譚泰、伊拜圖、佟圖賴、石廷柱等人率軍回到北京之後，多尓衮立刻下令，命鄭親王濟爾哈郎、英親王阿濟格率譚泰、佟圖賴、領十萬大軍出關，收複遼東。伊拜圖、石廷柱領五萬人馬，收複天津，駐守海邊。
但等濟爾哈郎、阿濟格的大軍，殺入遼東的時候，商家軍早己從盛京撤軍，但盛京地區的三大皇陵全部都遭到了極大的破壞，而且商家軍撤離的時候，又放火将盛京全部燒毀，留給清軍的，隻是一片廢墟。消息傳來北京之後，朝野上下立時恸哭一片，不少人都哭得幾度昏迷，死去活來。還有不少人都吵吵嚷嚷，要求清廷立刻出兵，和商家軍決一死戰，報此不共戴天之仇。
而清軍接手的遼東，完全是一個亂攤子，商家軍在遼東的時間雖然不長，但破壞力極大，除了盛京之外，還連毀了好幾座州城，導緻幾十萬人成爲無家可歸的流民，隻好四外流竄，以搶奪求生。因此商家軍雖然退了，但遼東依然不安定，清軍還需要四處平定流民之亂，在短時間内，無法從遼東抽身。
而且多爾衮也知道，就算遼東安定下來，清廷也沒有力量向商家軍發動進攻，因爲這時清廷已經收到了南京失守，多铎被擒，駐守南京的十幾萬大軍全軍覆沒的消息。在這種情況下，商家軍不乘機發動北伐，就已經是好的了。因此多爾衮一面嚴今将這股呼聲強壓了下去。一面又以皇帝福臨的名議,下罪己诏。
随後多爾衮又得知，商家軍在攻占了南京之後，正在占領江南的湖南、江西兩地，并且和南明各朝廷發生了沖突，心裏也大爲放心，看來商家軍還沒有北伐的意圖，而且如果商家軍進一步和南明各朝廷發生惡交，說不定會把商毅的注意力吸引到南方去，這對清廷當然是一件好事。
但清廷下一步将做何打算，如果商毅真的和南明惡交，清廷是選擇坐山觀虎鬥，還是出兵聯合一方，而且引伸一下，清廷的最終目标，是滿足于現在南北分治，還是仍然要統一天下，多爾衮現在也心裏也沒有一個準主意，論行軍打仗，多爾衮确實不比皇太極差多少，但論大的戰略眼光，高瞻遠矚，定策決斷，多爾衮也不得不承認，自己拍馬也趕不上皇太極。而且在這方面，滿旗重臣也幫不上多爾衮多少忙，因此隻能依靠漢臣。
多爾衮首先找範文程商議，而範文程建議，最好是先招回洪承疇，一來是了解一下前線俱體的情況，二來也是聽一聽洪承疇的想法。多爾衮也從其言，下旨招洪承疇回京面對。
就在這時，又傳來消息，商毅在南京對清軍進行公審，将六千多清軍，連同多铎等十餘名高級将領持行槍決，同時還在［杭州時報］上發表了一份充滿了示威口氣的發言，這個舉行也讓多爾衮大爲震驚，同時也感到一陣心寒，一來是沒想到商毅會這麽狠，二來商毅這明白着是向清廷挑畔，表示他根本就沒有把清廷當一回事，想殺就殺，絲毫不留情，就好像過去清軍殺漢族人一樣。
但問題在于現清廷根本無力向商毅發反擊，而且就是有力量，多爾衮也不敢輕易向南方進攻了，如果多爾衮也能穿越一把，首先要做的，就是絕不再發動第二次南征了，隻可惜沒有後悔藥吃，也隻能這麽忍着。而且也不禁老調重談，商毅到底是從那裏冒出來的人呢？爲什麽會這麽厲害。
但想想過去二三十年裏，清軍一直都打得明軍滿地找牙，皇太極甚緻口出狂言，清軍對明軍可以以一敵十，幾曾遇到過現在的局面，因此在清廷之中，也開始出現種種流言，認爲清軍所以會慘敗，完全都是因爲多爾衮太無能，如果先帝還活着，這時早就己經統一天下了。
聽到這些消言之後，多爾衮心裏又氣又悔又恨，他當然知道,這是政敵對自己的攻擊,但碰上商毅這樣的怪物，皇太極活着又能有什麽用，結果恐怕還不如自己，要怪隻能怪自已命不好，怎麽遇到商毅這樣一個對手，皇太極怎麽就死得那麽早，把個爛攤孑甩給了自己。
結果生氣帶憋火，同時又傷痛多铎慘死，多爾衮又一次病倒，在床上躺了十餘天沒起來。幸好這次濟爾哈朗不在北京，要不然還真就危險了。
――――――――分割線―――――――――分割線――――――――洪承疇回到北京的時候，己經是正月初二，他的新年是在回京的路上過渡的。
當然現在洪承疇也無心過年，說實話這一路上洪承疇心裏也頗爲不安，也不知道自己這次進京的命運如何。不管怎麽說，自已也是這次南征的主将，現在遭到這樣的慘敗，自己肯定是脫離不了付責的。
當然在回北京之前，通過種種手段，洪承疇終于迫使趙嶽倔服投降，也算是最後有一點收獲，在一路上洪承疇毎天都和李本深、趙嶽讨論商家軍的戰術以及訓練方法，一來是打發旅途時間，二來也是認真準備，進京之後應對多爾衮的種種對策。而每談論一次，洪承疇也都自覺受益非淺，但自己準備的這些東西，能否打動多爾衮，洪承疇心裏也沒有底。
一行人走到阜城門外的時候，隻見一隊清軍，押着數百名帶着手铐腳鐐的男女，從阜城門裏出來，被押的人一路走一路哭，而士兵還在不斷的喝斥打罵。隐隐約約可以聽到：
“官爺,我們真的是冤枉的呀”
“少廢話，管你們冤不冤枉，快走快走。”
“求求攝政王，饒了我們，我們真的沒有謀反啊！”
“攝政王那有空見你們，認命，要怪就怪你們都姓朱，下輩子托胎，千萬别投到姓朱的家裏。”
沿路上也有不少看熱鬧的人，指指點點，議論紛紛。而洪承疇眼尖，到是看見當先一人竟裏原明的潞王朱常淓,不過這時他一頭散發,身穿罪衣,還帶着手铐腳鐐,目光呆滞,一付聽天由命的樣子。心裏也不覺有些奇怪，派一個家人去打聽是怎麽回事。
不一會兒家人回來告訴他，這些被押的人都是原明的宗室藩親，據說是勾接南方的朱氏餘孽，圖謀造反，都被處以極刑，今天是推出去處斬的。
原來商家軍在遼東大鬧了一場，把愛新覺羅氏的祖墳都給刨了，又在南京十分高調的把六千多名滿旗俘虜處決，在清廷上下确實引起了極大的轟動，現在清廷沒有力量去打商毅，隻能把氣撤在北京的漢族人身上，八旗貴族們自發組織起來，也把眀朝的皇陵也給破壞一空。
同時還有不少激進份子，要求将留在北京的原明降官統統殺了，爲這次南征死難的清兵報仇；還有人覺得隻殺降官還不解氣，要求也殺六千名漢人；更有極端的，更緻建議把現在清軍占領地區的漢人全部都殺光，然後退回關外去。
多爾衮雖然也很想殺一些人來解氣，但也不敢接受這麽極端的做法，雖然多爾衮并不害怕什麽人民的力量之類，而且現在關外才多大一點人，漢人雖然懦弱，但論數量足是滿人的數百倍，如果要把漢人全都殺光，恐怕也會逼得所有的漢人都反對清廷，何況現在清軍中就有不少漢族人，漢族官員也有不少身居要職，萬一把他們都逼急了，和商家軍勾結起來，清廷絕不是對手。因此絕對不能這麽做。
但如果不殺一點人，多爾衮心裏這口氣也出不來，因此也隻能對明朝的宗室藩親下手，借口他們勾結南方，意圖謀反，将留在北京，以及這兩次南征抓回來的明朝宗室藩親連同他們的家屬，一共有千餘人，全部處斬，也算是可以出一口惡氣。
洪承疇雖然不知道這些內幕，但以他的老于世故，那會猜不出來其中的緣故，因此也隻好歎了一口氣，搖了搖頭。他當然知道,清廷的這些做法,對商毅沒有一點損失,相反還會激怒所有的漢族人,那麽這是否也在商毅的計算之内呢？
而這時他們身後，趙嶽的聲音道：“這些人都己經一無所有了，還能夠造什麽反，真是欲加之罪，何患無辭。”
洪承疇回頭看了他們兩人一眼，見李本深對此并無勵幹衷，就當是沒看見一樣，但趙嶽卻是一臉忿忿不平的表情，嘴裏還嘟嘟囔囔，不知在說些什麽。洪承疇也知道，趙嶽雖然被迫投降，但心裏多少還是有一些不甘心，不過這要等自己慢慢來收服他，道：“你們兩人記住，現在已經進京了，比不得在軍中可以随意，千萬不可造次，否則就是我也保不了你代。”
李本深忙道：“大帥放心，小人絕不敢任意妄行。”
而趙嶽隻是點了點頭，道：“知道了。”
看到趙嶽的表情，洪承疇也拿他沒有辦法，隻好苦笑了一聲，道：“我們進城去。”