而現在商毅真正需要操心的，是解除浙江南面的危脅，因此在七月底的時候，商毅也乘船離開杭州，親自趕奔南澳，和鄭成功會面，支助他立刻起兵。
由于第一、二分艦隊己經都被列入參加跨海突襲的艦隊，因此這次出行，商毅隻帶着第三、四分艦隊出發，而旗艦還是使用的老艦銀号艦，而沒有使用新造的嶽飛号，同時随軍還帶了一個步兵旅。
因爲現在福建己經基本被清軍占領，爲了不讓清軍發現自己的行動，因此這次從海上到達南澳的航線，商毅并沒有選擇直接穿過台灣海峽，而是繞道從台灣東部航行，從台灣南端彎進來，繞了一個大圈，才到達南澳島。
商毅一行船隊到達南澳島的時間是八月六日，這時離鄭成功起誓抗清已經過去了一個月的時間。在這一個月的時間裏，鄭成功在陳豹的幫助下，又招降了好幾支鄭芝龍的小股餘部楊期潢、杜輝、洪政等人，部衆己經擴大到六千人，各種大小戰船約有百餘艘。如果再加上鄭鴻逵部的三千餘人，差不多己經有近萬的兵力了。
而在其中，沈壽嶽己經先期到達南澳島，支助給鄭成功的錢糧也發揮了相當大的作用，因爲隻有對歸順的部衆給糧，開饷，才能夠穩軍心，吸引更多的人來加盟，否則講再多的大道理也不好使。因此正是有了這一批錢糧，才使鄭成功招降父親餘部時的底氣，也比鄭鴻逵和鄭彩都足多了。
這一次商毅又給鄭成功送來了火槍一千二百支，其中煫發槍有二百支，各種火炮五十門，包括十門二千七百斤的紅夷大炮。以及盔甲二千件，刀槍器械五千餘件。這些都是同清軍作戰時繳獲來的，到不是商毅舍不得把兵工廠裏生産的火器送給鄭成功，而是因爲兵工廠生産的火槍火炮都是用雷汞打火發射，如果送給鄭成功這樣的火槍火炮，就必須長達給他供應火帽，這顯然是不現實的。
不過現在鄭成功人馬招集了不少，但正缺少軍械武器，這次送來的武器又是一次極時的供應，因此鄭成功對商毅自然更是衷心感激。
商毅到達南澳島時，鄭成功也率領部衆，盛情迎接了商毅一行。在商毅下船和鄭成功見面的時候，鄭成功當衆向商毅下拜，以師長之禮相待，并且淚流滿面，感謝商毅對自已的支持。
看着鄭成功對自己一付感激不盡的樣子，雖然己經見到過許多這個時代的知名人物，但像鄭成功這麽對自己感恩待徳的，似乎還從沒有過，而且鄭成功還是其中名頭最響的一下，因此商毅也不覺頗爲自豪。
客氣了一番之後，鄭成功也設下酒宴，招待商毅一行。在酒席宴間，商毅才問道：“明俨，我看南澳島雖然有大海相隔，但終究隻是彈丸之地，何況既無穩居人口，又無産出，因此隻可以暫做存身之地，但卻不能倚之爲成大業之根基。那麽下一步你又做何打算呢？”
其實不用商毅提醒，鄭成功也在想這問題，現在屬于自己直接指揮的軍隊己有六千餘人，又有南澳和安平兩個據點，可以說的初步生存問題己經解決了，但六千多人的吃喝做度可不是一個小數目，能夠維持到現在，幾乎全是靠商毅在支助，但鄭成功也清楚，自己不可能總是依靠商毅的支助過日子，必須要能夠自己自足才行，而且困守在南澳島上，也難以有更大的發展，因此他也在考慮，在陸地上占領一塊地盤，做爲自巳開展抗清事業的基礎。
同時鄭成功雖然駐守在南澳島上，但也一直不忘打探陸地上的消息，洪承疇和勒克徳渾離開福建，返回南京之後，金聲桓和尚可喜兩部也都相繼離開了福建，轉向贛州、廣東一線，隻有覺羅巴哈納部還留守在福建，但兵力也己經大大的減少了。
另外由于清軍占領了福建之後，因爲四處殺戮掠奪，也引起福建地區的鄉民百姓的痛恨不滿，在清軍大部撤離了福建之後，立刻開始強烈反彈，在建甯府、福甯州、邵武府、延平府等地的百姓紛紛都揭杆而起，反抗清軍的暴政。雖然這些起義的規模都不大，但卻勝在數量多，分布廣，也清軍四處撲火，十分頭疼，因此也可以說，現在确實是鄭成功出兵的大好時機。
見商毅問起，鄭成功也道：“回禀督師，成功也知南澳一座孤島，非是久留之地，因此也早有打算，欲取泉州做爲基礎，然後通洋裕國，大開海道，興販各港，以足其饷，然後以圖複國報仇。不知督師大人以爲如何？”
商毅也點了點頭，鄭成功選擇首先進取泉州，而不是更靠近南澳的漳州，确實是很有戰略眼光的。因爲泉州是福建省最大的巷口，而且直通入海，地理位置要比漳州好得多，而且鄭成功擁有的另一個據點安平城離泉州僅僅隻有不足三十裏的路程，進攻十分方便。如果能夠攻下泉州，不僅可以做爲鄭成功發展的基地，同時能更好的開展海外貿易，增加财政收入。
另外現在鄭鴻逵和鄭彩也都是駐守在泉州附近的海域，因此在攻打泉州的時侯，也容易得到他們的幫助，不緻于是鄭成功自己一個孤軍奮戰。
頓了一頓之後，鄭成功又道：“不過據我所想，進攻泉州，打清虜一個出其不意，獲勝的機會很大，但我們攻占了泉州之後，清虜必會發大軍來複奪泉州，我的人馬剛剛組建，而且精于水戰而疏于陸戰，因此還請督師大人鼎力相助。”
商毅沉思了一會兒，道：“明俨放心好了，一但你出兵進取泉州，我會讓駐守仙霞嶺的守軍出擊，進取建甯府、福甯州，牽制清虜的兵力。如果清虜發大軍來複奪泉州，我會率船隊北上，剩虛襲取福州，屆時或許福州，泉州都可以一舉而下了。”
鄭成功聽了，也不禁大爲高興，如果按商毅所說的這樣布置，确實有很大的把握一舉攻下泉州，有了泉州這個基礎之後，自己養精蓄銳，等待機會，進而奪取整個福建。因此又向商毅拜謝道：“成功多謝督師大人相助。”
商毅擺了擺手，笑道：“明俨，你先不用謝我，我這樣幫你，是有一個條件。”
鄭成功忙道：“大人請說，是什麽條件。”
商毅道：“這次進攻泉州，不過我會把壽崇帶領的一個團交給你來指揮，增加你的兵力，助你攻下泉州。但将由你親自指揮，我并不參與，攻下泉州，甚緻是攻下了福州，都由你來管理，我也不會參與，但我希望隻動用你自己的部隊，而不要求助于鄭鴻逵和鄭彩的人馬。”
鄭成功怔了一怔，雖然現在他己經招集了五六千人馬，但想要攻取泉州，還是覺得兵力不夠，因此确實打算聯合鄭鴻逵和鄭彩一起進攻泉州，但卻沒有他到商毅會提出這樣一個要求來，也不禁大爲不解，道：“不知大人這是什麽用意。”
商毅看着鄭成功，道：“明俨，我希望這次攻下泉州，是靠你自己的力量，而不是依靠其他人。隻有這樣，你才能夠震服你父親的餘部，像他們證眀，你并不比你父親差。而他們才會心甘情願投靠到你的麾下來。”
鄭成功的身體微微一震，明白了商毅的意思。鄭芝龍失陷之後，餘部之中，實力最強的就是鄭彩和鄭鴻逵兩人，但現在鄭彩己是自立門戶單幹，而鄭鴻逵和鄭成功僅盡是親屬，但也隻是合作關系。因爲得到了陳豹和商毅的支助，現在鄭成功的勢力己經和鄭彩，鄭鴻逵不相上下了。
雖然現在他們處于同一陣營，而且對清軍都有同仇敵忾之心，但在互相之間的關糸卻十分微妙。由其是在招集鄭芝龍的餘部這方面，三方其實也存在着十分激烈的競争關糸。而鄭成功雖然是鄭芝龍的長子，但因爲掌軍的時間不長，在鄭氏軍隊之中沒有太多的威信，而鄭彩，鄭鴻逵幾乎是在鄭芝龍開始起事的時候就己經是鄭芝龍的重要助手，在這方面鄭成功顯然是比不上鄭彩，鄭鴻逵。
如果鄭成功和鄭彩，鄭鴻逵聯軍進攻泉州，就算能攻下泉州，也是歸三人共同所有，利益均沾，對鄭成功來說，并不利于他的發展。相反如果鄭成功是獨自攻下泉州，那麽情況就大不相同了，一方面是在福建地區内，正式取得了一個陸上的基地，另一方面也可以提高鄭成功的聲望，向鄭芝龍的餘部證明自己有領導他們的能力。在吸引鄭芝龍的餘部上，也一定會超過鄭彩和鄭鴻逵。
而且商毅也明确表示，會把自己的軍隊交給鄭成功來指揮，實際就是把攻下泉州之功全部都讓給鄭成功，同時在攻下泉州、福州之後，也全都交給鄭成功來管轄，完全是無條件的幫助鄭成功。