也就是說，史可法終于可以回到南京朝廷的中樞機構，而商毅則接替了史可法的位置，同時身兼巡撫、總督、督師，一躍而成爲南明朝廷最有實力的地方大員。而且從理論上來說，整個長冮以北的地方，都可以算是商毅的督師的職權範圍。
這到并不出商毅的意料，因爲取得了這樣決定性的勝利之後，朝廷無論如何肯定是要進行嘉獎的，隻不過這次動作也太快了一點，幾乎是仗剛一打赢，馬上就獎勵下來了。如果都是這種效率，大明也不會落到今天這一步。不過吳甡的一封随聖旨送來的信，才讓商毅明白了這其中的隐情。
原來在南京之變以後，馬士英父子被打死，東林黨人又紛紛上書，彈亥阮大铖。而馬士英一死，阮大铖也是孤掌難鳴，因此很快就被罷官免職，逐出了南京。而南京的朝廷暫時甴吳甡和錢謙益主持。并且傳告南方各地，指明馬士英是奸黨，死有餘辜。
但南京的亂局卻并沒有随着馬士英和阮大铖的失勢而結束，各方勢力紛紛明争暗鬥，互相指責别人是奸黨，自己是君子，最後的結果是大打出手，而且都雇傭了一批地方幫派做打手，再加上一些地痞流氓，無業遊民也是趁火打劫、混水摸魚。
結果吳甡和錢謙益根本就控制不住局面，結果一連十餘天，在南京城裏幾乎天天都有打架群摳的事情發生，甚至有人會公然搶劫一些店鋪酒樓。死亡人數己經達到千餘人。而且死的人不僅僅是百姓，己經有十餘官員，都在這場**中喪命了。
同時公文發送到各地之後，也引起了不少嘩然，畢竟馬士英己經當了一年多的首輔，提拔了不少人，而且圍繞在他身邊，也形成了一個利益集團，在中樞的基礎被打下去了，但在地方上還有不少是馬士英的同黨，因此也都議論紛紛，而守衛南京周邊的兩員大将黃得功和劉良佐更是直接上書南京，質問馬士英的死因，就是有罪，也該由朝廷來定罪處置，不該私下處決呀。
這一下東林黨又都緊張了起來，因爲黃得功、劉良佐是和馬士英一起擁立朱由崧繼位的，因此可以算是馬士英**，而且這兩人現在就駐守在南京邊上，合計兵力也有十幾萬，如果他們要爲馬士英報仇，也學左良玉來個清君側，立刻就能兵臨城下了。
而就在這時，江淮大捷的消息也傳到了南京，盡管局勢混亂，但這個好消息也使南京全城歡滕，商毅的名望固然是再一次提升，而且在朝中一直支持商毅的吳甡，和在揚州督師的史可法也跟着聲望大漲，再加上以前是因爲馬士英從中作埂，才使史可法遠離中樞，現在馬士英死了，史可法也自然應該歸朝來了，因此朝野上下也都紛紛要求，招史可法回朝。
同時吳甡還說服錢謙益，認爲史可法督師江北一年有餘，一直是江北四鎮的上司，把他調回南京，可以招撫黃得功、劉良佐，同時也應該盡量安撫商毅，如果商毅認可了馬士英是奸黨，承認南京朝廷對馬士英處置，也能震攝任黃、劉兩将。錢謙谥也認爲吳甡的辦法很好，也是目前的唯一可行之計，因此兩人聯名上書朝廷，要求調史可法回朝，由商毅督師江北這時朱由崧和其背後的玄皇教也無計可施，史可法回京是勢在必行，而對商毅的提升雖然大了一些，但現在商毅己經是地方實力派了，而且經這一役之後，勢力也擴大到淮南區，這隻不過是給他一個正當的名份罷了，相反還能夠讓商毅守住江淮一線，保護南京，也算是劃得來，因此也立下旨照辦。
盡管有不少東林的官員對封商毅爲江北督師充滿異議，但皇帝己下旨，内閣也批核，誰也沒辦法阻攔，因此這份聖旨就是這樣發出了。
看完了吳甡的來信之後，再加上南京的暗哨發來的暗哨，商毅也基本弄清了南京目前的局面，東林黨的全面掌權，看來是再所難免了，不過商毅也不打算參與南京的事情，隻要把自己這一畝三分地經營好就行了，打赢了這一戰之後，自己的地盤也進一步擴大，也需要好好整理一下。
而史可法對聖旨的内容到沒有多想，再他看來，商毅接任自己督師江北是最合适的人選了，而且經過了這一番生死戰鬥之後，史可法對商毅的看法也大爲改觀，認爲他确實是挽救明朝的唯一人選，因此對聖旨的任命也十分贊同，現在馬士英己死，制肘史可法的阻障也沒有了，史可法也頗有些躊躇滿志，想着等自己回朝之後，盡力重整朝綱，然後勵精圖治，再有商毅征戰于外，大明中興也是指日可待了。
因此史可法也立刻招集衆将當衆公布了聖旨的這一任命，衆将對這個任命也都沒有異議，畢竟誰都知道，這次江淮取勝，幾乎就是商家軍一力打下來的，劉肇基等人還參加了揚州之戰，和清軍真刀真槍拼了一場，而劉澤清純粹就是打醬油的貨，隻是随手拾了點小便易。而且連幾十萬清軍都被商毅打得大敗，誰還那麽不知趣，非要和商毅過不去呢？
等慶賀勝利的幾場宴會都之後，史可法立刻和商毅做了公務上的交接，這才準備返回南京。在離别之前，史可法對商毅道：“以恒，這次我回到南京之後，必會盡力扶佐天子，整頓朝綱、勵精圖治，積攢錢糧物資。你在江淮駐軍，理當厲兵秣馬，訓練士卒，打造兵器，不僅要防範清虜再度南侵，而且還要積集淮備北伐中原，還都北京。”
商毅心裏想着，史可法也未免太樂觀了，道：“閣部請放心，隻要有我在此守衛，決不會讓清虜跨過淮水一步。他日北伐之時，必當身先士卒，收複失地，驅逐清虜，恢複中華。”
史可法也點了點頭，道：“以恒，我相信你一定能行。我們都己是年過五旬之人，隻有你正當少年，正是大有可爲之時，以後大明若是真能中興成功，當以以恒爲第一功。”
商毅心中一動，道：“閣部之言，我自當銘記，不過我們雖然擊敗多铎的大軍，但并非就安然無恙，何況自朝廷南渡之後，一直内亂不斷，空自消耗。在下本是武将，不該論及政事，但事急從權，因此有兩言，願請閣部參詳。”
史可法笑道：“爲國家朝廷着想，又何必有文武之分，以恒有言，也旦說不防。”
商毅道：“雖然應該清除奸妄，但如今朝廷元氣大傷，己是經不起大動蕩，何況馬氏當權，不少人是迫于勢力，不得不曲意奉合，而且如今馬士英己死，阮大铖己逐，主奸己去，從者還當以寬待爲主，千萬不可再興大獄、作大逆案，處罰大衆。”
史可法聽了，也點了點頭，道：“以恒之言，也深得我之心意。想不到以恒也有這一番見識，我也打算回京之後，隻問首罪，不問從者，一切以穩定大局爲主。”
商毅也笑道：“閣部能作如此之想，實在是朝廷的大幸。”
史可法道：“不知第二點是什麽？”
商毅道：“馬士英不顧先帝之仇，招安李自成。我料朝中必有人會重提此事，甚緻會上書朝廷，岀兵征伐李自成。但現在李自成駐軍武昌，卻可以守住南京上遊，擋住淸軍。正是唇亡齒寒之理，因此還請閣部回朝之後，妥善處理此事，目前對李自成，還當加以安撫資助，使其爲我所用。”
史可法怔了好一會兒，才苦笑道：“以恒所說雖然有道理，但李自成究竟是殺死先帝的罪魁禍首，朝廷又豈能與之共存呢？以恒的要求，也确實讓人十分爲難。”
商毅道：“事急從權，不可拘泥于常理。如今我們的大敵是清虜，而非李闖，就是要爲先帝報仇，也不在這一時。而且現在李自成麾下尚有大軍二十餘萬，如果爲我所用，仍爲一大助力，但若是相逼太急，使其全降清虜，又豈不是助敵之力嗎。其中孰重孰輕，還請閣部三思。”
史可法又沉呤了好一會兒，才道：“以恒所說，确實有理，好，我回朝之後，必當見機行事。”
話說到這一步，商毅也不好在多勸史可法了，反正自己也做到仁至義盡，雖然商毅希望南明多撐幾天，争取爲自己騰出二三年的時間來發展，但到底能夠怎麽樣，也隻能是盡人事、聽天命。畢竟現在的曆史己經完全變了，商毅也不能根據己知的曆史來行動，未來的一切也就都成了未知。