清軍和商家軍在南京外圍激戰的時候，派出出的吳三桂、耿仲明、尚可喜三路人馬也都展開了各自的攻勢。
吳三桂和尼堪分兵兩路入川，由尼堪領兵，由湖廣施州衛進攻重慶，而吳三桂回兵關中，進取漢中，不過因爲四川路途遙遠，因此暫時還沒有回信。而另外兩路，耿仲明和韓岱進攻湖南、尚可喜和覺羅巴哈納進攻江西，都己經取得了一些進展。
現在駐守湖南的是原明湖廣巡撫何騰蛟。清軍擊敗了大順軍，攻取了湖廣北部之地以後，何騰蛟取道甯州、平江到達長沙。并在長沙設置了自己的巡撫行轅。而清軍在占領了湖北之後，首要的目标是進取南京，而攻下南京之後，又和商毅連番激戰，因此也沒顧得上管何騰蛟，并且對何騰蛟釆用招撫手段，連續二次派人來招降何騰蛟。
但清軍的招降都被何騰蛟拒絕，同時也抓住這段空閑時間在長沙安官設吏，招收殘餘明軍，招收了原明軍将領黃朝宣、張先璧、劉承胤、曹志建等幾部軍隊，聚集了人馬近兩三萬餘人，準備以湖南爲基地恢複湖廣全省。
鄭芝龍在福建擁立了唐王朱聿鍵以後，何騰蛟也奉隆武朝廷爲正朔，而得到這樣一位地方實力派大員的歸順，朱聿鍵當然也十分高興，當即任命何滕蛟爲湖廣總督，駐于長沙，并下令湖南各府屬錢糧俱解督府，等于是給了何騰蛟在湖南的财政軍大權。并任命原武昌兵巡道堵胤錫出任湖廣巡撫，駐于常德，并應何騰蛟所請，任命章曠爲湖南道員、傅上瑞爲偏沅巡撫，湖南諸将也皆封爲總兵。
朱聿鍵被擁立上位之後，到是頗想有一番任爲，希望何騰蛟能有守住湖南爲西翼，并讓鄭芝龍出兵守住江西爲中央，而在東翼又有商毅駐守在浙江，這樣一來就可以保住南方的大部份地區，和清軍抗衡，并圖複國。
不過和鄭芝龍、商毅相比，何騰蛟手頭上實力就顯得十分寒酸，所依仗的不過是一些原明留下來的散兵遊勇。而何滕蛟也知道指望這一批人難見大事，因此也在湖南招兵入伍，操練人馬。
這時被清軍擊敗的大順軍餘部也都陸續南逃，進入湖南、江西等地區。李自成在湖北通山九宮山一帶遭遇到當地民團的襲擊，己經身亡。而在李自成死前，手下最力的大将劉宗敏己死于清軍之手。大順軍的一号、二号人物都相繼戰死，大順軍也陷入群龍無首、各自爲政的混亂中，諸将之中，田見秀、牛金星、宋獻策等人都向清軍投降。
而其他的大順軍餘部大體可以分爲兩批，劉芳亮、劉體純、張鼐、袁宗第、吳汝義、郝搖旗、王進才、牛萬才等人逃到湖南東部的平江、浏陽一帶結集，李自成的夫人高氏，三弟李孜也在其中；李過、高一功、李友、賀籃、劉汝魁、馬重禧、張能、田虎、楊彥昌等人則逃到湖南西部的澧州一帶駐紮。
但這兩批大順軍的餘部都面臨着缺少糧饷，又沒有根基的困境，于是衆人商議，決定還是就近投奔到何滕蛟、堵胤錫的部下。這時兩批大順軍加起來，共計有近二十萬人馬，雖然家眷占了近一半，但其中也相當一部是當初大順軍的精銳士兵，戰鬥力還比較可觀，如何能夠好好利用這些人馬，确實能夠在湖南戰場發揮很大的作用。而且正好這時何滕蛟、堵胤錫手下也缺少軍隊，因此雙方也一拍即合，何滕蛟、堵胤錫都願意接受了大順軍的投降。
于是由何滕蛟收編湖南東部平江、浏陽一帶的大順軍，堵胤錫收編湖南西部澧州一帶的大順軍。這一下湖南的軍隊擴張了數倍，而何滕蛟也頓時軍威大振起來。
但接納了大順軍的餘部之後，在如何利大順軍餘部的問題上，何滕蛟和堵胤錫卻出現兩種不同的态度。
盡管收納了大順軍的餘部，但何滕蛟對大順軍并不信任，依然視其爲流寇,多方提防。同時還把從大順軍将領口中得知到李自成遇伏身亡的消息，假冒成自己的戰功，上奏隆武朝廷，稱是自己聯絡鄉勇，伏擊大順軍，誅殺李自成，并使大順軍的餘部自悔投降等等。
在俱體操作上，何滕蛟也沒大順軍以充分的休整和補給機會，使大順軍真正爲自己所用，相反還利用大順軍各将之間的矛盾，實行分化和排擠。大力提拔原來大順軍中地位較的郝搖旗、王進才等人，委任爲總督标下總兵、副總兵，但對原大順軍的高級将領劉芳亮、劉體純、張鼐等人，則極力打壓，既不安置駐地，也不供應糧饷，使這幾部大順軍隻能被迫就地打糧維持，但又被何滕蛟加以掠奪的罪名，同時還派人誘降這幾部大順軍的士兵低級将領，收爲自己的撫标親兵。
而堵胤錫卻和何滕蛟的方式則完不同，一來是他已經認識到，現在明軍的餘部将領和士卒都已腐敗已極，根本不堪大用，隻有大順軍還可以一戰，因此隻有全面聯合大順軍，使之納入己範共同抗清，才有保住湖南的希望。另一方面現在湖南的軍隊幾乎都掌握在何滕蛟手裏，自己部下幾乎一兵一卒都沒有，也隻能充份利用大順軍的力量。
于是堵胤錫隻帶了幾十名随從人員，親自趕到澧州的大順軍營中，向李過、高一功、李友等人陳明大義，曉以利害，說得聲淚俱下，也讓衆人頗爲心服，并且又與他們酾酒爲誓，使大順軍的衆将領十分感動，都願以聽命歸附。随後堵胤錫又派遣自己的親随傅作霖帶着自己的上疏，前往福建，在朱聿鍵面前爲大順軍的降将請爵受封。
何滕蛟和堵胤錫對待大順軍截然不同的态度，也在兩批大順軍内部産生不小的反響，不久以後，受何滕蛟招撫的幾部大順軍除了郝搖旗、王進才二部以外，其他人包括李自成的夫人高氏，三弟李孜都率部進入崇德府，同李過、高一功等人率領的大順軍彙合，在堵胤錫部下聽用。
但這一來卻引起了何滕蛟的忌恨，因此也上疏福建，不僅攻擊堵胤錫，而且極力诋毀大順軍反複無常，不可重用，更不可委以重職。
而傅作霖帶着堵胤錫的上疏到達福建之後，卻在隆武朝廷中立即引起了一場激烈的争論。内閣大學士蔣德璟、路振飛、林增志等人對此都大爲不滿，不僅重翻了大順軍攻破北京，逼死崇祯的舊帳，同時還把南京城破的責任也都推到大順軍身上，正是由于大順軍放棄武昌，才使清軍能夠沿江而下，直取南京，因此赦其無罪也就是很寬大了，怎麽還能請爵受封呢？
但翰林兼給事中張家玉、顧之俊、禦史錢邦芑等人卻都支持堵胤錫的意見，認爲現在自已最大的敵人是滿淸，而不是大順軍，因此對大順軍的餘部應該加以安撫，使之爲自己所用，反正封個候爵、伯爵也不過隻是一個虛名，相反還能坐收十幾萬人馬，又何樂而不爲呢？
朱聿鍵到還能夠保持清醒的頭腦，在衡量了利弊之後，還是決定釆納堵胤錫的意見，正式下旨招撫大順軍，并派馬吉翔爲使者前往湖廣頒诏：封高夫人爲貞義一品夫人，賜珠冠一頂，表裏四匹。封李過爲禦營前部左軍，挂龍虎将軍印，興囯侯，并禦賜名爲赤心，高一功名爲高必正，而其他諸将爲都封伯有差，所部稱“忠貞營”。
何滕蛟得知以後，雖然心裏很不舒服，但皇帝的聖意己經決定了，他也不便再加任向的反對意見。隻好暗氣暗憋，暫時忍下這一口氣來。
不過這時湖南的明軍己經非同小可，堵胤錫招撫了大順軍餘部之後，實際得兵七八萬餘衆，而何滕蛟這時也招募到三萬多撫标新兵，直接歸屬自己指揮，并分派吳承宗、姚友興、龍見明、覃裕春、滿大壯、胡躍龍、向登位等将統領，再加郝搖旗、王進才二部大順軍，和先期招集黃朝宣、張先璧、劉承胤、曹志建等幾部，手下的軍隊也達到近十萬餘衆。
洪承疇在南京上任之後，任命漢軍正藍旗梅勒章京佟岱出任湖廣總督，駐守武昌。但這時清軍的主力都在南京駐守，而且在湖廣駐守的軍隊也多數派到黃州防備商家軍，在武昌、荊州一帶駐守的兵力并不多，一共才一萬多人。駐守荊州的鄭四維手下隻有五千人。
因此何滕蛟也不覺膽氣壯了不少，到是頗有和清軍大戰一場的意思。而堵胤錫也想趁勢進軍，收複湖北之地。于是堵胤錫也制定了一個出兵計劃，兩人分兵出擊，由何騰蛟、章曠統兵由嶽州北上，牽制清軍在武昌的兵力；而自己同忠貞營從澧州出兵，先攻下荊州，然後引兵東進同何滕蛟部明軍會師武昌，然後攻取武昌，進而收複整個湖北地區。