅爲靖北王，将湖廣、江西、浙江、南京四個地區确定爲商毅的封地。
這一點是确定現在南方秩序的大原則，也是經過了最激烈的争吵，由其是永曆朝廷，因爲永曆朝廷的皇帝朱由榔是祟祯、弘光兩個皇帝的堂弟，從血緣來說算是最近的，因此一直都以正統自居，當然不甘心和其他二個朝廷并列，相比之下，永安、紹武兩個朝廷因爲血統較遠，到是能夠接受這個事實。結果以三比一的優勢爲壓永曆朝廷。
爲此永曆朝廷的代表還鬧出了第一次退出。但南京方面對此也早有準備,通過私下的渠道，警告永曆朝廷，一但爲此而退出，那麽等南京、永安、紹武三方達成一緻之後，将聯合出兵，同伐永曆朝廷，後果很嚴重，自己看着辦。結果永曆朝廷的代表果然害怕了,也隻能服軟。
不過商毅表示仍然奉立這三個明藩朝廷爲正朔，也算是給足了他們面子，盡管誰都知道，這僅僅隻是在名議上，但回去之後也能夠自圓其說。而對南京方面來說，重視的是實利，而不是虛名，何況南京政府本身就是一個獨立的政權，基本上也不會和三個明藩朝廷有什麽官方來往。
而三個明藩朝廷承認商毅靖北王的稱号和封地，也不過是順水推舟，因爲商毅己經稱王了，封地也占領了，承不承認也都一樣。
協議的其次内容，是正式确定三個明藩朝廷的疆土範圍以邊境，并且規定發生摩擦事件，隻能用協商解決，或請第三方調解，但在互相之間不得無故興兵襲犯，否則其他各政權将聯合對其進行打擊。而除目前各方所擁有的地區之外，其他的地區将由各方自己搶占，誰打下來歸誰。
在承認了第一條的大原則之後，這一條是争議最小的，因爲三個明藩朝廷都是不思進取，得過且過之輩，能夠守着自己這一畝三分地，當幾天太平皇帝，過幾天舒坦日子就心滿意足了，别人不來打自己就謝天謝地，誰都沒有興趣再去打别人，緻于統一天下，還是算了。而各朝廷内部的官員也都忙着争權奪利，能夠在一個外部穩定的環境中争權奪利，當然也受各方的歡迎。
協議的最後内容，都是針對清廷的。包括的内容有：南方各朝廷都與清廷勢不兩立，以收複失地爲己任，并且約定首先收複北京的一方，将爲天下共主；與清廷發生任何官方來往、簽定和約、南方都必須以一個整體進行，任何一方都不得私下與清廷簽定任何協議、和約；任何一方遭受清廷或其他勢力的攻擊，其他三方都有義務出兵支援；而三個明藩朝廷如果要出兵北伐，商毅将爲其讓路。
關于這部份内容，其他的到沒什麽，因爲現在長江中下遊都是商毅的地盤，除了永曆朝廷有一部份和四川接壌之外，其他都和清廷沒有直接相鄰,誰都不擔心清軍會打過來。因此簽定四方攻守同盟，永曆朝廷也很滿意，而其他兩方也都沒有意見。
而争意最大的是收複北京者爲天下共主，因爲誰都知道，現在的南方有實力收複北京，隻有商毅。因此這一條等于是爲商毅量身定做，但誰也無法提出反對意見來，畢竟不能說自己收複不了北京。
而對南方除商毅之外，唯一一個真心想和清軍作戰的鄭成功集團，商毅也在私下答應他們，下一次與清廷作戰，一定會叫上他們一起出兵。并且在長江北岸的沿海地區，也讓出一個地方，供鄭軍駐軍，屯積糧草物資。因此鄭成功集團也全力支持這項協議。
當然還有一些其他的次要内容，比如各方都将開放各自的邊境地區，互相通商往來，降低關稅，流通商品貿易；允許［杭州時報］在其他三個朝廷内自由發行；南京政府也邀請三個明藩朝廷派遣官員，留駐南京，以便于互相聯絡溝通等等。因爲這些事項并不涉及各方的根本利益，到也并沒有引起多少争議，很快也就确定下來了。
這份在後來被稱爲是南方抗清統一戰線形成的标志性文件，也就是這樣被搗鼓出來了。而在後來的檔案、曆書中，将這件文件稱爲【南方聯盟協議】。
各方代表在協議上簽好名之後，也都帶着各自的一份協議，離開南京，返回自己的朝廷。不過在各自的朝廷中又都引發了一場争論，有人贊成、也有人反對。不過各方的實權人物心裏都清楚，現在南方三朝廷根本無法與商毅相抗衡，而且這協議對自己來說也多少有一些好處，而不利的地方，似乎在目前還真的沒有，一但不承認這協議，萬一把商毅給遭惱了，真的打過來怎麽辦？
另外其他三方的不少大臣們也都有這樣一個想法，反正有商毅在前面擋着清廷，就讓他去和清廷硬拼，等到他們拼個兩敗俱傷，自己也好坐收漁利。因此在這多重因素之下，雖然也經曆了一番争吵，但最終還是認可了這份協議。而随後各方又都各自投入到權力鬥争當中去了。至于協議，也沒人再理會。
三個明藩朝廷內部的事情，商毅從情報部門那裏也都陸續知道一些，大體的發展并不出他的預料，雖然從理論上說，簽定的協議本身并沒有太大的約束力，随時都可以被撕毀，但三個明藩朝廷肯派人到南京來參加會談，就基本表示了各方對會談結果的主要态度。而且協議也充份照顧到各方的現實利益，因此在時局沒有發生明顯的變化之前，各方也都不會輕易違反這份協議，至少也可以維持一段時間。
那麽在短時間内，自己也不用把主要的精力放在南方，而是可以将大部的注意力放在北方的清廷，以及海外。
同時第二次琉球戰役，以及進攻日本，襲擊江戶的戰鬥消息也都陸續傳回到南京，戰事的進展也十分順利，一直都按照商毅預定的計劃進行，也讓人十分放心。因此現在商毅的主要精力還是放在自己內部的調整上，現在要做的事情還有很多，安排一直排到了今年的年底。
而首先要做的，就是舉行稱王儀式，雖然現在商毅己經稱靖北王已經有三個多月了，在南京政府的文件上，也己經使用靖北王的稱呼，而且也得到了三個明藩朝廷的正式承認，但由于四方會談的進行，以及其他的事務商毅始于都沒有舉行一個正式的加冕儀式。雖然隻是稱王，但也仍有一套十分複雜的程序和儀式,在中國古代,對這一套程序是非常重視的,因此從理論上說，商毅這個靖北王還不算是名正言順。
現在其他事情都告一段落，四方會談也取得了比較好的結果，因此周世奇、王夫之、李岩、李格非等人也向商毅進言，應該在南京築台祭天，選擇一個良辰吉曰,正式登台,進冠冕,玺绶訖,面南背北稱王。
商毅雖然不喜歡這些繁瑣的儀式，但也不好弗衆人的意願，因此也隻好同意，但要求一切儀式，都盡量簡進行。