清軍畢竟是久和啇家軍作戰，也習慣了商家軍把一個個不可能變成可能，但鄭芝龍以前隻是聽說過商家軍的戰績，而這一次雖然也不是和商家軍作戰，但也有了深刻的體驗。而另一邊鄭成功也對商家軍的戰鬥力更爲佩服，而朱聿鍵更是羨慕不已，同時心裏隻歎息，爲什麽鄭芝龍不是商毅呢，如果自己能夠得到商毅的輔佐，那麽收複失地，中興大明也指日可待了，因此也想如何才能使商毅奉自己爲正朔呢？
而就在這時，商毅的信也送到福州鄭芝龍手裏。
盡管商毅在信中的語言十分嚴曆,但挾持着複寺仙霞嶺的餘威，鄭芝龍卻不敢有一點不悅的意圖。而且現在鄭芝龍現在雖然是在和清廷談判，但也沒有從清軍那裏得到明确的消息，誰知道清廷會不會答應自己的條件呢？因此在這種情況下，自然也不能把商毅給得罪了，萬一自己沒有和淸軍談好，還是希望和商毅保持着繼續連盟的關系，共同抵抗清軍。
當然就算是和清軍談好了，鄭芝龍也不打算和商毅爲敵，因爲鄭芝龍和清軍談判，主要的目地隻是想讓清廷承認自在福建、廣東的獨立勢力，但并不打算真正爲清廷賣命。而且商家軍的實力确實太厲害了，和商毅爲敵，自己未必有好結果，何況鄭芝龍在本質上還是一個啇人，做事自然不會做絕了。
因此鄭芝龍也給商毅回了一封信，措詞用得十分婉轉，爲自己的行爲做了一些辯解，同時仍然希望繼續和商毅保持連盟的關系。
收到鄭芝龍的信之後，商毅當然看得出，鄭芝龍說得雖然委婉，但降清之意确是十分肯定的，誰也無法改變因此也隻是又給鄭芝龍回了一封信，隻是提醒鄭芝龍要小心清廷反複無常，不可輕身涉險。
同時商毅又命令南方情報機關嚴密關注福建的動靜，并且設法和鄭成功取得聯系，一但鄭芝龍真的降淸，就盡力扶持鄭成功，接替鄭芝龍，牽制福建的清軍。
不過在商毅收到鄭芝龍回信的同時，清廷派去和鄭芝龍聯絡的黃熙允也回南京，将鄭芝龍的回信送給了洪承疇和多铎。
這個時候，南京的洪承疇、多铎，勒克德渾商議下一步的計劃。
現在己經進入順治三年（1647年）六月中旬，洪承疇到達南京，己經有兩個月了，清軍的整編調整工作都己經結束，在軍事上的成績也不錯，雖然和商家軍的交戰中，吃了一點小虧，但還是阻止了商家軍在南京外圍的進攻，同時在湖南、江西兩個戰場都取得了不小的成果，招降鄭芝龍的工作也有了實質性的進展，至少鄭芝龍己經表明了有這方面的意向。而下一步就是準備清剿占據在湖北東北部的商家軍。
這也是洪承疇南下的第一個重點目标，自從洪承疇到達南京之後，就一直在爲清剿湖北的商家軍做着準備工作，而現在條件也都差不多了，可以開始出兵。
但時鄭芝龍的信也到了南京，意思也很明确，就是希望清廷一方派一個有份量的人去福建談判，而這一回可就不是再談什麽意向，而是實質性的條件了。而這也是洪承疇南下的第二個重點目标，招降鄭芝龍，占領福建，不僅可以完成對浙江的三面包圍，而且還可以獲取福建的财富，無論是那一點，對目前的清軍都是至關重要的。
想要完成招降鄭芝龍的工作，當然是要洪承疇親自跑一趟福建，因爲洪承疇和鄭芝龍是同鄉，兩人有過幾面之識，這份同鄉之誼，也是清廷招降鄭芝龍的一個重要基礎，爲了表現清廷的誠意，打消鄭芝龍的疑慮，洪承疇也必需親自出馬。同時一但招降鄭芝龍成功，清軍就要進取福建，廣東之地，并且都獲得這兩省的财富，也必須要一合有份量的人去江西坐鎮，壓制住尚可喜。
因此最終三人商議決定，由洪承疇和勒克德渾兩人一起南下江西，主持招降鄭芝龍，以及進攻福建、廣東的戰事，而多铎留守南京，并遙控指揮征剿湖北的戰事，同時也兼顧防範商家軍的進攻。
其實洪承疇已經對征剿湖北做出一個詳細的計劃，這次進攻湖北，将以貝子尚善爲前線總指揮，出動藍拜、阿哈尼堪，石廷柱、馬光輝、李思忠、劉良佐、劉澤清等滿漢諸将，共計出動人馬近六萬餘人，以壓倒性的優勢兵力，一舉清剿湖北地區的商家軍。
任務分派之後，三人立刻分頭行動，洪承疇和勒克德渾帶領佟圖賴、金聲桓兩将從南京出發南下，進駐江西。而多铎在南京調兵遣将，準備向湖北發動進攻。
就在衆人正要進動的時候，北京傳來了多爾衮的诏令，命令淸廷所占之地各處文武軍民盡令剃發，傥有不從，以軍法從事。也就著名的剃發令。
其實清廷強迫剃發，并非入關後才施行。早在努爾哈赤、皇太極時代，就曾多次下令，命清廷統治範圍内的漢族人剃發梳辮，改習滿族服飾，目地當然是爲了保持滿族的民族獨立性，不被漢族同化。
在清軍剛入關時，多爾衮也曾下令沿途各州縣官民均剃頭留辮，改習滿族服飾。但進入北京以後，遭到漢族居民的強烈反對，除了少數無恥之徒剃發邀寵以外，不少官員都觀望不出，甚至爲避免剃發而南逃。就連引清軍入關的吳三桂也多次勸說多爾衮，不要強行推令剃發。
因此在這種情況下，多爾衮也自知清廷統治還不穩固，推進剃發令确定操之過急，于是也很快就收回成命。順治元年五月二十日谕旨中說：天下臣民照舊束發，悉從其便。
在清軍入關以後的很長一段時間裏，明朝舊官投降了清廷之後，仍舊身穿明服，冠裳不改。因此在朝會的時侯，文武官員們也形成了滿漢分明，截然不同的兩種樣子。
但清廷隻是暫緩剃發，隻是一個權宜之計，而不是徹底取消剃發令，一但清廷在關内的統治穩定下來之後，早晚都會重新強令剃發的。隻不過是等侍一個合适的時機而己。
而清廷重新下令剃發的始作俑者叫孫之獬。他本是明朝天啓年間進士，早年投靠魏忠賢，得以上位，出任翰林院侍講。在崇祯初年，魏忠賢倒台之後，朝廷下令銷毀魏忠賢主編《三朝要典》時，他抱《要典》哭告太廟，爲世人所不齒，結果被明朝罷免，一直郁郁不得志。
清軍入關之後，孫之獬立刻俯首乞降，并且自己帶頭與家人奴仆一起剃頭留了辮子，而清廷爲收攬人心，接納并讓他出任禮部侍郎兼翰林院侍講學士。
清軍攻破了南京之後，多爾衮爲了速度招撫平定南方，曾下令在京文武官員可以自薦報名，出任南方各省的招撫工作。雖然這時商毅依然駐守在浙江，抵抗清軍，而且南方又有數王被擁之起來。但從表面形式上看，清廷的威勢幾乎己經席卷了全國，占據了絕對的優勢力量。因此一些熱衷功名的無恥之徒也都覺得有機可呈，于是自告奮勇，要求出使。希望可以憑借清朝兵威，謀取富貴。
而孫之獬自然也不甘心落入人後，而且還别出心裁的上了一表，稱自己：“占蔔了一課，得辭雲：‘時乘六龍爲帝使東，宣達诏命無所不通。’今皇上龍飛正時乘也，若臣得奉命則爲帝使矣。無所不通則成功矣。一生勳業留俟今日，臣不敢違天自逸，以取譴戾。
同時爲了表示自己對清廷的忠心，并博取多爾衮的好感，在第二天上朝時，孫之獬不但剃了發，留了辮，還改穿了滿族官吏的服裝。
結果在朝堂站班時，孫之獬首先想站到滿族大臣的行列。但滿族大臣都自謂高人一等，自然不屑與孫之獬同班，于是将他推擠出去。而孫之獬想回到漢族大臣班列時，漢臣們又恨他過于逢迎求寵，也不讓他入班。結果讓孫之獬夾在中間進退不得，狼狽萬狀。還被多爾衮申了一頓。
誰知孫之獬在羞惱之下，第二天又上書朝廷，稱：“陛下平定中原，萬事鼎新，而衣冠束發之制獨存漢舊，此乃陛下從中國，非中國之從陛下也！”
而在幾天之後，多爾衮代表清廷正式發下了剃發令，并傳谕各地：自今布告之後，京城内外限旬日，直隸各省地方自部文到日亦限旬日，盡令剃發。遵依者爲我國之民；遲疑者，同逆命之寇，必置重罪。若規避惜發，巧辭争辯，決不輕貸。
同時清廷又下，加封孫之獬爲兵部尚書，并奉旨招撫山東各地。