但因爲東林黨人在三十餘年的那一場立嗣之争，保住了皇長子朱常洛的太子位置，使當時萬曆皇帝和鄭貴妃希望立福王朱常洵（即朱由崧的父親）爲太子的圖謀才化爲泡影。因此他們擔心一旦朱由崧登上帝位，重翻舊案，自己在政治上将會失勢。
于是以當時的東林黨魁，禮部侍郎錢謙益爲首的東林黨人，以“立賢”爲名，到處遊說，提議迎立潞王朱常淓繼承皇位,強烈反對由朱由崧來繼承皇位。而支持錢謙益的，也有南京兵部侍郎呂大器、南京戶部尚書高弘圖、右都禦史張慎言、詹事府詹事姜曰廣等南京重要的大臣。
但這個提議也遭到許多人的反對，因爲潞王朱常淓一來是崇祯的長輩，二來血統也比朱由崧較遠，非神宗的嫡系子孫，所謂賢名，其實不過是喜讀書、好空談而己，如淮西巡撫路振飛就直言不諱：“議賢則亂，議親則一。”
而在南京具有舉足輕重地位的首席大臣南京兵部尚書史可法，一方面在内心裏也認爲應該按倫序，迎立萬曆皇帝的子孫，但對擁立朱由崧有所顧忌，在另一方面又不得不考慮其他東林黨人的情緒，因此提出了一個折中的方案，即不立褔王也不立潞王，改立遠在湖南的桂王朱常瀛爲君。
然而無論是史可法還東林黨人都沒有想到，一場更大的陰謀，正在他們議論不決的時候悄悄展開。
原來守備鳳陽太監盧九德在萬曆末年，曾在宮中服伺過老福王朱常洵，因此對朱由崧非常有好感，希望把朱由崧扶上皇位，于是也在背後幫助朱由崧策劃，并親自出面聯絡黃得功、劉良佐、高傑等三名有兵權在手的實力派大将，許以高爵，說服他們擁立朱由崧爲帝。
黃得功、劉良佐、高傑貪圖擁立之功，因此也都同意，但三人雖有兵權，但聲望不足，還需要找一個位高權重的文臣來主導才好，于是盧九德決意找鳳陽總督馬士英出面主導，而黃得功和劉良佐又提出，最好再說動浙江的商毅一起行事，則更有把握一些。
因爲商毅的資曆雖然不深，但在去年下半年率師南下以束，連敗李自成、張獻忠，平定浙江叛亂，戰功赫赫，威震南方，黃得功和劉良佐都和商毅一起并肩作戰過，深知商家軍的戰鬥力，如果能夠把商毅也拉入擁立福王的陣營中來，也能使福王陣營聲望大增，成事幾乎就鐵闆釘釘了。相反如果商毅反對擁立福王，改爲擁立潞王或桂王，那可就是一個極大的麻煩了，黃得功和劉良佐心裏盤算，自己三人綁在一起，恐怕也不夠商毅一頓的量。
盧九徳聽了之後，也覺得他們說得有道理，因此也決定雙管齊下，一方面去找馬士英出頭，另一方面又派自己的親信太監袁大祥去聯絡商毅。
現在商毅也是南方舉足輕重的人物了，因此商毅陣營中的主要人物，基本情況也不是什麽秘密，袁大祥也知道在商毅的陣營中，周世奇一家占有很重要地位，深受商毅的信任和重用，于是首先來到嘉興府找周少卿，簡單的說明了一切。
周少卿到底還是年輕，不知道這裏面的利害關系，同時也認爲從血統的尊卑上來說，福王确實是繼承皇位的最佳人選，如果商毅這次也參與擁立行動，立下了擁立之功，不僅是指日高升，而且在新君面前說話也大有份量，那麽隻要請奏一本，自己這個代理知府也就可以馬上轉正了。因此也在袁大祥面前拍着胸脯保證，自己一定會盡力勸說商毅答應。然後帶着袁大祥，連夜趕到了杭州。他也知道這時商毅不在浙江，于是首先來找老爹周世奇，說明了自己的來意。
其實周世奇爲官的時間雖然也有不少，但都是在地方爲官，對朝廷内部的鬥争所知也不多，再加上對南京的信息也不了解，因此也覺的這到是一個好機會，商毅好了，自己一家不也連帶着水漲船高了嗎？不過他到底比周少卿多吃了二十年的飯，本能的感受有些不對勁，但又不說是那裏不對來，不過商毅不在杭州，這件事情自然是要由葉瑤瑱來決斷，因此馬上帶着兒子，來見葉瑤瑱商量。
看完了信，又聽完了前因後果之後，葉瑤瑱沉思了一會兒，終于搖了搖頭，道：“周伯父、周大哥，這件事情們不能參與，請你們替我像袁公公婉言謝絕了。”
周氏父子不覺都一怔，周少卿搶聲道：“爲什麽？瑤瑱，這可是一個千載難逢的好機會，福王本來就是繼承皇位的最合适人選，一但福王繼位，我們就立有擁立之功，商大人他又可以加官晉爵了。”
葉瑤瑱微微一笑道：“國有國法，家有家規，相公雖然己經位列總兵，但官不過是一介武将，職不也地方之守，隻管守好地方，保衛家園就是了。至于擁立新君登基，自有南京六部九卿的大臣在，該由他們去考慮商定，不是我們所能夠插手的。”
聽了葉瑤瑱的話，周世奇陷入了沉思中，而周少卿聽了，卻不禁有些着急，道：“此一時彼一時啊，黃得功、劉良佐、高傑不都是武将嗎？既然他們都能夠插手，爲什麽我們就不能，難道眼睜睜的看着擁立之功被别人得去了嗎？”
葉瑤瑱淡淡道：“别人是别人，我們是我們，以相公的能力，以我們商家軍的實力，那一個新君登基之後，都必會受到重用，立不立什麽擁立之功，其實并無關大局。因此請你們去回複袁公公，就說擁立之事，非我等武将敢爲，因此不能從命。就這樣決定了。”
周少卿這下可真有些着急了，道：“瑤瑱，你這樣決定，也太輕率了，我想如果商大人在，他一定不會這麽決定的。”
葉瑤瑱聽了，秀眉也不禁挑了一下，而周世奇己厲聲喝道：“少卿，給我住嘴，你太放肆了。”
原來周世奇一直都在沉思着葉瑤瑱的那番，剛才才想明白，先前自己感覺不對勁的地方，那就是袁大祥要擁立福王，爲什麽不去南京找南京的衆大臣，而要來找這些武将。想通了這一點之後，周世奇才恍然大悟，看來這裏面的水實在太深了，還是葉瑤瑱說得對，無論是誰登基，都會重用商毅，搶不搶這個擁立之功，并無傷大雅，相反萬一在這個時候站錯了隊，那可就在糟了。因此絕對不要去趟這塘渾水。
不過他才想通這個關建點，馬上就聽到周少卿說的那一番話，不禁又驚又怒，連忙喝止住了周少卿，雖然現在商毅和葉瑤瑱一直敬自己爲長輩，敬周少卿爲兄長，但周世奇心裏十分明白，商毅這是不忘舊情，但自己卻不能得意忘了形，就真以長輩自居，忘了現在自己一家實質上都是商毅的部下這個身份。而且也隻有在商毅的部下，才有自己父子的容身之地，在其他人手底下，都别想混到現在這個樣子。這個主次關系可不能弄反了。
何況周世奇比任何人都清楚，商毅對葉瑤瑱的喜愛和信任程度，周少卿竟敢這樣頂撞葉瑤瑱，那還了得嗎？因此也大聲訓訴周少卿道：“商毅在離開杭州的時候，就說得非常清楚了，他不在就甴瑤瑱替他主持政務，發号施令，瑤瑱的決定就是他的決定，你還敢有什麽啰嗦的嗎？還不快給我滾出去。”
被周世奇這一頓雷煙火炮砸得昏頭昏腦，周少卿也有些發懵了，剛剛說了一個字：“爹……”
但馬上被周世奇給打斷，怒喝道：“聽見沒有，給我滾出去。”
周少卿看着老爹這付怒發沖冠的樣子，終于明白老爹這是玩真的了，他當然不敢和周世奇頂撞，隻好低着頭，走出了正廳外。
周世奇這才轉身對葉瑤瑱道：“瑤瑱，剛才少卿不過是胡言亂語而巳，你可千萬別往心裏去。”
葉瑤瑱心裏也清楚，周世奇做到這一步也很不容易了，也道：“周伯父，您也太較真了，我們都是自家人，還有什麽好計較的，周大哥心裏其實也是爲了相麽，爲了我們商家軍好，隻是太急了一點，還請周伯父等一會兒好好向他解釋清楚。袁公公那邊，等一會兒我正式讓王先生代筆，回一封信也就是了。”
周世奇聽了，也稍稍松了一口氣，道：“好了，瑤瑱，沒有别的事，我就先告辭了。”
葉瑤瑱也起身道：“周伯父，我就不送了。”
周世奇來到總兵府的門前，周少卿正在這裏等着，而且還是一臉頗爲不服氣的表情，道：“爹，您剛才怎麽不幫我說話，讓一個女人來決定大事，這也太兒戲了……”
他還沒有說完，立刻被周世奇打斷道：“你懂什麽？瑤瑱的見識比你強得百倍。”說着才把自己想通的道理像周少卿說了一遍。
周少卿聽完之後，也不禁呆若木雞，心裏不得不承認，自巳确實把事情想得簡單了。