而這時在東安門，清軍也向商家軍發動了一次反擊，爲了掩護多铎逃走，雖然明知不敵，但屯齊還是帶領人馬，向攻進東安門的商家軍發動了進攻。
但這也是在南京皇城裏發生的最後戰鬥。
但這時誰都看得出來，清軍的大勢已去，隻不過是垂死掙紮而已，清兵的鬥志也十分消沉，兩邊的抵抗都沒有支持太久，就立刻土崩瓦解，四路的商家軍都己殺入了皇城，正在皇城裏全面展開對清軍的搜查和清剿，到外到是“放下武器，投降免死”的喊叫聲，而清軍在皇城裏四處流竄，盡力躲避商家軍的追擊。除了一小部份人還繼續負隅頑抗之外，大部份的清兵都選擇了投降，也包括相當一部份滿旗清兵。
畢竟除了少數的皇族宗室以外，大多數的滿旗淸兵其實也是普通人，一開始守衛南京時，還有殉城、戰死、爲國盡忠的決心，但在經曆了幾天的激戰之後，就是意志最堅定的滿旗清兵也身心俱疲，面對着商家軍黑洞洞的槍口和雪亮的刺刀，也都沒有抵抗之心，紛紛扔下武器，舉手投降。
而率領清兵向商家軍發動最後攻擊的屯齊，在戰到最後，本打算自殺殉國，但被商家軍的士兵一擁而上，打掉了用來自殺了佩刀，結果被商家軍生擒活捉，成了俘虜。
商毅是在十六日清晨進入南京，這時皇城裏的戰鬥己經基本結束了，士兵們正在清理皇城裏的戰場，撲滅燃燒的火焰，并且收容降兵和俘虜等等工作。不過在皇城外面，零星局部的戰鬥還在進行着，因爲南京城實在是太大了，而且這時人口稀少，讓清軍有足夠的空間躲藏，同時還有一部份清兵逃出了南京，在城外流竄，也給商家軍的清尾工作帶來了一些困難。等到全面肅清南京城裏的清兵，己經是三天以後的事情了。
但這一切都不足以改變大局，整個南京地區這時也都已經被商家軍全面收複。而這時距離商毅從南京撤離的時間，己經過去了十個月。
這次進攻南京的戰鬥一共進行了五天，商家軍一共戰死了二萬四千一百七十三人，傷一萬三千六百二十二人，而殲滅清兵四萬一千三百八十八人，俘虜竟多達四萬八千四百一十七人，這還不算被清軍臨時征調來的民兵。
這些民兵還剩餘三萬多人，經過鑒别之後，全部都釋放了。其實鑒别起來也非常容易，隻要是說得一口流利的南京話，基本就能夠證明是被清軍臨時征調來的南京人，也可以被釋放。當然也有一些不會說南京話，但也自稱是民兵的，隻能先關押起來，以後慢慢分辯。
另外在戰鬥結來之後，還繳獲了清軍的戰馬七千餘匹，各種火炮二百二十七門，火铳六千三百七十七杆，盔甲刀槍旗幟更是不竍其數，還有糧食十萬餘石，白銀六十萬餘兩等等其他物資。因爲清軍并沒有來得及把所有物資都運走。隻是被清軍俘虜的明朝官員，宗室等人都被轉移北上。
商毅和亞莉桑徳拉一行人馬是在成進的陪同下，跨乘着騎在高頭大馬，沐浴着清晨的陽光，以勝利者的姿态，從承天門直接進了南京的皇宮。沿途的士兵看到商毅的一行人，也都紛紛停下來，向商毅行禮，還喊着：“督師”或是“商督師”。而商毅在大馬上，也向他們一一還禮，也道：“大家辛苦了。”
穿過了承天門之後，商毅騎在高頭大馬上，左右看着南京的皇城建築，雖然這不是商毅第一次進南京的皇宮，但這一次的感覺和以前那一次都不一樣，因爲這個時代的南北二都之一的南京，如今己經完全在自己的掌握之中了。因此心裏也充滿了自豪感。
亞莉桑徳拉和商毅一起進過北京的皇宮，但南京皇宮卻還是第一次來，因此在馬上也是左顧右盼，雖然戰争留下的痕迹仍然十分明顯，有部份建築甚緻都己經被燒毀，但依然掩飾不住皇城的優觀華麗和威嚴氣氛。
通過了午門，也正式進入了南京紫禁城，可以看見在正前方屹立的太和殿，亞莉桑德拉也不禁歎息道：“商，我還以爲北京的皇宮己經是這個世界上獨一無二的了，但南京皇宮看起來，似乎一點也不比北京的皇宮差。這樣壯觀的皇宮有一個就已經是奇迹了，在你們的國家裏居然有兩座，簡直是太不可思議了。”
商毅呵呵一笑，正要說話，這時在太和殿前忙着清理戰場的士兵也都紛紛停了下來，擁到商毅一行人的進前，縱聲歡呼，有的喊着“督師威武”也有人喊“督師萬勝”。而商毅也努力模仿着在影視劇看到天朝太祖的光粹形像，在馬上向兩側的士兵們揮手緻意。
就在這時，也不知誰大聲喊了一句：“督師萬歲。”
人群中都稍停了一下，但馬上就有人附合起來，跟着大喊“督師萬歲”“督師萬歲”。随後，其他人也都加入了歡呼聲中，不多時整個皇宮裏都形成了一個統一的聲音，全部都是“督師萬歲”。
商毅剛聽到的時候，隻是怔了一怔，但馬上恢複了常态，仍然向士兵們揮手緻意，或是行禮，十分坦然的接受了這個歡呼。而跟在他身後的成進一開始也有些緊張，但見商毅沒有表示反對，也就放心了，相反還在後面示意士兵們再喊得大聲一點，熱烈一點。
亞莉桑德拉側着頭，笑道：“這樣的稱呼，是表示他們承認你是他們的皇帝了嗎？”
商毅淡淡一笑，道：“不過現在還早了一點。”
說着一行人馬己經來到了太和殿前，商毅下馬之後，站在太和殿的台階上，向士兵們行了一個軍禮，然後才帶着衆人一起，走進了太和殿，而在身後是山呼海嘯一般的歡呼聲，震徹雲霄。
這時太和殿裏都己經收拾幹淨了，地上連一滳鮮血都沒有了。警衛連都守在太和殿外，而成進也向商毅告辭，去其他地方視查，整個大殿裏隻剩下商毅和亞莉桑徳拉、吳亮、安德烈等幾個人。
看着這座熟悉的宮殿，商毅也不禁想起在十個月以前，南京保衛戰也就是從這裏開始的，心裏也不禁生出無限的感概來。經過了十個月的努力，自己終于又回到了這個地方，而現在的一切事情也都發生了巨大的變化。明朝己經徹底滅亡，現在隻剩下幾個宗室藩王在南方苦苦支撐，維持着表面的延續。而清廷經過了這一次失敗以後，恐怕也會元氣大傷，在短時間內，沒有能力再度發動南征，而自己也終于獲得了發展的空間和時間，直到這時起，才真正俱備了争雄天下的實力。
想到這裏，商毅也不禁踏上了金階，來到龍椅寶座，撫摸着椅子的扶手，笑道：“有多少人就是爲了這個位置，争得你死我活，殺人無數。”
其他人當然不敢上金階，隻有亞莉桑徳拉走上了金階，然後一屁股坐到龍椅上，笑道：“這個位置有這麽神奇嗎？那我先來坐一會兒。看看有什麽不同的地方。”
商毅呵呵笑道：“感覺怎麽樣。”
亞莉桑德拉雖然大膽，但也不敢久坐，站起身道：“并不比家裏的椅子坐得更舒服啊！也該讓你坐一會兒了。現在這個位置也算是你的了。”說着把商毅拉來，坐到龍椅上，然後又道：“商，收複了南京以後，下一步你打算做什麽？馬上當皇帝嗎？”
商毅坐在龍椅上，這玩意以前在電視裏經常見到，在參觀故宮時，也離得遠遠看見過，在這個時代也看過好幾次了，現在到是終于可以坐一坐了，因此向後靠了一靠，又敲起了二郎腿，道：“我剛才不是說過嗎？現在還爲時過早了一點，等打下了北京，那就差不多。”
他們正說着，隻見成進匆匆又跑了回來，見商毅在龍椅上坐着，也怔了一怔，一時竟不知道該如何向商毅行禮了。雖然平時都是行軍禮，但這時商毅可是坐在龍椅上，成進現在可不是什麽都不懂的山村少年了，當然知道這意味着什麽，隻不過看商毅坐着的姿式，怎麽看也怎麽不像皇帝的樣子，因此神色之間也頗爲尴尬。
商毅見了他的表情，也不禁苦笑了一聲，看來封建思想果然還是深啊。笑道：“成進，怎麽進了皇宮，連軍禮都不會了。”
成進這才會過意來，趕忙立站敬了一個軍禮，大聲道：“報告。”
商毅也從龍椅上站起來，向他還了一禮，道：“什麽事情。”
成進道：“報告督師，我們己經抓到了多铎。”
商毅的眼睛一亮，道：“是嗎?那可太好了，把他給我帶上來。”