經過對俘虜的審問之後，兩人才知道原來進駐青州的淸軍還不到一千人，就是另一路在濟南的山東巡撫方大猷手下，也隻有一千多人馬，而且全是山寨貨。
這個結果也讓周少桓和童大勇感覺得十分糾結，原來清軍就隻有這麽一點實力，居然就敢來平定山東，而且還一路順風順水的平定了那麽多的地方，朱帥不是号稱聚衆數十萬嗎，怎麽根本就沒有抵抗一下呢？别說是數十萬人人，就是數十萬頭豬，想要全部宰完，也要花不少功夫呢？這隻能說明各地的原明官員和軍隊，實在是太沒用了。
不過收複了青州，也是一件值得慶祝的事情，原來的青州知府肖文軍也根着童大勇的隊伍，來到青州，四個人也坐在一起商議，下一步怎麽辦？
現在商家軍面臨着兩個問題，一是商家軍基本己經控制了青、萊、登三府的地方，但除了登州府之外，青州府和萊州府的局勢都十分混亂，因此都需要安定，二是滿清派來的山東巡撫方大猷現在還在濟南，雖然他手下的兵力并不多，但對青州府也是一個巨大的危脅。但以商家軍目前在山東的兵力，控制住青、萊、登三府的地方，己經是十分免強了，如果再加上濟南，兵力也就捉襟見肘了。同時還有抓住的王鳌永等人怎麽處置這些小問題。
幾個人讨論了一番之後，決定青州的行政事務還是由肖文軍來全權負責，但投降清軍的官員全都不能再用，和王鳌永一起，全部收監關押，等請示商毅之後，再決定怎麽處理他們。
而在青、萊、登三府以內的地方，以商家軍的名議，傳檄青、萊、登三府的各地方，告訴各地，商家軍己經收複了青州，要求其他各地保持穩定，不得投降清軍；己經聚衆扯旗舉事的勢力，或者解散武裝，停止活動，或者接受商家軍的整編，有違令者，商家軍将給予清繳，絕不輕饒。
在軍事上，由周少桓坐鎮萊州，盡快撫平各地的**，在青州，也由登州派遣一個營的駐軍，保證青州城內的治安和秩序。而由穆陵關獨立團抽調兵力，進攻濟南府，目前到不是要攻占濟南，而是趁着目前清軍在濟南的兵力不足，盡量擴大戰果，一來可以打擊清軍的氣焰，二來也能擴大商家軍的威望，同時也震懾各地的官員，不敢輕易的向清軍投降。
以後的行動方案決定下來之後，各人也立刻分頭行動，童大勇也趕回穆陵關，準備出擊。
穆陵關獨立團一共有六個營，分别是四個火槍營、一個炮兵營和一個偵察兵營，不過偵察兵營共實隻有兩個連，共計約四千五百左右兵力，雖然清軍在濟南的實力并不強，但童大勇還是決定，調動三個火槍營，兩個炮兵連和一個偵察連，共計三千多人出戰。而穆陵關裏則由沈雲英代理軍務。
這時在濟南府裏的方大猷也得到了青州失守，王永鳌被抓的消息。他也吓得不輕，萬萬也沒有想到，在登萊地區，還有人敢對抗大清。既然青州發生這樣的事情，那麽濟南同樣也會發生，同時青州的反叛人馬也有可能來進攻濟南，方大猷巡撫山東，雖然帶來了一千多人，但現在控制的地方實在太大，不得不分出一些兵力，因此在濟南城裏，方大猷手下一共也隻有不到六百士兵，如果叛軍打過來，這可怎麽抵抗。
本來在多爾衮派出方大猷和王鳌永招撫山東之後，也考慮到他們人單勢孤，兵力不足，因此多爾衮随後派出固山額真覺羅巴哈納、石廷柱統兵收取山東，并又派固山額真葉臣領兵收取山西。但在方大猷和王鳌永進入山東地區之後，發回來的全部都是好消息，完全就是一帆風順，撫平了山東的大部份地方。而且兩人還信誓旦旦，說一定能夠撫平山東。
在這種情況下，多爾衮也認爲，山東的局勢應該算是基本平定下來了，而這時大順軍己退入了山西境內，正在調集人馬，準備和清軍決戰，而清軍在山西的兵力不足，因此多爾衮又趕忙下令，讓覺羅巴哈納和石廷柱停止進軍山東，改向山西，與葉臣一共進繳山西的大順軍。
方大猷也沒想到局勢會突然發生了這樣的變化，隻好趕忙向北京發出告急文書，請求多尓衮派遣真滿洲官兵一萬，星夜南馳來援雲雲。
告急文書雖然己經發出，但方大猷也知道，想等到援軍趕來，至少也是一二十天以後的事情，而在這段時間裏，就隻能靠自己了，因此他也在濟南城調集兵馬，把自己帶來的所有士兵都招回到濟南城來駐守，同時又在自己撫平的山東地區招集兵馬，這個時候也不管許多，什麽衛鄉、鄉勇、團兵，隻要是人就算一個，并且還許下了重賞：步兵一兩八錢，有馬給銀四兩八錢，騾兵給銀三兩八錢等等。就這樣總算是東拼西湊，聚集起了三千多人。而方大猷總算也有了點底。又下令濟南城四門緊閉，嚴加守備。
而就在這時，童大勇也率領着人馬，攻入了濟南府，并且打出了商家軍的旗号。應該說商家軍在山東青州一帶還是很有威名的，由其是當初清軍入關奔襲時，還從清軍手裏奪回了濟南，在濟南地區同樣也是威名赫赫。同時在名議上，商家軍還是屬于明朝的人馬，因此童大勇的人馬所過之處，各縣都不敢阻擋，而且還有一些不滿清廷統治的明朝的官員和地方鄉紳也都紛紛像童大勇表示了歸服。童大勇對這些人也加以安撫，并讓他們最好遷到登萊一帶去定居。
在六月二十二日，童大勇率軍到達了濟南城下，開始架炮攻城。方大猷當然不敢出城應戰，隻是在濟南城中拒守，同時又懸出重賞：明軍攻城，凡斬敵首一級者，賞銀二十兩，射敵一人者賞銀十兩，受傷者也賞銀十兩。
穆陵關是共有中重型火炮四十二門，其中最新的三寸六分口徑重型青銅野戰炮有八門，這次出兵進攻濟南，帶來了十二門中重型火炮，包括有四門三寸六分口徑重型青銅野戰炮，這時也在濟南城架起，對着城頭上一陣猛轟，同時還有三十名使用線膛狙擊步槍的狙擊兵，也在遠離城頭一百五十步遠的距離，對城頭上的清軍展開射擊。
商家軍的火力雖然并不算強大，但距離卻遠遠超過了清軍的還擊範圍，而且火炮還好些，對城頭上的殺傷力并不大，但獵人步槍的精确度卻十分恐怖，在一百五十步的範圍内，士兵們基本都能達到六七成的命中率，因此隻要是在城垛口上露出頭來，就會馬上被商家軍的狙擊兵打得爆頭而亡。
因此在城牆上經常可以看到這種場面：有一個士兵慢慢的站起身體，想在城垛口處探頭向下看去，然後就聽見城下槍聲一響，這名士兵馬上就向後一仰，直挺挺的栽倒在城上。因此到了後來，清兵在城頭上行走都隻能貓着腰，跟本就不敢站直身體。
童大勇見打得城頭上的清軍根本就沒有還手之力，立刻就下令架雲梯攻城，然後又命所有的狙擊手都在掩護雲梯攻城。
商家軍的雲梯并不多，一共也隻帶來了二十架，而且現在隻用出了十架雲梯，但清軍被打得連頭都不敢冒，那裏還能在城頭上防守呢？因此商家軍的士兵也十分順利的渡過了防城河，架好雲梯，然後向城頭上攀爬，雖然也有幾個不知死的清兵還站出來防守一下，但馬上就成爲狙擊手的靶子，在爆頭倒地了幾個之後，就再也沒有清兵敢露頭了。
因此整個攻城的過程，也顯得十分的詭異。在城牆外攻城的部隊在爬城，而在城牆上，守城的士兵卻都龜縮着躲在城垛口下，不敢出頭。在古往今來的攻城戰中，恐怕還從來沒有出現這樣的場景。
而商家軍的攻城兵在爬到接近城垛口的高度時，都先停一下，然後十架雲梯上最高的士兵一起向城頭上扔出一個手榴彈。隻聽在城牆上立刻發出一連爆炸的聲音，其在硝煙彌漫中，還夾雜着不少慘叫聲，接着商家軍的士兵才又重新開始攀蹬，沒有受到一點阻擋就爬上城頭，翻過城垛口，登上了城牆。
淸軍本來就是七拼八湊起來散兵遊勇，根本就沒有鬥志，在有城牆可守時，還能免強支應一陣，眼看着敵軍爬上了城牆，那裏還敢應戰，而且他們也從來沒有見過這樣的攻城戰術，因此立刻一哄而散，四處奔逃。商家軍的士兵們也趁機攻占城頭，放下吊橋，打開城門，放城外的大隊人馬進城。