而這時清軍在南京城裏的駐守兵力隻有四萬左右，在兵力上己經不占多少優勢，但火器部隊大半都留在了南京，由其是火铳兵，還有近萬人，另外還有火炮百餘門。因爲在此前的戰鬥中，商家軍一直都是保持守勢，而這一次商家軍卻主動進攻過來，因此阿濟格也覺得，這個機會也十分難得，到是可以和商家軍一戰。從前幾天的經驗來看，和商家軍的作戰，最好的辦法還是以火器來對付火器，現在自己也有足夠的火器部隊了，應該可以和商家軍展開正面戰鬥。
在經過十幾天的反複拉距之後，南京中部城區的建築己被催毀了大半，隻剩一間間殘轅斷壁，依稀還保留着幾分城市的格局，另外還有好幾處街道的大火未滅。街道上滿是碎瓦殘砺，而且百姓的屍體也随處可見。
這一戰商家軍出動的是李定國的第九師，兵力爲一萬左右，而清軍也出動了一萬二千人，包括有五千火铳兵、和二千弓箭手。兩方的兵力大緻相當，但因爲是在城市中作戰，中重型火炮難以定位瞄準，不過在九師的炮兵團中，有兩個炮兵營無法參戰，因此實際的兵力隻有八千五百人，比清軍要少一些。
在李定國下令進攻之後，八師的兩個步兵團立刻分散成以營爲單位，向前突進，而每個營又是以二個連爲一組，一個連突前，一個連稍後掩護，并伺機使用小型火炮支援，這樣一共分爲十六個小隊，展開面幾乎覆蓋了整個中部城區。雖然這時城區基本都被催毀，但在廢墟中仍然可以找到許多掩體，因此各營在突進的過程中，各自尋找掩體掩護自己，然後依次前進。
商毅在鼓樓上看得十分清楚，清軍是以火铳兵、弓箭兵和其他士兵合作成縱隊，從街道上向前推進。不過現在清軍的主導思想依然還是逼近商家軍之後，進行近身的作戰，火铳兵和弓箭手隻是爲其他士兵提供火力掩護，最終還是依靠近戰來結束戰鬥，因此并沒有像商家軍那樣依賴于掩護。但還是将兵力分散展開，向商家軍這邊逼近過來。
不過經過十幾天的城市戰之後，清軍也積累了不少巷戰的經驗，知道在城市中作戰，不能将兵力紮推，而是要盡力将兵力展開，才能發揮自己在兵力上的優勢，另外厚重的盔甲也影響了士兵們的靈活性，因此清軍的弓箭手和火铳兵也都換上了輕便的皮甲，隻有長槍兵還穿着厚甲，以便在接身作戰的時候取得優勢。至少和十幾天以前相比，清軍的巷戰水平确實有了不小的進步。
這時在戰場上，有些街道上的雙方士兵己經進入了射程，在掩體後面己經做好了準備的商家軍士兵立刻向清軍開槍射擊，一陣槍聲響起之後，受到打擊的清軍也紛紛尋找掩體後面躲避，而火铳兵和弓箭手也都開始還擊，重甲步兵也馬上退後，把陣地交給火铳兵和弓箭兵。這時商家軍押後的隊伍也速度趕了上來，利用殘牆的掩護，加入了戰局中。
雙方你來我往，用火槍弓箭互相對射，槍聲也響個不停，确實有幾分近代戰争的味道了。
但很快清軍就發現，這樣互相對射，對自巳非常不利，因爲商家軍是人手一支槍，可以全部投入戰鬥，而清軍有相當一部份兵力不能參與這種對射中，再加上商家軍全是使用的火帽撞擊發射的燧發槍，在射程上比清軍使用的火繩槍要略遠，但射擊速度卻要快了近一倍，而清軍的弓箭射速到是很快，精度也很高，但在射程上卻要短了近一半，因此雙方剛一接觸，清軍就明顯處于下風。
不過因爲現在雙方是互相對攻，因此商家軍的火力并不強，而且在經過了最初的打擊之後，清兵也都巳經隐藏好了自已的身形，雖然對商家軍造不成什麽危脅，但清軍的損失也并不大。
但這時清軍的重甲步兵雖然退出了商家軍的一般步槍的射擊距離，但卻仍在線蹚槍的射程之内，每一隊商家軍都有十名狙擊步兵壓陣，這時雖然清軍的火铳兵和弓箭手都找到了掩體躲藏，但最後的重甲步兵卻馬上成爲狙擊步兵的獵殺目标。
而且因爲重甲步兵的陣形密集，幾乎根本就不需要怎麽樣瞄準，一槍一個。同時有的狙擊步兵還找到緻高點，居高臨下的射擊，這樣一來有些躲在掩體後面的清兵，也在狙擊手的打擊範圍以内。雖然每一隊商家軍所帶的狙擊步兵都不多，但時間長了,對清軍的打擊還是不小。因爲這種隻能挨打，而不能還手的局面，是非常打擊清軍的士氣。
這時在各條街道上，商家軍基本上都和清軍全面接上了火，不過各條街道上的戰鬥情況也各有異同，雙方互有進退，各有攻守，一時也打十分激烈。
不過從總體态勢來看，清軍明顯是處于下風。這一方面是因爲商家軍在武器上占有明顯的優勢，不僅是火槍的性能強過淸軍，而且還有手榴彈、小型野戰炮，肩扛式霹靂火箭等等多種武器，相互配合作戰，遠比清軍單一的使用火槍要勝強得多。另外盡管清軍也開始償試着使用火器作戰，但在觀念上，傳統的習慣仍然沒有改變過來，還是把火器當作輔助手段來用，主導的戰術思想依然還是靠近商家軍之後，進行近身作戰。再加上清軍仍然缺少打城市戰的經驗，雖然找到一些感覺，但和商家軍使用後世成熟的城市戰經驗相比，還差得很遠。
體現在戰鬥中，如果商家軍防守，清軍一般很難突破商家軍的防線；而在清軍防守的時候，商家軍卻有多種辦法進攻，不僅可以利用線膛槍是肩扛式霹靂火箭在射程優勢壓制清軍，或者在稍後的地方，使用小型火炮，以曲射的方向打擊清軍，甚緻還以火力掩護，派出精銳的突擊士兵，利用層層掩體的保護，逐漸靠近清軍的防線，然後用手榴彈投炸。因此在兵力相差不大的情況下，清軍根本就不是對手。
就算是在有的街道上，清軍能夠靠近商家軍，展開近身作戰，但也依然占不到什麽優勢。雖然淸軍也學會了在火铳上加一把刺刀，但使用刺刀的套路，仍然差得遠。
雖然看起來在槍管上插上一把刺刀之後，好像是和一把長槍差不多，其實差别還是相當大的，如果用長槍的套路來拼刺刀，會死得相當慘。因爲一般步兵使用的長槍長度都在兩米五到三米之間，而火槍加上刺刀，隻有一米六到一米七左右，僅僅就是長度上的差别，就會讓使慣了長槍的清兵非常不适當。
而且長槍的槍杆就是一根光滑的木杆，雙手可以在槍杆上輕易的滑動，以變化招式，而火槍的握槍姿式是一手托槍柄，一手握槍中端，基本不會變。那麽使用的套路自然就大不相同了。
商家軍的刺刀技術是商毅教授的。招術雖然簡單，一共也就那麽五六下，但都是在後世經過了機算機的分析之後得出的最直接、最有效，也是最能發揮刺刀優勢的刺殺技術，可不是清兵那種半吊孑的刺殺水平所能相比的。因此除了清兵的重甲步兵以外，淸軍的火铳手和商家軍的士兵拼刺刀，也是十戰有七八輸。
而清兵的重甲步兵雖然近戰能力非常強，但卻因爲盔甲太重，不夠靈活，如果是在開闊平坦的地區作戰，可以利用整體的優勢，來彌補這個弱點，但在城市中，卻隻是依靠少數幾個士兵來協調作戰。這樣這個弱點也就被放大了。而且商家軍的士兵根本就不會和他們硬碰，多數都是釆用前排的戰士遊鬥吸引，後排的戰士用火槍射擊，或是扔手榴彈炸，來解決對手。
不過盡管商家軍占到了較大的上風，不過清軍也并不是不堪一擊，也同樣給商家軍造成了相當的損傷，畢竟淸軍也開始大量使用火器，使雙方的差距拉近了不小，射程不夠，可以靠近之後再射擊，因爲雙方是在對攻，商家軍的火力并不兇猛，也給了清軍不少靠近的機會，由其是清軍的弓箭手，射術相當精準，一但進入弓箭的射程，至少有七八成的命中率，而且一但近身作戰之後，雙方的戰鬥力就更接近了，并不在是像開戰之初那樣，呈完全的一般倒局面。
但經過了一番拉據戰之後，清軍終于還是全線潰敗，都退進了皇城裏。這一戰清軍一共戰死了三千二百七十一人，受傷一千一百五十二人。而商家軍這一邊也戰死了七百八十七人，傷四百二十三人。雙方的損失比約在一比五以内，但考慮到這次清軍投入的兵力并不占絕對優勢，因此也算是不小的進步了。
而阿濟格見這樣打下去，還是對清軍也不利，因此在第二天也不在出戰，一門心思在皇城駐守，等待着吳三桂和尚可喜這兩部人馬趕到南京來。