因此就趁着這個空閑的時候，商毅也開始布置打擊日本的軍事計劃，前一段時間，曰本正式關閉了大阪的商館，同時又扣壓了中國的商船，抓捕了中國的商人和船員，經過了［杭州時報］的大力報導之後，在江浙一帶也引起了不小的憤慨。
這個時侯的中國人對日本雖然并不仇視，但都帶有一股天朝上國的敖視心裏，加上這幾年來商家軍在海上幾乎所向無敵，兩敗西班牙，收複台灣，進軍琉球，大敗曰本薩摩藩，雖然沒有打出保護商人的旗幟，但也使在海外經商的中國商人揚眉吐氣，腰杆也直了不少。
而在連續開通了日本和馬尼拉的通商直航之後，雖然時間并不長，但卻給中國商人帶來了明顯的利益，有不少人都準備加大投資力度，大幹一場，而小小的日本雖然敢拒絕和中國通商，而且還敢扣壓中國的商船、抓捕人員，當然引起了不少人的憤怒。至少在民間，有不少人都認爲應該好好教訓日本一頓了。
另外在商毅的暗中安排下，被曰本抓捕的中國人的妻兒老小等家屬、以及家人、夥計、學徒等也聯合組織起來，到南京來商毅政府請願，請南京政府出來，幫忙救回自已的親人。而商毅也和行政部的官員們親自出面，接見了請願的代表們，并且表示南京政府将會盡全力解救被日本抓的人員。
再加上［杭州時報］在背後推波助瀾，對日本的反感情緒的進一步擴大起來。就連一部份官員也都覺得曰本人做得确實有些太過份了，不願和中國做生意就算了，幹嘛扣船抓人呢。
在商毅的政府内，正統士大夫出身的官員并不多，相反由于江浙地區的商業發達，大多數的官員都和商人有着千絲萬縷的聯系，因此在商毅的統治區内，商人有較高的政治地位，在商毅的政府裏，也有一批商人利益代言人，不過這股力量并不算大，還沒有能左右政局的地步。
雖然在這時，商毅己經下令海軍部開始準備對日作戰，但在南京政府中，還沒有提出對日本進行軍事，隻是把這做爲一種解決問題的手段之一。而更多人則傾向于先向曰本幕府提出抗議，然後看日本幕府的态度，再作打算。
但就在這時，又傳來日軍襲擊琉球，占領了首裏城，并且下令驅逐所有中國人的消息。
這一下在商毅的統制區裏頓時開了鍋，因爲現在的琉球相當于是商毅的藩屬，日本就這麽悍然的出兵，襲擊了琉球、占領首裏城，還要驅逐中國人，實在是太有些是可忍、孰不可忍了。而且琉球與曰本直航不一樣，杭州和日本直航通商才三個多月，大部份的商人在這裏面都沒有什麽利益，但琉球己經被商毅控制了三年多，許多江浙商人都在琉球設立了自已的分店，不僅牽扯到巨大的經濟利益，同時還有大量的人身安全。
而且随後又發回消息，大約有一千五百餘名中國人被困在琉球的軍營裏，被曰軍團團包圍，危在旦夕，急需援軍解救，而琉球被困人員的家屬再一次聯名向南京政府上書，這一次也明确提則,請求政府出兵琉球,解救自己的家人。因爲這一次被困的人員數目更多，因此上書的人數是上一次的十數倍之多，同時在浙江還有一批商人也表示，隻要商家軍出動，他們願意聯合承擔這次出兵的軍費。
［杭州時報］再一次扮演了搖旗呐喊，推波助瀾的角色，而且這次也直言不違，認爲商家軍應該出動，救援琉球，解救中國商人，并且狠狠教訓日本一頓。
［杭州時報］一直都是商毅政府的口舌，因此不少人都從中嗅到了一絲火藥味,在行政都招開的會議上，也有人正式提出，如果條件允許，應該出兵。
費了這麽多事，其實商毅等的就是這一刻。盡管商毅決定，以武力打開日本的國門，迫使日本開國通商，這也是後世列強慣用的手法，而且還堂而皇之的冦以維護本國利益的名議。
但商毅知道，自己現在并不能以通商爲理由，對日本用兵。一來是現在中日直航通商的利益并不大，中國的損失也沒有到要用戰争來解決的地步，二來雖然說在自己的政府内部，隻會滿口仁義道德的衛道士并不多，而且在中國曆史上也不是沒有純侵略别國，而發動戰争，但是爲了要和别國做生意而發動戰争仗，在這個時代來說，是絕對不可想像的。
雖然以現在商毅的權力，完全可以無視反對意見，強行直接下令出兵，誰也沒法阻攔。但商毅也知道，自己現在的身份已經不同了，不在隻是一個普通的地方勢力，而是未來的皇帝，因此不管心理願不願，但一舉一行都必須做出一個虛心納谏、聽從勸告的樣子來，這才苻合中國傳統的明君形像。不是想幹什麽就幹什厶，那怕是做正确的事情，也必須尊重正确做事的原則和方法，否則就會變成一意孤行，不聽忠言。說白了皇帝也不是想幹啥就幹啥。由其是想當明君。
不過商毅是來自後世的人，當然懂得所謂輿論和**，其實都是可以由自己控制和煸動的，隻要掌握了正确的方式，什麽事都可以用冠冕堂皇的理由去做。
這一招在後世那個号稱世界警察的國家，玩得爐火純青，每次要動武之前，都會開動宣傳機器，拼命的摸黑對方，把對方說成是無賴國家、恐怖份子，世界公敵，打他就爲民除世，除暴安良，維護世界和平等等，等把自己的國民都忽悠住了之後，也就可以名正言順的出手了。後世的英國文學家塞缪爾就一語中的：所謂愛國心，在大多數的場合，都是被流氓當做隐身衣來使用。
而現在的商毅當然還不至于做到那一步，不過曰本也根本就不需要商毅來抹黑，就主動提供了足夠動武的理由，隻是需要商毅充份的利用起來，就可以達到煽動起宣戰輿論的目地了。何況商毅手裏還控制着這個時代最強大的宣傳工具［杭州時報］，這麽一點小事，還不是手到擒來了嗎？因此這一次出兵也成了順應**，維護中國利益的正義之舉。
在政府内部取得了統一意見之後，商毅立刻以保護海外商人，中華藩屬爲名，下令出兵琉球，對日本動武。而這一次出兵的目地，對外宣稱：一是保衛琉球、保護琉球的中國商人；二是打擊日本，使日本臣服，釋放商船、貨物，以賠償中國商人的損失。而潛在的目地，是迫使日本開通通商口岸，使中國的商品大規模打入日本的國内市場，邁出殖民曰本的第一步。
當然出兵的條件是完全俱備的，雖然現在商家軍沒有向清廷發動大規模進攻的能力，但這是在陸地上的情況。而在海上，商家軍的海軍己有近三年沒有打過什麽像樣的海戰了，突襲遼東也主要是陸軍在作戰，海軍其實隻是當了一回運輸大隊長，艦船士兵幾乎沒有受到任合的損失。
雖然在收複南京時長江艦隊到是打了幾場水場，商家軍也損失了相當一部份的戰船和兵力，但戰場是在長江裏，也同樣不是在海上，海軍部的五支分艦隊中，也隻有實力最弱的第四、五分艦隊參戰，而損失的戰船大多都是小型的江船。因此在海面上的實力，仍然沒有受到多大的影響。
另外一次出戰，商毅的目地隻是進一步鞏固對琉球的控制，對曰作戰也不打算直接攻擊曰本的本土。因爲現在對日本進行登陸作戰的條件還不成熟，因此商毅的目地是以海戰爲主，封鎖日本的海岸線,并且打擊沿海的城市，達到迫使幕府答應自己的條件的目地。因此以現在的海軍完全有足夠的實力，完成這一次戰争。
商毅對琉球島上，安德烈想出的誘曰軍登島、然後截斷其歸路的戰術十分贊同，因爲這種戰術，很符合商毅的用兵之道，因爲這樣一來，被困在琉球島上的日軍，也就等于是商家軍的人質了，在下一步和日本幕府進行談判的時候，等于又多了一大把籌碼。商毅甚緻還認爲，隻困住一萬多曰軍的先鋒部隊，實在是太少了，應該讓日軍的主力大軍也登上琉球島，然後在擊潰日軍的水軍，那就更好了。
但盡管如此，商毅也對這個小舅子頗有些刮目相看了，如果這小子再經過幾年經練，說不定真的又能成長爲一個名将。看來這一次把他派出琉球，到真是正确的。