首先要确定的，是自己集團下一步的路線，是繼續以軍事擴張爲主，還是以恢複發展爲主。在這一點上，大多數人都認爲，應該暫時停止軍事進攻，先恢複一段時間再說。
這一點商毅從原則上來說，也是同意，商家軍的戰鬥力雖然強，但畢竟自己現在隻有浙江一個省、山東、江蘇的部份地區，基礎畢竟不厚，也難以再擴大戰争。因爲打仗不僅僅是動用軍隊，同時還需要征調大量的民役，這次收複南京的戰鬥，投入的軍隊在十五萬左右，而前後征調的民役卻超過了四十萬，而這些民役都是主要的社會生産力，被征調參戰必然會影響到社會生産。雖然現在商毅還有大量的庫存白銀，但白銀畢竟隻是一種貨币媒介，不能當飯吃，如果社會生産跟不上去，一樣沒有用。
因此先停止戰争，把新占領的地區穩固下去，恢複農業生産，發展經濟，積累再豐富一些，然後再進一步擴張，也符合現在的情況。而商毅也把恢複發展的時間，定在三年左右，按照現在的自己積累的行政經驗、資源和經濟條件，三年左右的時間，完全能夠穩固住占領的地方，并且積攢下足夠的物資，然後再向清廷發動進攻。
從現在的外部情況來說，南方的三個南明朝廷基本都是不思進取的貨，而且隻要是稍一穩定下來，首先開始的是内鬥而不是對外，也不足以對自己構成什麽危脅；而北方的清廷經過了這一次慘敗之後，至少在五年以内，難以再對南方發動大規模的軍事進攻，這也給自己提供了一段難得的停戰發展時間。
當然商毅也知道，對清廷來說，也同樣需要時間來恢複，雙方實際上就是在比誰恢複得便快一些，更早的作好發動下一次戰争的準備。不過在這方面，商毅到是有充份的信心，雖然自己最終占領的地區，可能還不到清廷的一半左右，但都是經濟發達，物産豐富的地區，而且各方面的基礎也比清廷要好得多，因此發展速度絕對會比清廷快，完全可以比清廷搶先一步做好戰争的準備。
但恢複發展并不等于完全停止戰争，首先是江北的湖北、淮南還沒有取過來，無論是個戰略還是經濟發展的需求，這兩個地區都是商毅志在必得，因此要不惜一切代價将這兩個地區奪取過來。而且即使是把目前所有的自标都實現以後，在局部地區，如果出現了比較好的時機，仍然也不要放過機會，堅決出擊。一方面是可以逐步擴大自己的占領地區，另一方面也是給清廷制造一些麻煩，不讓他們這麽輕輕松松的恢複發展。不過戰争的規模盡可能的控制在一定的範圍以内，在這方面由**部來根據俱體情況來決定。
另外就是如果清廷或都是南明的勢力，主動向商毅發動進攻，這種情況也不是不可能發生的，那麽也就講說不起，當然是盡全力奮起迎戰了。
衆官們也都同時商毅的意見，畢竟現在還是亂世期，并不是從容恢複發展，休養生息的時候，應打的時候，還是要打。
這一點通過之後，接着就是确定占領地區的行政組織結構。現在商毅的占領區大體是分兩塊，就是以浙江爲核心，包括江蘇部份和台灣、另一塊就山東地區。而在行政組織結構，除了山東地區以外，其餘的地方都沒有省級行政，最高隻到了府一級，然後由杭州行政部來統一管理。
但現在商毅實際己經占領了三個完整的省，如果實現了收複南京的後續目标，将基本占領六個省，加上山東和台灣，實際有上八個省，因此府一級的行政單位顯然是不能适應現在的情況，必須建立省一級行政單位。
在中國古代，自宋代開始，由于吸取唐代藩鎮割據的教訓，害怕地方勢力擴大，因此不在設立正式的地方省級行政單位，但爲了便于地方的管理，在必要的時候，由中央臨時派出官員，統管一省或數省之地，宋元時期的這種省級官員稱爲安撫使或宣撫使，而在明清時，則是巡府或是總督，實際就是變相的省長。
但這種官職設立的随意性仍然很大，雖然到了明中後期，各省巡府，己經成了常設職務。但從理論上說，仍然屬于臨時性的官職，而且官員的任職時間，地點也不固定，因此不利于地方行政的延續。同時就是巡府的設置，也不穩定，有的大省會分割出二到三名巡撫來。
因此商毅也決定，釆用後世行政區域的劃分方式，依次分爲：省、直轄市——市（分省會市和地級市兩種）——縣——鄉、鎮四級。而在鄉、鎮以下，還設村一級單位。
現在自己占領的地區，分爲山東、湖南、江西、浙江四個省，南京一個直轄市，台灣暫時劃規浙江省管理，而各級行政長官、行政機構的名稱也沿用後世的習慣，省稱省長，行政機構稱爲省政府，市稱市長，行政機構稱爲市政府等。但村級單位叫村委會，建立了人民公社的村，則和爲公社委員會。各級行政長官都由杭州行政部指派，不過村級由本村自行選舉村委會或公社委員會。
對于商毅制定的這些行政機構，衆人也沒有多大的異議，其實也就是名稱區别，所謂省長、市長，也無非就是巡撫、知府換個馬甲罷了。因爲畢竟商毅現在還沒有正式扯旗自立，還不方便使用原來的官職名稱；而且如果以後商毅真的開國立朝，使用新的名稱，也表示新朝的新氣像，與舊朝的區别。這也是順理成章的事情。
當然商毅制定的這些行政機構和明朝最大的不同在于，縣級以下還設立了鄉鎮一級，鄉鎮下面還設有村一級。而在此前曆代，最小的行政單位都是隻到縣一級。縣以下的鄉、村雖然沒有裏正、鄉老、亭長一類的官職，但都隻能算民間組織，不屬于國家幹部。這也造成了中國古代國家對社會最基層，幾乎是一片空白，沒有任何實質性的管理。也使古代社會基層實際被胥吏、地方豪強勾結把持的局面，不僅使國家的法令難以得到很好的實施，而且還加重的基層人民的負擔。
不過商毅在浙江的時候，就己經建立了鄉鎮——村一級的行政機構，事實也證明，這樣的行政機構，對于控制地方基層，确實十分有效，不僅商毅的法令、行政都能夠得以比較順利的實施，征收稅賦，征調民役等方面，都比過去有效率得多，而且也有力打擊了地方豪強勢力，沒有了胥吏矇上欺下之後，也減輕了許多百姓不必要的負擔。在這戰亂的時代，商毅占領地區的百姓們依然能夠保持生活充足，可以說鄉鎮——村一級的行政機構也發揮了相當大的作用。
因此杭州的官員們對此也并不覺得意外，相反還都十分支持這一機構的設置。同時也證明商毅不僅僅是一位兵法大家，在行政治民方面，同樣也表現得非常出色。
是衆人都通過了自己提出的行政組織結構，商毅也十分高興，下面就是要确定目前四省的省長人選，然後再層層建立行政機構。而這次商毅打算采用一個新的辦法來确定人選，就是投票。
各省的省長人選中，隻有山東省是最沒有懸念，由原山東布政使孟宏恭出任。說起來孟宏恭是商家軍第三軍軍長楊武丞的嶽父，也是最早投向商毅的明朝官員，這幾年來一直都在山東地區付責民政工作，和山東地區的軍事官員周少桓等人也配合得也很好，因此山東正式建省，他當然是出任省長的不二人選。
而其他三個省的省長，衆人經過了一番篩選，确定了六各備選人，然後由行政部的官員進行無記名投票，最後正式确定下來，浙江省的省長由周少卿擔任，江西省的省長由原來杭州府的推官蘭秉浩出任，湖南省由原來山東沂水縣的縣丞孫成出任。
這三個人中，周少卿自然不必說，周氏一門已經成爲商毅集團中占有舉足輕重的地位，深受商毅的信任和重用，而且周少卿一直擔任揚州知府，也幹得有聲有色，政績斐然。而孫成和蘭秉浩原來都是小官，在商毅入主浙江之後，都出任一地的知府，也都是行政官員中的表現得十分出色的人。因爲商毅建立了完善的人事制度，也都拿得出有說服力的證據，因此這三個人，基本也是衆望所歸，而且行政部的各官員投票選舉出來，任何人也都無話可話。
這也是商毅第一次在杭州的行政中釆用無記名投票的方式來進行決策。同時各省以下的官員，由省長提名，行政部官員投票确認。