而且現在商毅不僅僅要考慮戰事的計劃，而且還有軍隊的擴大和編組、各種軍用器具的制造和積攢，以及實行跨海突襲的軍隊規模，戰船組合、士兵、彈藥、物資等等事情，也都需要他來費心，因此每天也都忙得不可開交。當然也不僅僅是他一個人，整個杭州，乃緻整個浙江地區的官員,軍隊,工人，也都在緊張的忙碌之中，就連商毅的妻妾們，也不例外。
當然到了這個時候，葉瑤瑱的腹部己經明顯凸起，現在己經完全是一付孕婦的樣子，因此也得到了全家的重點照顧，雖然這時葉瑤瑱還要付責相當一部份政務工作，但朱媺娖和陳圓圓也幫她分擔了不少，到還不算很辛苦，而由其是商毅，無論的公務有多忙，每天也要抽出一些時間來，陪着葉瑤瑱散步說話，每天如此，絕不間斷。
而時間就在這樣緊張和忙礙中一天一天的渡過，到了七月下旬，**部也正式拿出了一份軍隊擴編之後的正式編制，除了現在的五軍都有一定程度的擴大之外，還新成立了兩個軍。
首先是湖北戰區的商家軍正式編制成爲第六軍，由李定國出任軍長、黃慶文任副軍長，李牟任參謀長，原來九師的副師長李漢軍接任李定國，出任九師的師長，三旅的旅長，也由副旅長丁其兵接任任，另外還擴編師、旅各一個，番号爲十八師，二十二旅，由李成棟任新編十八師師長、李本深任新編二十二旅旅長，擴編之後，第六軍佤總計兵力爲三萬六千人左右。
下一步第六軍的任務是進攻黃州、蕲州等地，全面占領黃州府地區，然後向兩側擴張，爲下一步浙江地區進攻南京，吸引淸軍的兵力。
加上駐守揚州的第二軍，共計兵力約五萬七千人。現在整個江北的兵力己經達到了九萬左右。
而在浙江地區，把駐守浙南的軍隊編制爲第七軍，由段鵬出任軍長，特種兵旅擴編爲特種兵師，旅長何沖升任師長，并兼任第七軍副軍長，把原屬第一軍的第十師劃歸第七軍，别外還有兩個新編旅，番号爲十六、二十一旅。總計兵力爲三萬六千人。現在駐守在浙江南部與江西、福建交界的地方。
第七軍成立之後，第三軍又補充了一個步兵師，二個步兵旅，現在總兵力将達到四萬五千人左在，加上成進的第一軍兵力七萬四千人，駐守浙江北部。商家軍在浙江的總兵力已經達到了十五萬以上。
江北、江南相加，正式部隊的兵力差不多己經達到二十五萬左右，從部隊數量上來說，收複南京的兵力，差不多是足夠了。
同時執行跨海突襲計劃的部隊也己經決定下來，這次将出動海軍的第一、二分艦隊，共計大小戰艦五十八艘，水手士兵達到近六千人，另加運輸船五十三艘，組成全部的突襲艦隊。而新建成的一級戰列艦嶽飛号,現在己經完成了基本的各種試航、調校工作，也将正式參與這次跨海突襲行動。
其實這次海上突襲中，打大海戰的機會并不大，而嶽飛号參與，更多是出于像征意義，另一方面也是因爲嶽飛号的運輸能力強大，除去全船配備的水手士兵以後，還可以裝納三個營的士兵。這麽強大的運輸力量，在這次跨海突襲中，也是非常有用的。
而除了海軍部以外，參加這次跨海突襲行動的，還有從第一軍抽調第五師，從第七軍抽調一個特種兵團張達江随艦隊北上，付責登陸之後的戰鬥。這次跨海突襲行動由海軍的統領成鋼擔任總指揮，而登陸部隊由第五師程培經，和特種兵團團長張達江擔任。
整個跨海突襲分兩個階段完成，首先由突襲艦隊在遼東登陸成功,攻取了盛京，然後再由山東戰區發動跨海突襲的第二階段作戰，在大沽口登陸，攻取天津衛，給淸廷形成雙重打擊，迫使淸廷必須從南方調兵。
現在整個突襲艦隊也在做着最後的準備工作。
――――――――分割線―――――――――分割線――――――――商家軍在準備，清軍這時也同時在做準備工作，當然清軍是準備對湖北再次發動進攻。
就在洪承疇和勒克德渾南下江西督戰的時候，清軍在湖南戰場上，又取得了一連串的勝利。
自從何滕蛟和堵胤錫夾擊荊州的戰役失敗以後，在湖南的南明軍也被迫轉入防守，何滕蛟和堵胤錫分兵駐守長沙府和崇德府，以抵擋清軍向湖南的進攻。
清軍對湖南的進攻釆取東進西守的戰術，由耿仲明首先派部将徐得功、連得成從嶽州出兵，進攻新牆縣。何騰章曠部署新牆縣的防守，章曠派出招募的督、撫标下親軍守衛新牆縣，由吳承宗、姚友興、龍見明、滿大壯四人率軍兩萬駐守新牆縣。
但被何滕蛟寄于厚望督标親軍根本就是一群烏合之衆，等清軍殺到之後，一下孑就被打得大敗，結吳滿大壯陣亡，龍見明被清軍活捉，吳承宗、姚友興等聞風喪膽，棄地南逃，新牆也被清軍占領。
何騰蛟和章曠聞迅之後，也都大爲震驚，爲了挽回敗局，兩人又聚了五萬大軍，準備複奪嶽州，由章曠督兵由湘陰進軍，王進才和王允成部帶領的水師由湘水進軍，兩路大軍浩浩蕩蕩水陸并進，企圖一舉攻下嶽州，進而收取湖北。并且還移文堵胤錫，讓他從常徳出兵接應。堵胤錫接報之後，也命忠貞營馬進忠出兵，北入長江順流，進攻嘉魚，配合何騰蛟作戰。
清軍的嶽州守将馬蛟麟見南明軍勢大，一面守城，一面向武昌請援。耿仲明也立刻派兒子耿繼茂率部将石明雄、宋國輔、潘孝等人來救援嶽州。
那知清軍的援軍還沒有到達嶽州，馬蛟麟帶着副将李顯功率六百名騎兵出擊，在萬由橋迎戰明軍的先鋒黃朝宣、劉承胤部的一萬人馬。結果一戰下來，明軍又被殺得大敗，而這時清軍的援軍也趕到戰場，趁勢追殺五十餘裏，接着又擊敗王允成部的水師。章曠一直敗回了湘陰。
幸好這時，受堵胤錫節制的馬進忠部率軍由長江東下，直至嘉魚縣六矶口，使清軍回軍相救，這才使章曠得以守住了湘陰。但章曠敗陣，使馬進忠也不敢在嘉魚縣久留，隻好也回兵崇德。而這一戰又遭失利，使章曠、何騰蛟更是愧恨交加。
而這時耿仲明又親自率大軍，乘着大勝明軍之勢，出動大兵直取長沙。清軍進迫，明軍根本就不堪一擊，紛紛如鳥獸散。章曠率軍放棄湘陰逃往長沙，同督師何騰蛟商量對策。但何滕蛟這時也是策手無策，隻能向駐守常德的堵胤錫救援。
堵胤錫收到了何滕蛴的求救之後，立刻派造馬進忠、王允才部趕來救援長沙。但馬、王二部還在途中時，清軍就已經直趨長沙城下。何騰蛟、章曠眼看援兵未到,也不敢于清軍交戰，隻好乘船南撤，棄城而逃，結果清軍兵不血刃,就占領長沙。
随後清軍又乘勢兩路進軍，一路進攻常德府,一路逅擊何滕蛟。
因爲這時長沙己失守，堵胤錫在常徳府也是孤掌難鳴，因此也守不住常徳，和忠貞營一起，敗退到菱東地區，暫時駐守,等待時機。而何滕蛟卻是兵敗如山，連續放棄衡州、寶慶、辰州等地，一直敗退到永州。章曠在敗退途中染病，死于永州，偏沅巡撫傅上瑞、部将董英、黃朝宣等人都向清軍投降。
到這個時候,湖南之地僅僅隻剩一個永州,其他的地方基本都被清軍占領了。
而耿仲明正要乘勝進軍，奪取衡州，與尚可喜在湖南南部會師的時候，洪承疇的命令傳來，令耿仲明把湖南交由韓岱管理，率領本部人馬，立刻返回武昌，準備參加清軍第四次征剿湖北商家軍的戰鬥。
三次進攻湖北都慘惜失敗，相反還使湖北地區的商家軍實力越來越強，地盤越來越大，由其是第三次進剿失利之後，整個黃州府都差不多被商家軍占領了。盡管在這個時候，清軍在湖南、江西、福建的戰場上都連連得手，但洪承疇依然是憂心忡忡，畢竟現在清廷最大的敵人還是商家軍，而不是其他的南明勢力。這也讓洪承疇覺得，如果再不盡快剿滅湖北的商家軍，以後恐怕就越來越難了。
現在湖南、江西、福建都己經平定了下來，而且鳌拜部也己經到達南京，洪承疇還從江西帶回來五萬人馬，兵力是足夠了，因此洪承疇也覺定，立刻再對湖北的商家軍發動新一輪的進攻。回到南京，把鄭芝龍送走而這一次把耿仲明也調回來進攻湖北，主要是不想讓他和尚可喜順利在湖南南部會師，因爲當初分派吳三桂、尚可喜、耿仲明三人進取南方的時候，就作了精心的安排，把他們三人分割開，現在吳三桂遠在四州，不足爲患了，但一定不能讓耿仲明和尚可喜再彙合了。同時洪承疇也打算借這次進剿商家軍的機會，消耗耿仲明的實力，不過洪承疇自然不可能向阿濟格做得那麽明顯。
雖然耿仲明心裏不願意，但這時隻有他一個人，可不敢違抗洪承疇的命令，隻好把湖南的事情和韓岱做了交接，然後帶着本部的人馬，返回武昌。
韓岱則帶領大軍，繼續向永州發動進攻，然後與尚可喜、金聲桓等人會師，繼續南下，進攻兩廣地區。