堵胤錫之前在隆武朝廷的官職就是湖北巡撫，有非常豐富的行政治民經驗，而且在這次忠貞營歸降，堵胤錫也發揮了很大的作用，又基本全程參加了收複湖北的戰鬥中，因此出任湖北省長，當然是合适的人選，另外他和忠貞營的關糸密切，讓他到湖北任職，也有利用安撫忠貞營。
廢盡了口舌之後，總算是半蒙半說服，把堵胤錫收伏了，這也算是第一個投靠商毅的南眀有份量的大臣，雖然商毅非常郁悶，自己怎麽就沒有其他穿越前輩的王八之氣，但也算是一切都開始走上正軌了。從郝效忠、忠貞營，再到堵胤錫，看來自己的氣場也在慢慢的加強着。
不過商毅也考慮到，除了堵胤錫之外，現在杭州還閑居着不少前明大臣，因爲對南明各朝廷不抱希望，又礙于觀念和面子，不願意正式投靠商毅，因此在杭州寄居。不過像吳甡、史可法、黃宗羲、商弘圖、姜日廣等，都是在全國頗有份量和影響的人物。
而商毅也知道這群人的影響力，因此隻要他們不給自己搗亂，就都養起來，也能給自己増加好名氣，于是把他們都安排在杭州教學，好在這群人都是經曆過大風lang的，也都十分知趣，教學的時候也隻講學術經義，對政治也隻講夷漢不兩立，亡國亡天下的大道理，而對商毅實質己經自立，忠義奸邪、正統的話題，也都避而遠之。
當然這樣長期下去也不是辦法，其實這批人雖然迂腐了一點，但也并不是一無是處，也都有所長，如果給他們一個良好的環境，使用得當，也能發揮不小的作用。當然指望他們像堵胤錫一樣投靠自己，目前還很困難。在南京戰役之前，商毅就考慮過，成立一個政協之類的半官半民機構，把這幫人給組織起來，一來是讓他們也發揮點作用，并且給其他南眀的官員做一個表率，也可以更好控制這一批人。另外也要建立一個可以反映**的組織，畢竟地方大了，商毅也不可老往基層跑，需要一個這樣功能的機構。
這套機構對商毅來說并不陌生，大框架照搬後世天朝的就可以了，另一方面，商毅也考慮到，等自己的國家建立起來之後，可以直接把這個機構轉化爲下議院。先讓自己統制區的百姓習慣适應一下。
當然現在還隻是準備階段，正式挂牌成立，還是要等到遷都到南京，以及實現收複南京之後的戰略目标。因此在收複了湖北之後，商毅也把目光放在江淮之地。
這個時候，商家軍在江淮地區，隻占有揚州府、滁州、和州三地。駐守江北的是成進的第一軍。在收複南京的戰鬥中，第一軍是戰鬥的主力，傷亡也是各軍中最大的，損失的兵力達到了萬人，但經過了幾個月的修整，缺額兵員也都得到了補充，而且跨海突襲艦隊回歸，參加突襲遼東的第五師也歸隊，全額五個師、三個旅都齊備了，總兵力達到了七萬四千人。
現在第一軍一、五、二十三個師，十九旅駐守江北揚州、滁州、和州等地，七師駐守南京，二十師，第一、五旅駐守江南的池州，太平府一線。
不過清軍在江淮的防守布局要比湖北地區更強一些，而且湖北的戰事剛剛結束，進攻江淮的人馬雖然己經到位了，但物資和民役的調配，還需要一定的時間。由其是民役方面，因爲收複南京之後，戰事一直沒有停過，而且後來的戰鬥，離浙江都有相當的距離，不像以前那樣，基本就是在家門口作做戰，因此盡管仗打得并不大，但對民役的需求量，卻不在南京戰鬥之下。
因此浙江、江北地區民役的抽調，差不多己經接進了飽和，其他地方剛剛占領，商家軍的統治基礎還不穩定，也不可能大量抽調民役，而且現在正直春耕，商毅統制區內的各地很難再抽調出足夠的民役，來支持收取江淮的戰鬥。
在這種情況下，商毅也不得不決定，暫緩發動進攻江淮的戰鬥，等春耕結束之後，再對江淮發動進攻。
而現在做的，是積極調動人馬，爲進攻江淮做付充份的準備，命湖北軍區派遣部隊，進駐黃州府英山、黃梅一線，威脅安慶府和廬州府的側翼；又令駐守江西的第二軍分派兵力，駐守江南的池州、太平府等地，使第一軍能夠集中主要的兵力，發動對江湖地區的進攻。并且以現有的人力，向揚州運送物資、糧草。同時商毅又下令山東的周少桓，讓他首先從山東出兵，進攻淮安府和徐州，牽制清軍的兵力。
不過現在的戰事并不用商毅多操心，因此商毅的主要精力還是在經濟工作上，首先是浙江航運公司正式牌成立了。
豐臣薰一夥人的辦事效率果然很高，首先在日本大阪開避了第一個商館。大阪是豐臣氏在曰本的最後距點，從豐臣秀吉就開始經營大阪，徳川家康爲了攻陷大阪，先反發動了兩次戰争，才算是攻破了大阪城，但在豐臣秀賴死後，大阪城因爲便利的地利位置，卻保留了下來，并且成日本的交通經濟中心，同時也是朱印船貿易時代，日本對中國和朝鮮通商的主要巷口，既使是在德川幕府閉關鎖國之後，大阪在日本國内的海運地位也同樣十分重要。
豐臣氏雖然失去了在日本的統治地位，但畢竟經菅多年，根深蒂固，由期是在大阪，還有非常深厚的基礎，日本商團在日本的商品集散地，主要就是在大阪。盡管曰本閉關鎖國，但對中國商船一般都會網開一面，因爲日本對中國并不排拆，中國商品在曰本也有極好的銷量，而且在這個時代，中國也隻有鄭芝龍的船隊能駛到日本來，因此徳川幕府對此也睜一隻眼、閉一隻眼算了。
但自從鄭芝龍敗亡之後，來大阪的中國商艁大幅減少，因此大阪商人的生意也一落千丈，聽說又中國的商船要直通大阪進行貿易，大阪的商人們也都十分高興，而且他們還不知道商毅、豐臣家、徳川幕府之間的事情，隻以爲這就是一般性質的通商貿易，最多就是出現了第二個鄭芝龍，将來如果有事，就拿錢來擺平就是了，于是誰也沒有多想。
在豐臣家族的組織下，十餘戶商家也聯合起來，在大阪開避出了專門的巷口和啇館，供沖國商船停留、存貨、進行交易的場所。
而在另一條線上，雖然現在杭州和馬尼拉也無法實現政治對話，但李格非、張庚秋等人也在馬尼拉依靠當地華商的力量，積集活動，想以私人名議，建立商館和碼頭，一來是馬尼拉也同樣需要和中國進行貿易，加上張庚秋在馬尼拉也頗有一些人脈關系，又以大把的白銀開路，終于打通了關節，也建立起一個對口直通的貿易口岸。
盡管商毅也知道，雖然曰本、馬尼拉都實現了直接通商，但畢竟不是官方承認，因此也随時都有被中斷的可能，但就目前來說，想要擴大對外貿易，也隻能釆用這種方式了。
那麽這樣一來，運航公司自然也就是迫在眉捷了。好在是前一段時間裏，商毅一直委托嶽父林之洋在準備，因此現在挂排成立，也是并不是難事。
林之洋連合了五個商人，一共奏了十三萬兩白銀，而商毅以一艘兩幹料福船和二艘一千五百料福船、二艘一千料福船、另加一萬兩白銀，做價七萬兩以政府的名議入股，将運航公司給成立起來。同時保證軍隊有優先用航行業務權力。
随後運航公司又購買八條其他船隻，招募了一些水手和船員，以及付責人員，并且制定了非常詳細的運營制度，各種商品的收費标準，以及賠償制度，就這樣開始了航行運營。
航運公司的第一次航行就分了兩支船隊，分别駛向日本和馬尼拉，每支船隊都有五艘船，本來按幾名股東的意見，因爲是第一次航行，估計客人不會太多，因此将以運送自己的貨物爲主，六名股東本身就是商人，每個人自己就有大量的商品可以運輸。
但讓人沒有想到的是，由于航運公司有政府參股，因此也讓人覺得有保障，還是有一些商人加入了進來，結果每支船隊的五艘船全部都滿載出發。當然更多的啇人對此還是持觀望的态度，想等這一次船隊返航回來之後的結果怎麽樣，再做決定。
而商毅也知道這是航運公司的第一次出航，也不敢大意，因此對兩路船隊都派出戰船護航，送出一段距離。通向曰本的船隊送出琉球群島，而通向馬尼拉的船隊，則是送過台灣。