這時第三分艦隊在擊毀了日本軍隊的船隻之後，也和駐琉球的西班牙雇傭軍彙合，艦隊就停泊在軍營的碼頭邊。而此刻的曰本軍隊隻能躲在首裏城裏，根本就不敢出來。而在軍營裏躲蔽的中國商人都平安無事，在曰本一開始進攻的時侯，還有些緊張，但發現日軍的進攻根本就對軍營城造不成什麽危脅之後，也就什麽都不怕了，當第三分艦隊到來之後，則都完全放心了。
而日本軍隊這時也開始緊張起來，因爲都是先頭部隊，薩摩和彥根二藩都沒有攜帶多少糧食，現在船隻被毀，也不知道會在琉球停留多久，雖然島津光久是對幕府大軍的戰鬥力不抱希望，但也不甘心在首裏城裏坐以待斃。而且盡管德川幕府一直忌殚薩摩藩，但井伊直孝的身份卻不同。
井伊家可是徳川家德還是三河藩藩主時的舊臣，井伊直孝的父親井伊直政，當時與酒井忠次，本多忠勝，神原康政，并稱爲徳川家德手下的四天王，屬于德川幕府可以絕對信任的大名，因此于情于理，徳川家光都不能放任彥根藩軍滅亡不管。于是也派人四下裏搜找糧食，盡可能在琉球堅持得久一點。
首裏城是琉球朝廷的都城，府庫裏還有一些存備的糧食，另外在首裏城裏，還有二三萬琉球百姓，各家也都有不少餘糧，因此日本軍隊退回首裏城之後，也大肆搜刮糧食，當然順便搶一點銀錢，包括婦女，也是可以理解的。最後搶來的糧食也足夠吃二三個月了，這還不算城外的村莊，暫時到是不用爲糧食但心，現在隻是一心等着救兵趕到。至于那些被搶了糧食的琉球百姓怎麽辦，當然就被島津光久和井伊直孝給無視掉了。
但日本的援軍還沒有趕到，商家軍的第一分艦隊就首先到達了琉球，第一旅在軍營登陸，向首裏城發動了進攻。這時首裏城的曰本剛把城內搜搶一空，又出城到附近的村莊裏搶劫，結果被商家軍一陣暴打，都逃進了首裏城裏。
島津光久主張就在首裏城裏駐守，而井伊直孝還不知道商家軍的厲害，覺得商家軍的兵力并不多，而且又是出城挑戰，似乎有機可趁，因此決定率軍出擊，和商家軍大戰一場。
結果井伊直孝帶領五千彥根藩的士兵出擊，和商家軍的一個團對陣。商家軍隻出動了二個營，排成三段連射陣形，橫向展開五六百米，士兵們輪番開槍射擊，連綿不絕，打得彥根軍成排成排的倒地身亡。
井伊直孝對火槍射擊到并不陌生，當年長篠之戰中，織田信長和德川家康聯軍，就是使用火槍，在日本叫鐵炮，擊敗了武田家的騎軍，也使織田信長勢力大漲，稱雄日本。也是徳川家康嶄露頭角的一戰，因此也倍受德川幕府的重視。
但在長篠之戰中織田、德川聯軍紮下了無數的防馬栅欄，來阻擋武田軍的進攻，才使火槍有從容射擊的機會，而現在的商家軍根本就沒用什麽栅欄，就是遠遠站成三排，輪番開火射擊，雙方之間的陣地是一馬平川，任甴彥根軍拚命進攻，但卻無法靠近，隻能不斷的倒下。
井伊直孝也曾派出人馬，想從左右迂回到商家軍的側後方，進行前後夾擊，但商家軍剩于的兩個營就是防着日軍左右迂回，結果日軍連派出兩隊人馬，從左右繞道，但全都遭到了商家軍的阻擊，無法成功。
戰鬥進行了大半個時辰，日軍的傷亡超過了兩千人，井伊直孝見戰事實在太不利了，也趕忙下令收兵，退回首裏城裏，這回再也不呈什麽能了，一心一意的在城裏駐守。
而就在這時，曰本的大隊戰艦也終于逼近了琉球島。成鋼也下令，第一旅留在琉球島上，看住首裏城裏的曰本，第一、三艦隊以及西班牙雇傭軍艦隊出戰，迎擊日軍的船隊。西班牙雇傭軍的隊長莫倫特和安徳烈也都随艦隊一起出戰。莫倫特付責指揮西班牙艦隊，而安德烈則登上嶽飛号，出任自己的新職務，司令官副官。
這支日本船隊來自屬于毛利氏長州藩。
長州藩在曰本，是與薩摩藩齊名的大藩，第一任藩主就日本戰國時的名将毛利輝元，也是豐臣秀吉時代的五大老之一，同時還有長府、徳山、岩國三個支藩，也是日本的強藩之一，在關原合戰中，毛利輝元就是出任西軍（即豐臣軍）的主将。因此在徳川幕府建立之後，長州藩也是徳川幕府重點防範的大藩，僅次于薩摩藩。不過也正因爲如此，長州藩也一直視幕府爲本藩的大敵，據說每年的新年團拜，長州藩士、支藩藩士都會以“主公，可以（倒幕）了嗎？”爲新年賀詞。
而在另一時空裏，長州藩和薩摩藩都是後來明治維新時期，倒幕的主力，也湧現出一大堆日本近現在的名臣名将，包括著名的維新三傑中的木戶孝允（即桂小五郎），以及伊藤博文、高杉晉作、山縣有朋，兒玉源太郎等等。
另外長州藩在日本素來是以水軍而著稱，在日本入侵朝鮮之戰中，曰本水軍的主力就是毛利家的水軍，因此盡管徳川幕府對長州藩十分忌殚，但要想進攻琉球，也不得不借用長州藩的力量，讓長州藩出任水軍的總指揮。
現任長州藩的藩主是毛利輝元之子毛利秀就。雖然他也很想幕府倒台，但現在的情況，他也知道自己無力抵拒幕府，因此在接令之後，毛利秀就也立刻行動，組織人馬，調集戰船，準備這場戰争。
雖然幕府實行閉關鎖國的政策，但甴于日本本身是一個島國，内部的航行依然十分發達，因此長州藩仍然保留了一支水軍。不過想運送六萬大軍，可不是一個小數目，僅靠長州藩的戰船是不夠的，還需要調集其他大名的船隻，但這時的日本己經久無戰事，最後一次大規模用兵，也是在十年前的島原之亂，兵馬、戰船的組織、調配都十分生疏。結果在先鋒船隊出發之後，大隊人馬還有諸多事情。
而就在這時，從琉球逃回來的船隻向毛利秀就報告，日本船隊遭到中國水軍的襲擊，這時到達琉球的日本戰船己經全軍覆沒了。
毛利秀就聽了之後，也不由大驚失色，雖然在上一次薩摩藩慘敗給商家軍之後，他也知道商家軍的水軍巨艦重炮，十分厲害，但畢竟沒有交過手，也不知道是俱體怎麽個厲害法，但也沒想到這次派出的一百多艘戰船竟全軍覆沒了。那麽這樣一來，留在琉球島上的薩摩、彥根兩藩的人馬皆不是就成了孤軍了嗎？由其是彥根藩，可是徳川幕府的老臣，如果在琉球島上有個意外，自己可擔不起這個責任。
因此毛利秀就立刻派藩内的家老、岩國領領主吉川廣正爲大将，帶領着己經聚集好的本藩一百五十餘戰船出發，駛向琉球，救援被困在琉球島上的兩藩。這次出動的，差不多全是戰船，基本也是長州藩水軍的大部份力量了。
雙方的艦隊在硫磺島附近的海域相遇，展開了大戰。
商家軍的第一、第三分艦隊，加上西班牙雇傭軍艦隊，一共有戰艦八十艘，其中主力戰艦有五十四艘，輔助戰艦十九艘、飛剪船七艘。從戰船數量上來看，曰本的戰船差不多是商家軍的一倍，但曰本戰船依然還是老式的八幡船式，而且也都不是什麽大船，最大的也不過就是四五百料，在商家軍的大船面前，形如野犬對猛虎。而和商家軍的一二級戰列艦相比，更是相形見拙。
另外日本戰船的火力也十分一般，隻有大約三分之一的戰船上準備了幾門火炮，而且火炮都是裸露在船甲闆上，毫無遮擋。這也說明，日本水軍的戰術思想，仍然還是停留在舊式的接舷跳船戰，而不是商家軍的以艦炮決勝戰術。
在觀察清楚了曰本水軍的實力之後，成鋼也認爲這一戰基本己經是穩勝劵了，而現在應該考慮的是，如何才能消滅更多的曰本戰船，因爲在出戰之前，成鋼就得到了商毅的指示，這次戰鬥，并不是以進攻日本本土爲主，但對曰本的海上力量，則要給予沉重打擊，絕不能留情。
因此成鋼在考慮了片刻之後，下令以兩艘二級戰列艦豼貅号、饕餮号爲首，各自帶領五艘三級巡洋艦七艘，五艘四級驅逐艦七艘，三艘五級護衛艦。分爲左右翼，從兩肋向曰軍艦隊發動進攻，其餘艦隊以嶽飛号和銀河爲首，列成兩列縱隊爲中路，等待出擊。
命令傳下之後,商家軍的船隊中立刻分出了兩支縱隊,分向左右散開,就像一張逐漸張開的大口,向曰本艦隊狠狠的咬了下去。