而這三艘逃走的船在台灣東南沿海時，又遭到荷蘭船隊的攔截，最後隻剩下一艘船逃回到馬尼拉，向菲律賓總督科奎拉報告。
這時太陽終于完全消失在西方的天際，黑夜降臨在大海上。商毅也下令，全體戰船返航，回到基隆港去休息。
這一戰商家軍一共出動了七十一艘戰船，在主要戰場投入四十七艘，其中主力戰艦二十五艘，共計士兵三千二百多人。西班牙軍出動了二十四艘戰船，在主要戰場投入十八艘，士兵一千五百餘人。
結果是商家軍取得了全面勝利，擊沉擊毀對手十四艘戰船，俘虜七艘，其中包括西班牙軍的旗艦聖路易号，打死西班牙士兵一千二百餘人，活捉六百餘人。并且繳獲各類火炮三百餘門，火槍一千餘枝，其中有三百多枝是燧發槍，戰馬三十四匹，其他糧食物資若幹。
而商家軍自身，被西班牙軍擊沉戰船八艘，包括六艘輔助戰艦和一艘巡洋艦、一艘護衛艦。其中第一分艦隊的損失最大，有五艘輔助戰艦和一艘護衛艦。另外還有九艘戰船受傷，又是第一分艦隊占了其中的七艘。同時還戰死士兵水手三百七十二人，另有三百一十五人受傷。
因此經過了一夜的休息之後，第二天商家軍也在基隆舉行了盛大的慶典，以慶賀商家軍的海軍第一次出戰，就取得了重大的勝績。由其是第一分艦隊，雖然損失很大，但卻是擔負着最艱難的任務，而旦成功的打亂了西班牙軍的陣形，爲後面取得勝利，打下了一個良好的基礎，因此商毅也重點表彰第一分艦隊的全體官兵。
雖然從結果上來看，商家軍确實取得勝利，而且還考慮到這是商家軍海軍成軍以來的第一戰，也就更是難能可貴了。不過商毅也沒有爲這一場勝利就忘乎得己，認爲商家軍的海軍從此就縱橫海上，所行無敵了，因爲從雙方的實力對比上看，商家軍在各方面幾乎都占據了壓倒性的優勢，因此取得這樣的勝利并不算什麽，甚緻可以說，西班牙軍是雖敗猶榮。而且從戰鬥的過程來看，商家軍也出現了許多失誤的地方，需要改進總結提高的地方，還有許多。
其中又有兩個問題最爲突出，一個就是海軍依然整體缺乏實戰經驗，一但遇到不利的環境，或是戰前沒有布置到的情況，旗艦又無發下達明确命令，需要官兵們用自己的判斷來決定下一步的行動時候，就會自亂陣腳。同時在海軍內部，士兵的素質差别也比較大，相比之下，主力戰艦的士兵水手的素質，明顯要強于輔助戰船。另外就是士兵對［海軍條例］的執行，也不徹底，在忙亂的時候，往往就會忘了［海軍條例］的要求。
這确實是一個在短時間内難以解決的問題，畢竟作戰經驗不是一天兩天就能完成的，隻能通過平時的嚴格訓練來盡力彌補。
而另一個則是戰船的問題，這一次戰鬥也再次證明，老式的福船，和西式的風帆戰船根本就不是一個等級的較量，并不适合作爲戰艦，那怕是當輔助戰艦來用，也頗有些力不從心。相比之下，改良之後的福船，表現就明顯要好得多，因此以後新造的福船，也将全以改良之後的船型爲模式。同時艦隊的規模暫時不要擴大，等逐漸用新船取代了老船之後再說。
但解決這個問題同樣也需要時間，在新船尚未造出之前，也隻能先用老船撐一陣子，不過在以後的戰鬥中，也要注意各種戰船的搭配，盡可能不要讓老式的福船但負過多的戰鬥任務。
随後，商家軍就在基隆港暫時休整，治療受傷的士兵，修理戰船。同時商毅也寫了一封措詞十分嚴厲的信，附上這兩次戰鬥中俘虜的西班牙軍主要軍官的姓名，送往馬尼拉，交給西班牙的菲律賓總督科奎拉。送信的人選商毅都己經選好了，就是上一次西班牙遠征艦隊的翻譯，袁樸和吳雁鳴兩人。
在西班牙遠征艦隊全軍覆滅之後，袁樸和吳雁鳴在張庚秋的勸說之下，也願意投靠商毅，但爲了盡力隐瞞遠征艦隊覆滅的消息，商毅一直将兩人留在浙江，并沒有放他們回去。兩人在馬尼拉的生意，也由張庚秋幫忙照看，現在沒有隐瞞的必要了，同時也是袁樸和吳雁鳴發揮作用的時候了，當然商毅還派了一名傳教士随兩人一起出發，前往馬尼拉送信。
兩天以後，一艘來自福建泉州的福船來到了基隆港，船上的使者向商毅帶來了一封信，是甴福建總兵，安南伯鄭芝龍發出的，信中的措辭到也十分客氣，先誇贊了商毅一番，表示鄭芝龍對商毅十分敬佩，同時也說明，鄭芝龍是打算進京去朝賀天子登基，正要路過浙江，希望能夠與商毅會面。
接到這封信之後，商毅也點了點頭，自己終于引起了鄭芝龍的注意。不過這也早就在商毅的預料之中，商家軍想要向海外擴展，早晚都會和鄭芝龍打交道，其實從商家軍的海軍成軍的那一天，商毅一直就把鄭芝龍視爲自己在海上潛在的最大對手。雖然這個時代還有西班牙、葡萄牙和荷蘭等海上強國存在，但這些國家都離中國太遠，後勤支援起來十分困難，缺乏持久力，而且他們都需要和中國的貿易，因此也都不會希望與中國的某一勢力長期樹敵。
不過現在的情況不同，商家軍的海軍己經初步成型，而且在龜山島一戰中，也得到了實戰的檢驗，雖然還存在着許多不足之處，但實力也絕不容小視，因此就是和鄭芝龍正面相抗也不怕，更何況商家軍還有一支強大的陸軍存在。這正好是鄭芝龍的弱點。而且鄭芝龍的勢力主要在廣東和福建，正好是和浙江相鄰，如果在海上真的打不過他，那麽就從陸上打過去，讓鄭芝龍在陸地上無法立足。
當然這隻是做的最壞打算，商毅并不想和鄭芝龍爲敵，能夠以和平的方式解決兩人的矛盾或是争端，當然是最好也不過了。畢竟在這個時候與鄭芝龍惡交，隻會是個兩敗俱傷的結果，另一方面，不管怎麽說，鄭芝龍還是生了個好兒子鄭成功，商毅也不希望與這位另一時空裏的這位民族英雄爲敵，因此那怕是能夠讓出一部份利益，能夠換來與鄭芝龍達成共同擁有海外貿易的某些協議，也是值得的。
不過這些都是商毅的想法，能否如願，還要看鄭芝龍的态度，如果鄭芝龍不肯讓商毅在海外貿易上分一杯羹，那麽商毅同樣也不惜與鄭芝龍一戰，和談也是要以自身實力爲基礎的。
其實鄭芝龍派來的這個使者也不是一般人，是他的二弟鄭之豹。鄭芝龍一共有二個親兄弟，依次爲芝虎、芝豹。一個異母弟鄭芝彪（這時己改名鄭鴻逵）、不過這時鄭芝虎已死于與劉香的戰争之中，現在隻有鄭鴻逵和鄭芝豹兩人，都是鄭芝龍的得力助手。鄭芝龍派遣鄭芝豹來見商毅送信，也足見他對商毅崛起的重視。
而商毅得知鄭芝龍使者的真實身份之後，也立刻下令，以最高的标準接待鄭之豹見。并且設下了盛大的酒宴，招待鄭芝豹。亞莉桑德拉也以商毅妻子的身份出席。
鄭之豹的年紀也不大，看起來還不到三十歲，但顯然是見慣了場合的人，對這種場合的是應付自如。對商毅态度到也十分恭敬，說了許多敬慕商毅的話，由其是盛贊商毅從北京迎回崇祯遺诏的壯舉。商毅當然也是禮尚往來，也大加贊揚鄭芝龍。于是在互相吹捧了一番之後，鄭芝豹也有意把話題引到去年的西班牙遠征艦隊上來。
商毅當然也不隐瞞，把自己是如何擊敗西班牙遠征艦隊的經過也細說了一遍，并且也直言說明亞莉桑德拉就是西班牙遠征艦隊的副司令官，當然隐瞞了她家族的事情，隻說是在遠征艦隊失敗之後，不敢返回馬尼拉，因此才向自已投降。
鄭芝豹聽了之後，雖然不動聲色，但心裏卻起了軒然大波，這次他來基隆，同時也有觀察打探商毅虛實的任務，畢竟鄭芝龍對商毅的了解，實在太少了。而且鄭芝豹和這個時代一般的中國人不同，對海外的世界有相當的了解，他也聽說過在菲律賓的幹系臘人裏，确實有一個女軍官。因此對商毅的說也是半信半疑。
随後商毅又告訴鄭芝豹，這一次自己又在龜山島海戰中大敗西班牙艦隊的事情，鄭芝豹雖然竭力保持鄭定，但目光之中，也掩飾不住驚訝的神色。
鄭芝豹的這些變化都被商毅看在眼裏，心裏也十分滿意，這些事情本來就希望通過鄭芝豹傳到鄭芝龍的耳朵裏去的。并且和鄭芝豹談好，商毅将在浙江省杭州府恭候鄭芝龍的大駕光臨。随後商毅留鄭芝豹在基隆住了兩天，送給他許多禮物，才讓鄭芝豹轉回泉州，向鄭芝龍複命。