商毅、葉瑤瑱、葉星士回來的時候，巳是初三的淩晨五時左右，不過三人都己是疲勞之極，由其是商毅，雖然沒有受什麽重傷，但昨天一晚的戰鬥中可以說是鬥智鬥力，幾乎耗盡了心機，才算是平安的把葉瑤瑱救岀來，因此等到了鼓樓之後，也快支撐不住了。
代替商毅主持大局的段鵬見商毅把葉瑤瑱帶回來了，也十分欣喜，好在是當天晚上清軍并沒有發動進攻，一切都算平安，因此商毅才讓段鵬繼續值守，而自己終于架不住疲勞，和葉瑤瑱一起回到住所休息。
這個時候，大約是上午九時許，商毅看了看躺在自己懷中酣睡着的葉瑤瑱，心裏也終于難得的平靜下來。自從除夕之夜以後，南京的局勢變得十分緊張，商毅的精神一直都高度集中緊張，沒有安穩的睡過一覺，隻有這一次，雖然隻睡了四個多小時，但卻是徹底放松下來，睡得最平靜安穩的一次。
稍稍養了一會神之後，商毅才起身穿衣，隻見自己的衣物都疊得整整齊齊，放在床頭的案幾上，這才想起來，淩晨回來自已一倒在床上就睡着了，連衣服都沒有脫，大概都是葉瑤瑱幫自己脫的。想到這裏，商毅又看了看葉瑤瑱熟睡的臉龐，心裏也充滿了對她的憐愛。
而這時葉瑤瑱的捷毛輕顫，緩緩睜開了眼睛。見商毅己經起身了，道：“哥哥，你起來了。”說着翻身也要起來。
但被商毅一把按住，道：“現在才是早上剛到辰時，昨天睡得太晚了，你再多睡一會兒。”說着又俯下身，在她臉上輕輕吻了一下，道：“在鼓樓裏等着，中午如果沒事，我回來陪你和爺爺吃飯好嗎？”
商毅救回葉瑤瑱的消息，隻有段鵬、吳亮、安徳烈等少數幾個心腹知道，而且商毅也不打算聲張，因爲現在在名議上，葉瑤瑱應該是在杭州的督師府裏養病，如果她的消息洩露出去，解釋起來太過麻煩了，杭州那邊恐怕也不安穩，因此商毅也準備就把這件事隐瞞過去算了，等明後天就把葉瑤瑱送回杭州去，這樣一來就誰也不知道發生了這件事情。
南京的鍾樓鼓樓隻隔着一條大街，現在鍾樓是商家軍在南京的指揮所，而鼓樓是商毅的臨時住宅。走進了鍾樓上的指揮室裏，這時段鵬仍然在這時值守，見商毅來了，立刻起身道：“大人，您隻睡了這麽一會就起來，再去多休息一會。現在清虜并沒有發動進攻，這裏有我在就行了。”
商毅拍了拍他的肩膀，笑道：“段鵬，你也守了一夜了，而且這幾天也都很辛苦了，趁着現在還沒有開戰，快去休息一下。養足精神，以後恐怕還有大仗、惡仗要打啊。”
段鵬聽了之後，也覺得商毅悅得有道理，這幾天以來，他也一直思想高度緊張，而且忙前忙後，指揮作戰，也沒有怎麽好好休息過。本來昨天到是可以睡個好覺，但又要替商毅代理軍務，一直到現在，整個人也十分疲憊了。見商毅平安回來，他的心裏也放下了不少，而且現在戰場也确實十分平靜了，因此像商毅告了個便，回自己的營房裏休息去了。
等段鵬離開之後，商毅這才開始處理今天收到的公文。今天己經是正月初三了，但清軍并沒有再向商家軍的防線發動進攻，因此南京城裏的情況還是和昨天一樣，并沒有發生什麽變化。雙方争奪的主戰場依然還是中部城區。不過這時清軍已向外線派出了增援兵力的消息，也被商家軍的偵察兵查知，回報給于商毅。
清軍增援外線的兵力超過了三萬，這樣一來留守在南京和周邊地區的清軍兵力在七萬左右。而在此前的戰鬥中，商家軍的兵力損失并不大，仍然還有二萬三千五百多人，又從海軍抽調了約三千左右的兵力，這二萬七八千部隊也就構成了守衛南京的主力。而收隴的明軍約有一萬二千多人，正在加緊突擊訓練，爲預備兵力。總兵力約在四萬左右。另外還有約一萬二三千南京的百姓報名投軍，當然這一批人暫時還不能做爲戰鬥力用，因些現在隻能做一些修築陣地、運輸、後勤等輔助工作。
雖然目前商家軍的兵力和清軍相比，還是有很大的差距，但和清軍剛剛攻進南京時相比，己經縮小了很多，守住目前的南京城內陣地是足夠的，而且在局部戰場，也完全可以向清軍發動反擊，以支持外線的部隊作戰。不過由于清軍主要占領的是東城，有皇城的城牆作掩護，因此要發動反擊也不容易，最好是等清軍再次發動進攻的時候，尋找有利的戰機打擊清軍。
于是商毅也暫時把在内線反應的計劃放下，繼續看其他的公文。其他的公文都是和江北的情況有關。現在清軍在江北集中了吳三桂部和多铎部兩支人馬，共計兵力約在二十萬左右。吳三桂部約七萬兵力，主要駐紮廬州和和州。多铎部約十二萬兵力，主要駐守淮北。但這兩部人馬被駐守鳳陽的劉澤清部隔開，形不成統一的戰鬥力。因此現在清軍的首要的任務是先攻下鳳陽，打通兩軍的聯系，然後再設法進取蘇北和魯南地區。
不過現在商家軍在江北也派駐了重兵布防，守蘇北的是羅遠斌的第二軍，第四師駐紮滁州，直接危脅着廬州的側翼，而在江浦還駐守着劉肇基部，也壓制住和州的兵力，另外第六師駐守泗州－盱眙一線，也在瞄着淮北，羅遠斌則率領第三師和第三旅駐守天長，三面接應。
吳三桂雖然沒有和商家軍交過戰，但畢竟威名在耳，因此也不敢輕舉妄動，隻發動過兩次試探性的進攻，但都遭到了商家軍的迎頭痛擊，吳三桂也知道厲害，更不敢冒然發動進攻。而羅遠斌也想尋找戰機，打一二個大勝仗，但吳三桂的防守也十分嚴密，絲毫也不給商家軍機會，雙方也隻能暫時對持。
而在淮北魯南一線，周少恒率領着第四軍，到是主動向沛縣、豐縣、邳州等地發動進攻，雙方進行了多次中小規模的戰鬥，均以商家軍勝多敗少。因爲多铎部的兵力較多，但要防守的面積也要比吳三桂大了好幾倍，而且還要防着蘇北的商家軍，周少桓卻能夠集中兵力，攻其一點，可勝則勝，不可勝則退，因此也大占上風。
但清軍卻以歸徳、徐州、宿州三地爲核心，構成一個三角形的防守陣，不管周少桓在其他地方怎麽鬧，這個三角陣卻始終保持不動，而周少桓這次隻帶出兩萬左右兵力，也不敢向這個三角陣發動強攻，因此也無法取得一場決定性的勝利，也隻能這麽和清軍慢慢的磨下去。
看完了這些文件之中，商毅也開始認真思考目前的戰局。現在看來，江北戰場因爲雙方的兵力懸殊太大，因此在短時間内，無法取得大的進展，能夠維持住目前的局面，就很不錯了。而現在主動的争奪，依然還是在江南。
現在南京城裏，清軍基本占不到上風了，而在外線，就算是阿濟格的增援人馬到位了，成進在兵力依然不落下風，而且以商家軍的戰鬥力，完全可以繼續向清軍施壓，唯一可但心的就是長江中遊的尚可僖部，他約有六萬人馬，如果阿濟格把這支人馬調來，那怕隻有一半的兵力，對清軍來說，也是一個極大的補充，因此應該趁着尚可僖的部隊還沒有來的時使，在南京的内外線先打幾個勝仗，消滅一部清軍的兵力，争取到戰場的主動權。
當然這樣一來，阿濟格有可能會把吳三桂部調到江南來支援，江南戰場的壓力雖然増大，但江北戰場卻可以相對減弱。因此分析清楚了目前各戰場的情況之後，商毅立刻向成進發令，首先告訴他清軍己經向外線派出了增援的部隊，并且讓他主動尋找戰機，和清軍的外線兵力決戰，那怕是因此受到一些損失，也再所不惜。同時自已也會在内線配合他作戰。
而對羅遠斌和周少桓下達的指令是：在江北戰場繼續保持目前的形式，等待江南這邊的戰場發生變化。如果沒有足夠的把握，不要輕易向清軍發動進攻，更不要因爲貪功，而中了清軍的誘敵之計。最好的辦法還是誘使清軍主動攻出來，然後再尋找戰機，給清軍以打擊。
發完了這幾份指令以後，商毅這才開始想到，自己下一步的計劃。雖然因爲自己的努力，使南明朝廷并沒有像另一時空那樣，在去年五月的滅亡，但也僅僅隻是多維持了半年的時間，盡管自己還在堅守着南京，現在的明朝已經沒有皇帝了，就算還能向另一時空那樣，再立其他藩王爲帝，但他們都不大可能再到南京來座鎮，那麽自己繼續堅守南京，還有意義嗎。但如果放棄了南京，浙江就會直接面對清軍的兵鋒，自已究竟應該做什麽選擇呢？
以前商毅總是能夠正确的把握大局，是建立在自己對曆史的了解基礎上。但現在曆史己經發生了改變，自已己經無法再把握曆史的發展進程了，盡管自已依然可以算一個出色的戰術家，但在戰略層面上，商毅自覺得己經沒有當初那麽自信了。