首先給崇祯定廟号是思宗烈皇帝，但南京守備勳臣趙之龍認爲這個廟号不是太好，上奏要求改動。朱由崧先是不許。而禮部侍郎餘煜對據理力争，說了一大通之乎者也之類的話，也不知道朱由崧聽沒聽懂，反正争論了一番之後，終于改谥毅宗正皇帝。
而在最關鍵的對外政策方面，無論是東林黨還是馬士英，卻都保持着高度的一緻性，奉行借虜滅寇的政策，即借清軍的力量，剿滅大順軍。
當然，南明朝廷在這時提出借虜滅寇政策，到并不完全是出于對形勢的誤判，當時信息不通也有一部原因。吳三桂獻出山海關、投降清軍的事情，隻是一面之辭，現在還沒有得到南明朝廷的确認，至少從表面上看，也可以理解爲吳三桂借來清軍，大敗李自成，是爲崇祯報仇的舉動，甚至可以說是一心爲明朝社稷的不貳功臣，也不爲過。而且清軍當入關時，也打得是爲明朝報仇的旗幟。而滅亡明朝，攻入北京，逼死崇祯皇帝的是大順軍，因此南明朝廷上下都認爲，自己的首要敵人是大順軍而不是清軍，爲先帝報仇雪恥才是最重要的，同時，在目前南明朝廷內部關系尚未完全理順的情況下，和滿淸講和，并借助吳三桂的力量，聯合清軍打擊大順軍，實行借虜滅賊的政策，并天真地認爲此舉可以使清軍與大順軍在交戰中兩敗俱傷，而南明朝廷趁機坐收漁利，不失爲一種可行之策。事實上不僅僅馬士英這樣想，就連史可法、劉宗周、黃宗義這些正人君子也同樣是如此想的。但他們都沒有清楚認識到，現在的南明朝廷面對的最大敵人不是“賊”，而是“虜”。
盡管也有一些中下級官員，如兵科給事中陳子龍、吏科給事中章正宸等人，都曾上疏，提酲南明朝廷，不可盲目輕信滿淸的承諾，并且列舉出當年北宋借金滅遼、南宋借元滅金的曆史教訓。可惜的是，這時在南京朝中，并沒有多少人聽信。馬士英和東林黨一邊鬥争着，一邊積極準備安排北使團，并且己經确定了左懋第爲使臣，去和滿清接觸，好實施借虜滅寇的政策。
其實在南明朝廷的各官員心裏，對清軍都懷有一種很深的恐懼感，因爲自從袁崇煥死後，滿清先後四次入關奔襲，并在關外發動大淩河、松錦之戰，在這六場大戰中，明軍都以慘敗而告終，盡管滿清在最後一次入關奔襲中，商毅在濟南和青州都重創了清軍，但這隻是一個局部戰場取得的勝利，放眼整個戰役來看，依然還是明軍失敗。
因此在衆人的潛意識裏，沒有人願意和清軍交戰，文官是如此，武将們内心更是膽怯，要知道他們連大順軍都打不過，又怎麽敢與打敗大順軍的清軍交戰呢！放眼整個南方，真正不怕清軍的，還真就隻有商家軍這一支人馬。隻可惜沒有人相信，僅靠商家軍就能夠抵擋得住清軍。
當然借虜滅寇的政策本身并沒有錯，但無論講和還是聯合，都必需是建立在自身有足夠的實力基礎之上，南明君臣隻是一味幻想借虜滅寇，但自身卻沒有任何進取的動作，隻有偏安坐等之心，不僅喪失了趁亂收取山東、河南的大好機會。同時也把自己的怯弱無能，逐步暴露在滿清面前。
南眀朝廷于六月間任命王燮爲山東巡撫，丘磊爲山東總兵，但這些都是表面文章，因爲沒有武力作後盾，委任的方面大員根本不敢赴任。事實上南明朝廷的潛意識裏，根本就是打算放棄山東算了。
而在這個時候，商家軍在山東大敗清軍，連續收複青州、濟南，生擒王鳌永的捷傳回到南京時，也使南京朝廷上下都十分尴尬的局面中。
不僅僅是馬士英，就連在東林黨內部，也有不少人心裏都在怪商毅多事，青州、濟南丢就丢了貝，好端端的沒事去惹清軍做什麽，雖然收複了青州、濟南，但都是兩塊燙手山芋，拿不得放不得，現在朝廷正準備派出北使團赴北，萬一在這個時候把清軍惹急了怎麽辦？但這話是沒法說出口的，不管怎麽說，商家軍是打了勝仗，總不能說商毅不該收複山東的失地。
而且這個消息也經過【杭州時報】傳遍了江南地區，在中下層官員和士大夫之中，也引起了很大的轟動，因爲朝廷己經很久沒有在軍事上取得勝利了，因此這個消息也是大振人心，而商毅和商家軍也得到了很高的評價，不少人都紛紛要求朝廷出兵，全面收取河南、山東之地。
在輿論的壓力下，南明朝廷也不得不對商毅進行嘉獎，并且拿出一些實質性的行動出來，而當務之急就是要趕緊再派出一位山東巡撫，以表示朝廷絕對沒有放棄山東等地的意圖。
但山東巡撫的人選卻是一個大難題，雖然商家軍在山東打了一個勝仗，但南京的官員對商家軍的戰鬥力到底多強并不清楚，而更爲重要的是，都看出南明朝廷在山東事務上依然是在敷衍，因此對山東巡撫這個差事，人人都避之不及，誰也不敢接這個燙手的山芋。
在這個時候，吳甡才上奏，推薦這時在杭州閑居的原山東布政使孟宏恭出任山東巡撫。雖然馬士英知道孟宏恭是商毅的一夥，但現在也确實是無人可派，因此也隻好順水推舟，同意了吳甡的建議。
―――――――――分割線―――――――――分割線―――――――――甴孟宏恭出任山東巡撫，當然是商毅早就計劃好的，把山東巡撫這個位置抓到手裏，就可以名正言順在山東地區施發号令。而孟宏恭也有很不錯的管理地方的實力，由他和周少桓合作，是應該能夠把登萊的局面穩定下來。
現在孟宏恭到是看穿了，南京朝廷根本就是成事不足，敗是有餘，相反跟着商毅混，說不定還能另謀一個出路，反正女兒也嫁給了楊武丞，自己也算是商家軍的一份子，幹脆就跟着商毅走到底。他對商家軍的戰鬥力還是很有信心的，而且實在不行了，還可以從海路逃走，因此對去山東上任并沒有什麽不願意。
因此接到南京的聖旨之後，孟宏恭立刻向商毅、還有女婿、女兒告别，從海路登程出發。而商毅也派出第二支船隊，随孟宏恭一起出發，除了運送物資以外，還請周少桓組織一部流民遷移到浙江來，準備向台灣移民定居。
随聖旨一起來到杭州後，還有吳甡的一封信，是請商毅幫忙，調停高傑和黃得功之間的争端。
原來現在不僅僅是南京一團混亂，江北四鎮也用樣是混亂一團。首先是高傑到徐州上任時，因爲貪圖揚州繁華，想順手把揚州也劃入自己的防區，于是要求進入揚州安置家眷，方能前往徐州。但高傑的名聲實在太差，揚州士民們一聽他要進城，立刻把四城緊閉，防賊一樣緊守，不讓高傑部隊入内。高傑自然震怒，勒兵攻城，連攻數日，居然攻揚州不下。
而這時劉澤清和黃得功也都看不過眼讓高傑獨占揚州，于是兩人同時上書南京朝廷，一個要求領軍保護揚州，另一個彈劾高傑，請朝廷治罪于他，當然都是醉翁之意不在酒。
眼看着三人就要展開一場争鬥。幸好這時史可法奉旨督師江淮，從中周旋，好說歹說，而高傑也自知理虧，也就借梯下牆，接受了史可法的調停，不再要求進駐揚州而改駐瓜州。史可法也把揚州作爲自己督師江北的總鎮，當然也是爲了好管住高傑。
揚州風波就這樣算是免強平息了下來，但太平日子沒幾天，劉澤清在淮安又鬧出事情，因爲朝廷在設制四鎮時，符于了他們在當地自征錢糧的權力，而劉澤清卻借機縱兵行兇，在各個村落大肆劫掠，也使淮安各地叫苦不疊，紛紛向史可法投述。因此史可法隻好又趕到淮安去制上劉澤清。
那知是按下葫蘆瓢又起，史可法前腳剛走，高傑一沒人看着，立刻就又出了問題，和黃得功打起來了。
事情的經過是：和黃得功同宗的總兵黃蜚想入南京觐見弘光帝，怕在途中爲高傑、劉良佐等人劫掠，就寫信給黃得功，讓他接應一下自己。于是黃得功率三百精騎出迎，但至距邗關五十裏以外的土橋時，遭到高傑的襲擊。盡殺黃得功三百精騎。幸虧黃得功本人頗有些勇力，才得以隻身逃免。而高傑乘勝，又趁黃得功離鎮，派大兵進襲黃得功駐紮的儀征，結果被黃得功的部下打得大敗而逃，千餘人被殲。而等黃得功回到儀征之後，自然起兵報複，于是，兩人各自整軍備馬，意欲仇殺。結果史可法還沒趕到淮安，又趕忙調頭回來。
吳甡在南京得知之後，也是覺得頭大如鬥，又不忍心看着史可法這樣疲于奔命。隻好寫信給商毅，請他幫史可法一把。
商毅接信之後，也哭笑不得，他當然不會去趟灘渾水，隻是給黃得功和高傑分别去信相勸。
黃得功和高傑對商毅還是有幾分忌憚的，而且這時史可法也趕到儀征，苦勸苦說，并且自己出銀償補黃得功馬價，黃得功才勉強接受。而高傑也自知理虧，受史可法勸說，又送千金與黃母作壽陪罪，同時史可法又怕兩人再火拼起來，隻得調黃得功移駐廬州，派高傑移鎮徐州。才算把這場風波免強又平定下來。
而商毅得知黃高罷兵，也松了一口氣，現在他可沒空來管這些事情，因爲西班牙的使者己經到杭州。