不過這一次進攻荊州的主力是商家軍，忠貞營隻是協助，忠貞營的諸将對商家軍都聞名久已，但都沒有見過商家軍的真實實力，因此這時也都想開開眼界。
這時十五師也渡過長江,抵達荊州城下時,商家軍已經聚集了三萬八千左右的兵力,加上忠貞營的人馬，共計約有六萬左右，戰鬥是由第七軍的軍長何沖指揮。
而在進攻荊州的前一天，招開的軍事會議上，李牟做出布置，明天的攻城戰鬥，将由商家軍責任主攻，而忠貞營付責等商家軍攻開了荊州的城牆，殺入城中之後，清掃城中的殘餘抵抗力量，以及零星的清軍。同時李牟也向李過和高一功等人再三強調了商家軍的軍紀，進城之後，決不許擾民，對城中百姓必須秋毫無犯，公買公賣，否則決不輕恕，讓兩人向忠貞營的士兵傳達清楚，這一點決不可當作兒戲。到時候真的被執法隊抓住了，可别怪自己不講情面。
其實這一次進攻荊州，商家軍的兵力就足夠了，有沒有忠貞營都無所謂，讓忠貞營參與進來，主要是看重他們熟悉湖北的地形、環境，另外也是讓忠貞營的将士們看一看商家軍的實力，在以後的整編和訓練的時候，也好支派他們。不過忠貞營到底是幹流寇的出身，怕他們亂來，敗壞了商家軍的名聲，因此李牟也再三向李過和高一功強調軍紀的重要。
李過和高一功等人見李牟說得如此鄭重，也不敢大意，李自成在崇祯十四年之後，也開始注意加強軍紀，收取人心，但也僅僅隻是不殺戳搶虜，小打小鬧的事情還是不少，要說對百姓真的秋毫無犯，還差得遠。而自從李自成兵敗之後，大順軍一直沒有根基，因此搶掠殺虜的事情也幹了不少，但商家軍的軍紀顯然比大順軍要嚴得多少。
不過讓堵胤錫和忠貞營的諸将覺得有些不對勁的地方是，聽李牟的口氣，好像荊州就是唾手可得一樣，還沒有開打，就先預備進城以後該怎麽辦了。
但第二天的攻城戰鬥證明，商家軍真就不用把荊州城當一回事，要知道和南京那樣的堅城相比，荊州城也确實不算什麽？雖然商家軍盡量避免打攻堅戰，但真的打起來，卻是一點也不含糊。
商家軍在城外列開陣式之後，首先用火力壓制住城牆上的守軍，随後派出地面進攻部隊，填埋護城河，一上午的時間，在護城河上填出了六條道路，從下午開始，商家軍才向城牆發動進攻。
爆破隊推出幾輛新制的爆破車，在炮火的掩護下，沖向荊州的城牆。這種爆破車是在南京戰役之後，發眀制做出來的，其實就是在戰場上用來裝運泥土填埋戰壕護城河的蝦蟆車和盾車的結合體，每輛車勻爲獨輪結構，而且一個人就可以推動，在車身兩側，還設有擋箭闆，可以保護推車的士兵。
每輛車可裝爆破火藥一百五十斤到二百斤，用牛皮掩蓋，引線設在車底部，因此也不用怕城上澆水，推到城牆邊之後，或一輛或數輛并排放置，然後點燃引線引爆車上的火藥，遠比過去那樣靠人背運炸藥方更得多。
有了進攻南京的經驗之後，商家軍對這種爆破戰術也用得十分得心應手，第一次爆破推上去三輛爆破車，貼着城門放好，然後點燃引線，隻聽驚天動地一聲巨響，荊州的城門被炸得七零八落，進攻部隊也立刻發動攻擊，迅速搶占了炸開的城門洞口，然後殺入荊州城中，和清軍展開了白刃作戰。
整個過程配合得幾乎完美無缺，也給忠貞營上了一節“火力掩護，爆破進攻”的全新攻城戰術課，而淸軍的士氣本來就不高，有城牆可守時還能頂得住，城牆被商家軍攻開之後，頓時都心無鬥志，紛紛敗巡，守将珠瑪喇、海爾圖棄城而走，逃到承天府去了。到了黃昏時分，清軍的所有抵抗也都全部被消滅，商家軍全面占領了荊州城。
這一戰商家軍一共殲滅清軍二千一百五十七人，俘虜三千六百二十三人，自身陣亡七百五十七人，傷五百七十二人。而忠貞營完全就是來打了一趟醬油，根本就沒有出手的餘地。
堵胤錫和忠貞營的諸将們也看得目瞪口呆，曾經讓忠貞營付出巨大傷亡也沒有攻下來的荊州城，在啇家軍面前，居然連一天都沒有守住。而商家軍所用的這種爆破攻城戰術也确實太厲害了，如果用這樣的戰術攻城，試問天下還有那一座堅城能夠攔得住商家軍的進攻呢？同時也徹底眀白，原來商家軍根本就不需要忠貞營的幫助，給自己開出的條件，确實算是十分優厚了。
不過在進城之後，商家軍的行爲又讓忠貞營和堵胤錫開了眼界，原來軍隊還可以這樣幫助百姓做事情，什麽掃地、挑水、劈柴、修路、樣樣都幹。
或許是在戰前李牟反複強調軍紀，又或許是進攻荊州的戰鬥過于震憾，忠貞營的士兵進城之後果然十分老實，什麽違反軍紀的事情都沒有做，同時在商家軍的帶動下，也在城裏幫百姓們做了不少事情，赢得了不少贊謄之聲，也讓李牟放心了不少。
而堵胤錫又想得更深了一層，商毅麾下的軍隊竟然如此神勇，以此奪取天下也确實并非難事。而且軍紀嚴明，确實秋毫無犯，商毅能夠深得民心，也不是沒有道理的，自古都是得民心者得天下，這麽看來大明的氣數，确實是真的盡了。
正是由于商家軍的軍紀嚴明，因此荊州也迅速穩定下來，而奪取了荊州之後，商家軍繼續揮師西進，又連續攻取了夷陵、秭歸，占領了整個荊州府，也徹底切斷了四川清軍來救援湖北的道路。而在另一條戰線上，第六軍在段鵬和李漢軍的率領下，攻下安陸，随後又沿涢水北上，攻占了随州，不僅德安府也盡歸商家軍所有，還可以威脅到襄陽、南陽、汝甯等地。同肘李定國也率領第八軍，進取京山縣，直逼承天府的治所鍾祥。
連續攻下了荊州、徳安二府，商家軍又一次聲威大振，這時長江以南，漢水以東的地區，也都盡歸商家軍所有。而這時清軍在湖北地區，隻有承天、襄陽、勳陽三府。
這一次進攻湖北，能夠打得這麽順手，除了清軍的士氣不高之外，另一個重要的原因就是清軍的兵力過于分散，而且由于害怕和商家軍野戰，清軍都龜縮在城裏防守，不敢出擊，隻能各自爲戰，比如在商家軍進攻荊州、徳安二地時，勒克德渾也隻是在承天府裏看着，不敢出兵救援兩地，結果也給了商家軍逐個擊破的機會。
而就在這時，原大順軍的權将軍，李自成的左右手田見秀，拉隴了張鼐、李友、吳汝義等降清的大順軍餘衆，殺清将鄭四維、劉進忠、率衆來投降商家軍，并将遠安、當陽兩縣都獻給商家軍。而這時投降清廷的其他原大順軍、以及眀将也都蠢蠢欲動，都有反正投降商家軍的打算。
遠安、當陽兩縣是承天府西面的屏障，兩縣失守以後，承天府己陷入商家軍的三面包圍之中，清軍的兵力，隻剩下三萬五六千人。而這時勒克德渾也不禁大爲後悔，這還真叫洪承疇給說對了，當初就不該聽濟爾哈朗的話，什麽寸土必争，根本就是不可能做到的事情，而是應該按洪承疇所說，放棄鄂中地區，退守襄陽，集中兵力保住鄂西北，才是正路孑。
現在荊州、徳安都丢了，可不能一錯再錯了，因此勒克德渾也立刻下令，放棄承天府，全面退守到襄陽府，并且以襄陽、樊城兩地爲核心，分兵把守宜城、南漳、谷城等地，全爲守衛襄陽府。
這時濟爾哈朗也趕到了南陽，正在從陝北、河南等地調集人馬，沒想到就這麽十幾天的功天，湖北大部己經失守，也不禁大爲震驚，不敢在南陽久做停留，急忙帶着剛剛招集的六千多人馬，趕到了襄陽。見到了勒克德渾之後，問明了戰況，而勒克徳渾也毫不客氣，把濟爾哈朗的寸土必守策略大加指責。
而濟爾哈朗也沒有責怪勒克徳渾，一來确實是自己的命令錯了，二來勒克德渾是代善的孫子，現在代善正是代理多爾衮攝政，而且自己和多爾衮己經在暗中較勁，需要代善的支持，當然也不能得罪勒克德渾。因此濟爾哈朗一面安撫勒克德渾，一面下令四川的尼堪，迅速帶軍出川，來支援湖北戰場。