現在孔有徳部己經被打殘了，連孔有德本人也受了重傷，盡管清軍在總兵力上還占有絕對的優勢，但在淮河北岸卻出現了一個兵力空虛的地帶，如果這時商毅揮軍北上，宿州、毫州、歸德府、徐州府都難保，那麽清軍的歸路和補給運輸線就都會被商家軍所切斷了。
因此多铎可不敢向鳳陽發動進攻，而是命令耿仲明守住壽州，保住目前清軍在淮河南岸的唯一陣地，自己親自舉領五萬大軍，又返回淮河北岸。幸好商毅在擊敗孔有徳之後，并沒有繼續向北進攻，因此多铎才及時回兵駐守蒙城，總算是保住了宿州、毫州一線。
不過多铎可也不敢再冒然向懷遠和五河發動進攻，而是駐守在蒙城，并且見到了在蒙城養傷的孔有德。這一次多铎可在也不敢小看商毅了，向孔有德詳細詢問了這一次戰鬥的經過，同時心裏也在盤算對付商毅的辦法。
而就在這時，多爾衮派正黃旗固山額真圖賴率領二萬人馬，趕來支援多铎，也到達了蒙城。當然現在多爾衮還沒收到孔有德大敗的消息，隻是知道豪格慘敗，清軍南征的東路軍失利，因此才派來的援軍。而且多爾衮也專程下令，把豪格也狠狠訓斥了一頓，但還是命多铎釋放豪格，讓他帶罪立功，并且把豪格由親王降級爲郡王。
多爾衮當然清楚，多铎監禁豪格，其中公報私仇的成份更大一些，但豪格畢竟是先帝皇太極的長子，又是正藍旗的旗主，而目在兩黃旗裏還是有一些支持，而現在自己也尚未完全控制全局，如果公然處置豪格，恐怕會引發公憤。而且現在正是用人之際，豪格打仗還是一把好手，因此才網開一面，将豪格釋放。
多铎現在也知道，自己監禁豪格的理由也站不住腳，因爲現在自己這一戰敗的可也不輕，因此正好借梯下牆，命人從歸徳府把監禁的豪格釋放，同時也把豪格招到蒙城來，一起商議對付商家軍的辦法。
雖然豪格對多铎的行爲十分不滿，但畢競還是聽從勸告，現在大家同仇敵忾，要對付共同的對手，因此也沒有多和多铎計效，而是根據自己的經驗，提出了一些應對商家軍的辦法。
經過衆人的一番讨論，也一緻認爲，對付商家軍最好的辦法還是阿巴泰提出的，以火器制火器，雖然清軍的火器比商家軍的要差得多，但也總比拿人命往裏填要好。但現在孔有徳部的紅衣大炮、還有其他火器都成了商家軍的戰利品，隻剩下耿仲明部還有各種火炮五六十門，其中有紅衣大炮二十四門，另外還有火铳二千多支，但這樣的數量，顯然是無法和商家軍相比的。
因此多铎把這一階段的戰事經過寫成折奏，命人以八百裏加急，送回北京。請救多爾衮至少在拔一百門火炮，五千枝火铳來增援，而且其中至少要有三十門紅衣大炮，三千支鳥铳。然後分兵駐守蒙城、宿州、颕州等地，暫時按兵不動。
其他人到是沒覺得有什麽不妥，隻有剛剛到達的圖賴，因爲還沒償到商家軍的厲害，因此叫嚷着要立刻發動進攻，在會議上大叫大嚷，說什麽當年太祖太宗皇帝在時，咱們大清什麽時候怕過明軍的，自己隻帶一個甲喇的兵力出戰，就可以一舉殺到長江邊上。
但這一次多铎和豪格也難得統一了意見，兩人一起把圖賴大罵了一頓，終于讓圖賴消停了下來。
就這樣明淸雙方以淮河爲界，陷入了對持狀态。而商毅抵擋清軍南侵，的第一階段的作戰任務也圓滿完成。在這一階段的戰鬥中，商家軍共計打死淸軍近三萬，俘虜一萬八千餘人，并且徼獲了大量的物資，成功的延緩了淸軍南下的時間。而商家軍自身，僅僅隻損失了一千多兵力。
勝利的消息傳到了揚州之後，史可法也欣喜若狂，事實上在劉肇基丢失了壽州之後，史可法一度還以爲淮河防線守不住了，那知在這種不利的情況下，商毅居然還能夠主動出擊，抓住戰機，不僅重創了清軍的孔有徳部，還抓住了孔有德之子孔訓庭，迫使清軍停止了進攻，怎麽能不令史可法高興。
而這時在另一條戰線上也傳來了好消息，黃得功己經擊敗了左夢庚部，南京之危也己解除。一時之間傳來的盡是利好消息，史可法也立刻向南京上疏，要求朝廷立刻調黃得功和劉良佐返回江北駐守，共同保住淮西。
原來左良玉在三月底的時候，假借保衛太子的名議，舉兵東犯，并且派兵把武昌燒掠一空，還劫持了湖廣巡撫何騰蛟一起随軍。但在漢陽門停船時，何騰蛟趁人不備，躍入水中救脫。左良玉隻得率領大軍，繼續東進。
那知大軍到達九江的時候，在九江督軍的袁繼鹹前來迎接，苦口婆心地勸左良玉回心轉意，并曉以大義，左良玉的态度到也稍有軟化，但偏偏就在這時，左良玉的舊疾發作，于當夜吐血數升，死在軍營中。
左良玉一死，手下的金聲桓、盧光祖、李國英、徐勇、郝效忠等将領推擁左良玉之子左夢庚爲主将，但左夢庚的威望能力均遠不如其老爹，根本就控制不住手下的這幫丘八們，因此左軍東進不僅沒有停止，相反還變本加利，劫持袁繼鹹，燒掠彭澤、大掠左流、洗劫建德後，直下到南京的門戶安慶府。
這時整個南京朝廷都己經慌作了一團，馬士英**惶惶不可終曰，而東林**到是幸災樂禍，隻等着看馬士英的笑話。
幸好這時黃得功己率軍趕到江南，在太平府的荻港截住左軍東進的道路，雙方展開了激戰。左軍雖然号稱八十萬，其實還不足二十萬，而且多是無業遊民、地痞無賴，根本就是一幫烏合之衆，而且這時左良玉己死，左夢庚又壓不住衆将，左軍其實己群龍無首，黃得功也頗有一些勇略，因此一戰之下，打得左軍掉頭鼠竄。
而劉良佐也趁機出兵從長江北岸夾擊，左軍立刻大敗，退回了安慶府，黃得功和劉良佐又率軍分從長江兩岸追擊，收複了安慶府，左夢庚率領着敗軍，一直退到了九江，才收住了腳。
消息傳回南京，那些本來盼着左軍殺入南京的東林黨人都十分失望，馬士英、阮大铖等人也不禁以手加額，慶幸不己。而這時史可法的上疏也傳到了南京，不僅帶來了商毅在淮河大敗清軍的消息，同時也請南京朝廷立刻命黃得功和劉良佐返回江北駐守。
這一個消息也再度震驚了整個南京，誰也沒有想到，以孤軍的姿态駐守淮河的商毅居然能夠又一次取得輝煌的戰功，而在這一戰之後，商毅在整個南方的聲望也再度提升，而且還連帶着督師江北的史可法，還有在南京一直堅持支持商毅的吳甡，名望也都大大提升。
而一向善于聞風而動的東林黨人一下子又找到了突破口，紛紛上書朝廷，要求朝廷重獎史可法、商毅等人，應該加封商毅爲左督都，進公爵，中都留守司，并督師江北，主持江北的軍務，還有人直接上書，直指馬士英入閣己近一年，然而卻一事無成，應該立刻主動辭職，讓位薦賢。東林黨這麽一鬧，再加上一些真心希望朝廷啓用商毅和史可法的官員和民間人士也立刻附合，因此聲勢也被弄得十分浩大。
馬士英是何等機靈的人，那還看不出，東林黨人這是醉翁之意不在酒，重獎商毅根本就是個幌子，重點是史可法身上。因爲現在論虛銜，史可法還比自己高了半級，要再嘉獎他，那什麽重獎他。而現在出任江北督師的正是史可法，如果商毅接任了督師的職位，史可法怎麽辦，那就隻能回南京入閣理事了，不是還有人要自己主動辭職讓位嗎？史可法一入閣，不就正好可以接任首輔嗎？
這點小把戲那能瞞得過馬士英呢？因此馬士英對東林黨又軒起的這一陣呼聲裝作沒聽見。相反還以保衛南京爲名下令，讓黃得功駐守蕪湖，讓劉良佐駐守無爲州，并不返回他們先前的駐地。
同時馬士英又上疏南京朝廷，要求朝廷招降李自成，封李自成爲順國公，駐守湖廣，接擋清軍的進攻。這一個決定頓時又是一石激起千層lang，因爲李自成是害死先帝的罪魁禍首，馬士英居然竟冒天下之大不違，提出招降李自成，自然立刻又遭到了東林黨的一陣口誅筆伐。
但馬士英絲毫也不爲所動，堅持向李自成派出了使者。