不過中炮、挨打、起火的，幾乎無一例，全部都是日本戰船。盡管日本戰船的數量衆多，但在噸位和火力上，和商家軍的戰船相據甚遠，而在戰術上，還是要拼命靠近商家軍的戰船，進行登船作戰，那知靠得越近，就會被打得更重。
而且日本戰船基本都是近海船隻，在船體結構，堅固程度上，都遠不及中國使用的西式戰船，因此如果是在六十米以內的近距離遭到火炮的射擊，整個船體就都會被打穿。有不少日本戰船就是這樣，在眼看着快要靠近商家軍的戰船時候，遭到一輪火炮齊射，結果整個船體都被打得支離破碎而散架。
後來商家軍的戰船也學職明了，幹脆填裝好炮彈之後就等着日本戰船靠近過來，然後就是一次火炮齊射，再一瞬間就可以将一艘日本戰船給擊沉。
而曰本艦隊中，本來就少得可憐的火炮，就箅有一二發炮彈打到商家軍的戰船上，也無關緊要，甴其是對戰列艦，幾乎毫無損傷。日軍另外的遠程武器就算火箭，但有效射程在五十米以内，而且一支箭上又能帶多大的火苗，就算是落到甲闆上，也迅速被準備好的水手用濕泥給蓋滅了。
就算是有的戰船僥幸靠近了商家軍的戰船，但也絕望的發現，對方的戰船實在比自己大得太多，根本就上不去，而且會立刻遭到商家軍的戰船上一陣排槍齊射，就像秋風掃落葉一樣，将船甲闆上準備攀爬的曰軍士兵打倒一大片。然後就遭到近距離的炮擊，整條船都被打得千創百孔，進水沉沒。
雙方交戰不到一個小時，日本船隊的陣型就被殺得大亂，戰船也一艘一艘被擊沉，完全陷入隻能背動挨打的困境中。而成鋼見了，又立下令，讓各大中型戰艦以三五艘一組，各自爲戰，小型戰艦則在戰場外圍等候，準備追擊日本潰逃的戰船。
其實整個過程和上一戰相比，幾乎沒有什麽區别，因爲雙方的差距是一個時候，商家軍使用的戰船和武器己經達到這個時代的最高水準，甚緻在戰術上己經超出了這個時代，而日軍的戰船、武器，以及戰術思路，都還停留在十四十五世紀那種海上陸戰的時代。因此雙方根本就沒有任何的可比性，無非就是這一次日本的戰船更多一些，把時間拖得更長一些。
日軍的主将吉川廣正這才知道，爲什麽在三年以前，日本号稱西南強藩的薩摩藩會在商家軍面前一敗塗地，被打得元氣大傷，在他的印像中，隻有荷蘭海軍才有這麽龐大的巨型帆船。而在數量上，商家軍的巨型帆船，則要比荷蘭人更多。而日本顯然是根本無法與這支船隊相抗衡的，如果繼續硬抗下去，隻會全軍覆沒。
長川藩在琉球沒有任何的利益，同時在德川、豐臣兩家之間，還偏向豐臣家一些，因此吉川廣正可不想在幾乎不可能取勝的情況下和商家軍硬拼，否則薩摩藩的下場就在眼前，元氣大傷一蹶不振，長川藩可千萬不能走薩摩藩的老路。因此吉川廣正立刻下令，立刻撤退。
于是曰軍的戰艦紛紛調頭，但北方駛逃，商家軍又追擊了一陣，截住了不少曰軍的戰船，不過還是讓不少日軍戰船逃走。
這一戰長川藩一共出動了一百五十三艘戰船，被擊沉七十四艘，俘虜十七艘，最後逃回日本的，隻有六十餘艘船，而曰軍士兵戰死三千餘人，被商家軍俘虜一千二百餘人。雖然這一戰并沒有全殲曰軍，但也達到了重創日本水軍的目地。因此成鋼也下令返航，回到琉球島。
由于這時商家軍的軍隊増加，軍營裏己經住不下了，于是中國村也被再次啓用，成爲第一旅的臨時駐地，好在中國村和軍營也相距不遠，而且現在琉球島上的日軍都躲在首裏城裏，根本就不敢出來，因此中國商人們也都紛紛回到中國村定居。雖然中國村裏的房屋都還在，但值錢的東西都被日軍搶走，而搶不走的，則被砸了個稀爛，本來是一個繁華熱鬧的商業區，結果成了一片狼籍。商人們一邊清理殘骸，一邊大罵日本人，并且很快就收受了曰本鬼子這個稱呼。
回到琉球之後，成鋼首先下令将俘虜關押起來。然後和衆人開始讨論，下一步的作戰方案。從現在的情況來看，琉球的局勢基本在商家軍的控制之中，日本人以爲躲在首裏城裏很安全，其實隻要商家軍一動手，攻破首裏城，根本就不費任何力氣。
而在海面上，盡管日軍逃回了一批戰船，但海上力量根本就不是商家軍的對手，因此商家軍也完全可以縱日本沿海。
但球琉島上的日軍都要當做人質利用，因此成鋼決定，對首裏城中的日本，釆用困而不打的戰術，暫時還是将他們留在首裏城裏，自己率領艦隊，去攻擊日本的本土，迫使德川幕府投降。
在琉球島上，留下一個團駐守，同時還留下了一千海軍的登陸部隊，和西班牙雇傭軍的陸軍部隊，在琉球島上和首裏城裏後日軍對持，牽制日軍的兵力。第一、三分艦隊和西班牙雇傭軍艦隊将組成聯合艦隊，進攻曰本，而第一旅的另一個團則随艦隊一起出發，準備有可能會發生的登陸作戰。
――――――――分割線―――――――――分割線――――――――長州藩的敗軍退回到日本之後，在日本也引發了一陣恐慌，因爲長州藩的水軍，在日本公認穩坐第一，如果連長州藩都遭敗而回，那麽還有誰能和商家軍相抗衡呢？
毛利秀就也帶着吉川廣正來見德川家光，将這一場海戰的經過向德川家光彙報了一遍，并且直言商家軍的海軍實力強得可怕，以現在的曰本，跟本不可能是對手。和商家軍爲敵，完全是自取滅亡，因此建議德川家光，立刻和商家軍講和，否則被困在琉球的薩摩、彥根兩藩也無法救援。
德川家光剛聽到長州藩敗績之後，雖然有些吃驚，但勝敗畢竟是兵家常事，商家軍既然可以打敗薩摩藩，肯定是相當的實力，再打敗長州藩也不足爲奇。而且商家軍自身，也不可能沒有損失，因此德川家光又立刻下令，仙台藩的伊達宗忠，立刻派遣本藩水軍參戰。
仙台藩的第一任藩主就是日本著名的獨眼名将伊達宗政，現在接任藩主的，是伊達宗政之子伊達宗忠。雖然在關原之戰中，仙台藩站在德川軍這一邊，但伊達宗政一直都在打自己的小算盤，在雙方激戰正酣時，曾鼓動南部氏領内的和賀郡前領主和賀忠親反叛南部氏，因此并不受徳川幕府的信任，并且一直都對仙台藩保持警戒，視其爲潛在敵。不過仙台藩是曰本另一個比較善于使用水軍的大名，因此在長州藩失敗之後，德川家光也立刻調仙台藩的水軍參戰。
但聽吉川廣正說完這一戰的經過之後，德川家光也十分震驚，他沒有想到長州藩的水軍敗得比傳說中的還要慘，可以說是一場完敗，而且如吉川廣正所說的戰場情況，就算是仙台藩的水軍出戰，結果仍然不會有任何改變。而且日本和商家軍作戰，将沒有半點勝出的機會。
雖然德川家光懷疑，長州藩是不是有意保存實力，并沒有用心作戰，又故意誇大商家軍的戰鬥力，好爲自己的失敗找借口。但長州藩出戰時一百五十多艘戰船，但回來時隻剩六十餘艘，這個事實也擺在眼前。要保存實力也不是這麽個玩法，再加上三年以前，商家軍又有大敗薩摩藩的戰績，也讓德川家光不由得不信。
于是德川家光立刻招集幕府大臣，商議對策。衆人也是各予己成，衆說紛雲。但總體來話，喊打的聲音己經大大降低了，因此商家軍的戰績己經擺在那裏，連敗薩摩、長州二藩，薩摩藩被打得元氣大傷，長州藩被打得舉手叫饒，稍有理智的人都清楚，自己面對的是一個可怕的對手。雖然有一二個大臣還堅持和商家軍作戰到底，但他們的意見，被德川家光直接無視掉了。
既然不想打，那就應該選擇和談，那麽是怎樣一個談法呢，商毅會提出那些要求，而德川幕府又能同意那些條件，是不是對中國開放通商口岸，而投靠了商毅的豐臣餘衆又該怎樣處理，如果商毅要求德川幕府把權力重新還給豐臣家又該怎麽辦，還有現在應該派誰去和商毅談判呢？等等。
結果還沒等徳川幕府商議出一個結果來，德川家光又收到新的消息，商家軍的船隊己經殺過了橫須賀，駛進了江戶灣，從海上逼近了江戶城。