其實就在征薩艦隊還沒有返回琉球島的時候，一艘艘運載着各種物資、金銀還有日本人口的船隻陸續到達琉球島，就己經向琉球王朝宣布了這次商家軍進攻薩摩藩的戰役的勝利。而在琉球王朝中，還有一些對薩摩藩依然抱以幻想的親日派人士，也越來越覺得失望，最後幾近絕望。
當然琉球王朝的親明派勢力也徹底揚眉吐氣，也包括琉球王尚賢在内，盡管現在他們己經知道，這并不是真正的明軍，而是一位明朝将軍的私軍，但那也沒關糸，總比薩摩人要強得多。而且在事實上，商家軍士兵的表現，也确實出薩摩士兵強多了。因此尚賢也覺得，如果一定要當傀儡，那麽也是給商家軍當傀儡要好得多。
而在亞莉桑德拉率領着最後一支艦隊從九州島返回琉球島的時候，尚賢也帶着琉球王朝的全部大臣，到碼頭迎接，那架式就好像是在迎接一位女皇一樣。
雖然戰事己經結束，但還是有許多善後的工作需要處理，因此艦隊還不能馬上轉回杭州。
首先是要确定，薩摩藩的勢力是真的完全退出了琉球群島。亞莉桑德拉派黃震帶領第三分艦隊，去巡視奄美諸島，督促薩摩藩盡快撤離，以免留下後患。
其次是從薩摩藩搶來的這些東西和人口，分配到台灣的有三萬多婦女和一萬多男子，至少也需要分二次才能全部運完，而帶回到杭州的，還有一萬多名婦女，和絕大部份的物資錢财，另外還有三千多來自台灣的士兵，亞莉桑德拉決定，先把台灣的人口運走，然後再将剩下的人口物資一起帶回杭州。而台灣士兵留下兩千人，駐守琉球，以半年爲期，輪流駐守。
運抵台灣的日本人中，工匠和男人将集中參加基隆煤礦的開釆工作，一邊開釆一邊學習漢語，而女人将首先接受必要的漢語訓練，達到能夠使用漢語進行一定的簡單對話，簡單的表達自己的意思，然後分配給移民台灣的單身男人，組成家庭。
接下來就是整頓琉球王朝，在剛剛攻占琉球的時候，曾經将首裏的親日派勢力整頓了一次，而這次就是針對地方上的親日派勢力。
當然商家軍對琉球的内部事務并不熟，也不分不清楚到底誰是親明派、誰是親日派，但亞莉桑德拉卻祭出殖民者屢試不爽的以夷治夷手段。先任命在清理親曰派時有出色表現的鄭充中爲國相，執撐琉球王朝的朝政，蔡錦、金應元爲長史、吉時逢、翁鎮爲議政大夫，這些人自然都是親明派的大臣，另外最早投降的兩名琉球軍韓建中和劉克軍也被委以重任，成爲琉球軍的最高統領。然後由這些人來完成對親曰派的大清洗。
對于這些任命，身爲琉球王的尚賢當然不敢有任何反對的意見，因此很快就在琉球建立了一個基本親眀的政權機構。雖然說還不能完全把親日勢力完全清除幹淨，但隻要商家軍在琉球群島保持着軍事上領先優勢，也就不用但心他們會反水。
把這些事情都處理完了，亞莉桑德拉留下西班牙艦隊駐守琉球群島，任命莫亞駐守琉球島，阿爾維斯駐守奄美島，并接受台灣的直接管轄，然後才率領着艦隊，返回杭州。而尚賢也派遣蔡錦、吉時逢兩人爲使者，随船一行來到中國，向南京朝廷朝賀。
征薩艦隊是在九月下旬到達杭州，當然也受到商毅的熱烈歡迎，因爲這可是商毅首次主動對外作戰，而且作戰的對手還是日本，排除在另一時空裏的中日仇恨，即使是在這個時代，中日之間也有不少糾葛，日本也是唯一一個中國周邊并未向中國臣服，并且經常與中國爲敵的國家。
在明朝開國之初時，朱元璋曾派遣使臣下國書到日本，要求日本來朝拜中囯，并責令他們解決擾明倭寇。結果，國書送達日本後，日本不僅沒來朝貢，而且還砍了朱元璋使者腦袋，同時回複了一封盡極挖苦之能的國書。雖然朱元璋揚言要出兵，征服日本，但鑒于蒙古大軍攻日的慘敗教訓，最終也隻能不了了之。
而現在商毅卻可以憑借初步建立起來的海上優勢，和超越這個時代的武裝力量，在這一戰中徹底打敗日本西南的強藩薩摩藩，同時也基本測出了日本的底細，還煅練了海軍的跨海作戰能力，可以不客氣的說，如果沒有滿清的危脅，以商毅目前的實力，就足以掃平日本了。
當然勝利還是其次，這次對薩摩藩的勝利，商家軍不僅徹底控制了球琉王朝，而且在日本一共掠奪回來了五萬多的人口，白銀加上薩摩藩的第一筆賠款在内，約有一百五十萬兩，而其他物資拆算成銀價，約有六七十萬兩，雖然現在這次征薩戰争的總費用還沒有完全統計出來，但也己經可以确定，決不可能超也一百萬兩白銀，因此也可以說是收獲巨大。
其實在浙江内部，并不是所有人都贊同這次進攻薩摩的戰争。由其是行政部的這一部份，不少人都認爲這次作戰根本就沒有必要，勞民傷财，就是在**部裏，李岩也覺得目前商家軍的首要大敵是清廷，不是日本，沒必要在這個時候給自己多樹敵人。因此這一次最多也就擊退薩摩艦隊，保住先島諸島就夠了。控制琉球，進攻薩摩，完全就是多餘，隻不過在商毅的強烈堅持的要求，和軍隊的全力支持，才發動了這一場戰争。
但最終的結果卻又一次證明，商毅是對的。盡管絕大多數人都沒有意識到控制琉球對中國海防的重大意義，但但這一戰的另一個結果卻改變了以往中國對戰争的觀念，原來打仗并不都是勞民傷财，還是可以賺錢的。
因爲中國古代的對外戰争并不多，而且主要集中在對付北方的遊牧民族，對外戰争的目地一是爲了開疆擴土，二是爲了征服遊牧民族向自己稱臣，但純粹己掠奪人口财富爲目地的戰争基本沒有。當然這也和北方遊牧民族基本沒有什麽東西可搶有關，另一方面中國古代的小農經濟一向都是自己自足，也不需要靠掠奪别人來維持自己的生計，而是滿足于四夷來朝，天下賓服的盛世景像中。
這樣的戰争，自然消耗巨大，即使是奪到了土地，也不可能馬上見到成效，因此中國的對外戰争，一般隻能發生在王朝剛剛開國的盛世初期時候。
而歐州各國的戰争正好相反，絕大多數都是以掠奪爲目标，由其是在大航海時代開啓了之後，開始在全世界盡極所能的瘋狂掠奪财富，十五、十六世紀的幾個大國，基本都是靠打出來的。和一直與中國爲敵的北方遊牧民族十分相似，這也是歐州或遊牧民族始終都熱衷于戰争，而中國卻視好戰爲不詳的主要原因。
不過這一次卻不同，幾乎是中國曆史第一次依靠戰争掠奪到大量财富，同時還迫使敵對勢力簽定了賠款的條約。以前可是隻有中國王朝向敵人賠款的。由其這次還是這幾百年來，一直都沒辦法的日本。
同時海軍部也終于能夠揚眉吐氣一把，可不僅僅隻是陸軍能夠建立戰功的，海軍同樣也是一支百戰百勝的隊伍。
在征薩艦隊回歸之後，商毅也對目前的海軍作出一些調整，目前海軍的總體變化不大，依然保持現在的規模，爲五支分艦隊，一支外籍艦隊的編制，另外還加上李華梅的小艦隊。而各分艦隊的兵力和駐防的分布是：
第一分艦隊駐守杭州灣，兼保護浙江沿海，戰艦爲：二級戰列艦二艘，三級巡洋艦七艘，四級稱爲驅逐艦八艘，五級護衛艦五艘。兩千料輔助戰船一艘、一千料輔助戰船三艘、六百料輔助戰船五艘。五百料飛剪船一艘，二百料飛剪船二艘。
第二分艦隊駐守山東登州，受山東戰區指揮，戰艦爲：二級戰列艦一艘，三級巡洋艦六艘，四級稱爲驅逐艦六艘，五級護衛艦四艘。兩千料輔助戰船一艘、一千料輔助戰船二艘、六百料輔助戰船四艘。五百料飛剪船一艘，二百料飛剪船二艘。
第三分艦隊駐守台灣，兼管琉球群島地區，戰艦配置與第二分艦隊一樣。
第四分艦隊駐守長江入海口，兼保護整個長江下遊地區，戰艦爲：三級巡洋艦五艘，四級稱爲驅逐艦六艘，五級護衛艦四艘。一千料輔助戰船二艘、六百料輔助戰船五艘。二百料飛剪船二艘。
第五分艦隊和第一分艦隊一樣，也駐守杭州灣，保護浙江沿海，戰艦配置與第四分艦隊一樣。
外籍艦隊駐守琉球群島，戰艦爲：三級巡洋艦三艘，四級稱爲驅逐艦五艘，五級護衛艦八艘。一千料輔助戰船二艘、六百料輔助戰船四艘。二百料飛剪船二艘。