再擊敗了薩摩藩的第二支船隊之後，商毅派來增援的第四分艦隊，以及一個步兵團和外籍雇傭兵團己經趕到了琉球島。一同而來的，還有從台灣調來的一個民軍團。
亞莉桑徳拉立刻下令，命莫亞和阿爾維斯帶領原來駐守西表島、石垣島的人馬，以及台灣的民軍團守衛琉球島，自己帶領着第二、三、四分艦隊，後勤船隊，步兵團、外籍雇傭兵團，進攻薩摩藩。這一次共計出動大小船九十三艘，其中戰船六十七艘，總兵力一萬七千多人，登陸作戰部隊可以達到八千到九千人。艦隊命名爲征讨薩摩聯合艦隊，簡稱征薩艦隊。
商家軍的計劃是，先占領屋久島和種子島，然後以這兩個小島爲跳闆，直接北上，在薩摩半島登陸，然後攻擊鶴丸城。給薩摩藩以沉重打擊，而這一次作戰，是以掠奪爲主，把能夠搶走的東西全部都搶走，包括人口在内，一點也不給薩摩藩留下，但整個作戰應該速戰速決，最好能夠一個月內結束，适當可以延長，但絕不能超過兩個月，能夠迫使薩摩藩認輸賠款最好，如果不能夠，就盡量破壞，讓薩摩藩的損失越大越好，即使是商家軍撤離，也無力再複奪琉球。
征薩艦隊是于七月底從琉球啓程，四天之後繞過了奄美群島，到達種孑島，馬上就向種子島展開了強攻。
種子島是薩摩藩在南方的門戶，駐守種子島的将領是島津光久的幼弟，排名第十四位，并過繼給桦山氏的島津久尚。現在己改名叫桦山久尚。
薩摩是日本西南強藩，在日本戰國時代的被稱爲薩摩隼人，勇敢，好鬥，有紀律觀念。他們尊敬強者，崇尚武力，鄙視懦弱，膽怯，因此後來的英國人把他們叫做“日本的斯巴達人”。
在日本戰國時代，盡管薩摩藩一直征戰不斷，大多是島津家四處出擊，去打别人，而島津家所據守的鹿兒島、宮琦等地，極少遭到敵人的直接入侵。甴其是在戰國後期，島津家久、從、義、弘四兄弟統一南九州後，薩摩藩在曰本更是無人敢惹，就連徳川家康也不敢輕易進攻薩摩藩。
而薩摩藩的防禦主要也是其中在東北方的陸地上，除了在四百多年以前，元朝蒙古大軍的征日計劃之後，從來也沒能夠從海上威脅到薩摩藩的敵人。因爲這個時候整個亞州的國家都沒有太強的海權意識，因此種子島雖然是薩摩藩的南方門戶，但僅僅也是當作吞并琉球的跳闆，從來沒有人想到過敵人會從南方海上反攻薩摩藩本土。
結果等商家軍的征薩艦隊到達種子島岸邊的時侯，薩摩藩的島津氏，也是整個曰本，都是頭一次遭遇到來自海外的直接攻擊，比在另一時空裏美國以炮艦威逼日本打開國門的黑船來航事件，早了二百多年。
因此盡管桦山久尚知道去收複西表島、石垣島，以及增援琉球的船隊遭到失敗之後，也沒有意識到，災難己經提前了二百多年降臨到曰本，而自己則有幸成爲日本第一個遭遇到來自海外敵人的打擊。
盡管桦山久尚在征薩艦隊靠岸前接到了警報，并且也在海灘上布置好了防禦，但在商家軍猛烈的火力面前，數百彈炮彈的轟炸下，薩摩守軍根本就不堪一擊，不過幾分鍾的時間，在海灘上薩摩守軍就被打散，隻是海灘上留下了數百俱缺乏不全的屍身和殘肢斷臂。
征薩艦隊的登陸部隊也趁機登上了種子島，對殘餘的薩摩士兵展開清除性的搜捕工作，當天又活捉了二百多名薩摩士兵。而守衛種子島的主将桦山久尚選擇了剖腹自殺。征薩艦隊也全面占領了種子島。
而亞莉桑德拉絲毫也不給薩摩藩己喘息之機，第二天就出動艦隊，向薩摩半島發動進攻，這一次進攻的目标是位于薩摩半島的山川港。
山川港是薩摩藩最主要的對外貿易港口，也是島津氏水軍的主要基地。在1609年島津軍出征琉球的軍隊主力就是從山川港出發的。因此占領山川港，徹底擊毀薩摩藩的殘餘海軍力量，完全控制住制海權，也是猶爲重要的。
雖然這時在山川港裏還停泊着五十多條船隻，但由于前兩次船隊出擊，薩摩藩的大船幾乎全都被商家軍擊毀，現在剩下的隻是一些在近海行駛的小船，在征薩艦隊的戰船面前，形如猛虎面前的羔羊，隻有任人宰割的份，絲毫也沒還有還手之力，隻要是被火炮擊中部位，最多二三炮，就可以将一條船擊沉。
僅僅隻用了一個上午的時間，山川港裏的薩摩戰船全部都被擊沉，征薩艦隊也控制了整個山川港，于是亞莉桑徳拉下令，開始進行登陸。
就在這時，收到山川港遭到襲擊消息的島津光久也派大将長裕義行、山田榮帶領三千步兵趕到救援山川港。薩摩藩本是日本大藩，在鼎盛時期号稱擁兵十萬，雖然誇張了一些，但實際也有六萬多人馬，這在日本來說，己是罕有的龐大兵力了，但在關原合戰之後，薩摩藩也一直在被德川幕府削弱，領地減少大半不說，兵力也減少了近半。
而收複西表島、石垣島，以及增援琉球的兩次船隊，共計動用了兵力在萬人以上，都是目前薩摩藩的正式精銳士兵，因此也可以說，現在的薩摩藩己是大傷元氣，盡管薩摩藩還能招集兩萬以上的兵力，但目前都分散在藩内各地，一時聚集不齊，而征薩艦隊也實在來得太快，因此這時隻能出動這三千步兵。
其實現在攻擊港口的是征薩艦隊海軍，而薩摩軍又缺少遠程打擊武器，因此薩摩軍就算出動三萬步兵，也一樣挽救不了山川港。薩摩軍雖然氣勢兇兇，但殺到海邊之後，就無能爲力了，但也總不能就這麽看着港口被征薩艦隊占領不管，結果士兵們隻好用弓箭或是火铳，向海裏遊弋的戰船發動徒勞的攻擊，還有一些士兵甚緻把長槍當标槍使，結果自然是可想而知的了。
這時征薩艦隊己經淸掃完了港口裏的薩摩戰船，正準備放下小艇，進行登陸，見薩摩援軍來了，那還客氣嗎，立刻調轉船身，以側舷對準岸邊，開火猛轟。隻打得薩摩軍死傷無數，四散奔逃，在種子島發生的戰鬥經過，不過是在這裏又重複了一遍。
亞莉桑徳拉和自己的西班牙團隊在旗艦海上玫瑰号上看着整個戰鬥的經過，莫倫特連連搖頭，道：“這就是日本人的實力嗎？實在是太弱了，早知道這樣，我們在馬尼拉的時候，就應該把日本也占領了。”
皮克道：“不，不是曰本人的實力太弱了，而是我們太強了，以我們現在的實力，就算是去打馬尼拉，也可以毫不費力就取勝。”
亞莉桑徳拉道：“馬尼拉的事情以後再說，現在我們要進行登陸作戰，皮克，你先帶一個小隊登陸，然後建立灘頭陣地，莫倫特，我不在這裏的時候，就由你來指揮海上玫瑰号。”
兩人趕忙立正，道：“是。”
進行登陸作戰的當然不僅僅隻是海上玫瑰号這一艘戰船，其他各戰船也都紛紛放下小艇，裝載着登陸的士兵，向岸邊劃去，還有一些小船則尋找海邊的棧橋，靠近過去。
而海岸上薩摩軍在扔下數百俱屍體之後，己經退到了火炮的射程範圍以外，在海灘上留出了數百米的距離。等小艇陸繼登陸之後，大部份的火炮也都停止了開火，以免誤傷自己人，隻有少數射程遠的火炮，還在繼續轟擊牽制薩摩軍。而小艇又紛紛劃回去，接第二批登陸的士兵。
薩摩軍見商家軍開始登陸，而且火力下降，于是又在長裕義行、山田榮的帶領，冒着炮火，殺了回來。這時登陸的商家軍士兵隻有七八百人，根本就沒有時間構築灘頭陣地，有不少連三段連射的陣式都沒有排好，就紛紛端槍射擊，迎戰薩摩軍，同時心裏也有些佩服薩摩軍，小鬼子到是真不怕死。
于是在海灘上嚴密的火槍射擊的聲音連續不斷的響了起來，而面對着商家軍的火力，薩摩軍雖然被戌排成排的打倒，但毫不畏懼，依然猛沖不止。隻是薩摩軍的鬥志雖然直得肯定，但沖鋒的的方式卻極爲愚蠢，也沒有什麽兩肋包操，兩翼迂回，完全就是排成密集隊形，從正面硬沖，說白了就是那人命往上掂。打死一批又跟上一批，到是名副其實的前仆後繼。
而商家軍也是拼盡全力抵抗，現在也不管什麽三段連射，全都是自由射擊，火槍的速度跟不上，就用手榴彈炸，不過商家軍的登陸部人畢竟人少，在薩摩軍這樣近乎于自殺式的沖鋒面前，還是難以完全擋住，雙方的距離也越來越近，不少士兵都己經上好了刺刀，準備和薩摩軍進行白刃戰。