原來吳甡到達南京之後，得到得全是壞消息，浙江叛亂的範圍越擴越大，不僅是紹興府和杭州府、就連嘉興府、湖州府、嚴州府、甯波府都以經失守，叛軍以經攻占了圍繞着杭州灣的所有地區。同時也在分兵兩路,一路進攻廣徳州，打通進攻南京的通道，另一路進攻蘇州府，想徹底攻占長江以南的地區。
而且這時鳳陽總督馬士英也向南京告急，說河南永城的守将劉超叛亂，請求吳甡立刻調兵平亂。
永城屬在河南省地界，在歸徳府東南，與鳳陽府的交界處，劉超的叛亂，将直接危脅到鳳陽府的安危。鳳陽府不僅是南京北面的門戶，大明的中都，而且是老朱家的老家，可是明朝的龍興之地，這裏不僅有朱元璋父母的皇陵，還有朱元璋少年出身當和尚時的龍興寺，對大明朝有十分特殊的意義。
在崇祯八年（1635年），鳳陽就被農民軍攻破過，當時整個鳳陽城都被焚之一爐，農民軍還将朱元璋父母的皇陵毀壞。結果不僅是鳳陽巡撫楊一鵬、巡按吳振纓、守陵太監楊澤等大小官員共一十七人被殺，還累得崇祯下诏罪己。
這可都是前車之鑒，因此吳甡可不敢怠慢，立刻命黃得功帶本部人馬，立刻渡江，歸馬士英統領，平定永城之叛，同時又命劉良佐率軍進駐河南真陽，保護黃得功的側翼。但這一番安排也使吳甡手下的兵馬減少大半，隻能命馬科率一萬人馬進駐廣徳府，抵擋叛軍的進攻，其餘的人馬守衛南京，再也無力去救援蘇州了。因此也隻能催促商毅快到南京。
雖然史可法建議，是否調先左良玉軍來保衛南京，但被吳甡斷然拒絕，一來是左良玉靠不住，二來他也清楚商毅和左良玉之間的過節，兩人再弄到一塊，萬一又打起了怎麽辦呢？同時吳甡也堅信，隻要商毅的人馬一到，平定叛亂就易如反掌了。那怕暫時丢了蘇州也不用怕。
史可法沒有督師湖廣的戰鬥，對吳甡這麽看重商毅頗有些不以爲然，但論公吳甡是督師南直隸，而史可法隻是南京兵部尚書，從理論上來說，商毅、左良玉、黃得功、劉良佐、馬科都受吳甡的節制，史可法管不着，而論私，吳甡比史可法大，過去還是史可法的上司，因此史可法也隻能聽之任之。
本來商毅是打算跟着船隻緩緩而行，接到吳甡的催檄之後，也隻好加快進度，因爲想在浙江立足，在一開始還是要得到吳甡的支持，而且在浙江的局面也确實很緊了。于是商毅命令周少桓和羅遠斌兩人守護着船隊，繼續慢行，自己帶着三團和騎軍營放棄辎重，率先趕到南京，去給吳甡壯膽。并且又命段鵬帶一個偵察連，立刻改扮爲平民樣子，潛入浙江內部去打探消息。
分配之後，商毅帶着成進、成鋼、楊武丞等人出發，一路急趕，于九月十三日到達南京。
南京古稱金陵，襟江帶河，依山傍水，鍾山龍蟠，石頭虎踞，山川秀美，古迹衆多，素有“六朝古都”之稱，是一座曆史名城，而且明朝的官話并不是後世的北京普通話，而是南京話。
由于職業習慣，在進城的時候，商毅留意觀察一下南京的城防結構，南京城門素有内十三、外十八之說，内十三是指原來在城牆上依次所開的十三座城門，都與市内大街貫連，街道縱橫交織，主次分明，井然有條。
但由于南京城牆依地勢而建，位于東郊的皇宮紫禁城就離鍾山太近，于軍事防守十分不利,因爲彌補和加強南京京城防衛，在洪武二十三年(1390年)，朱元璋又下令利用應天府城外圍黃土丘陵,建造60多公裏長外圍土城,這座外城呈菱形，西邊外郭城垣未合圍，留下南北兩豁口分别延伸至長江邊。共計又開出十八個城門，此即爲一般所說南京“外城門十八”。不過在商毅穿越之前的那個時空裏，南京的這座外城早已被毀，但人們仍然使用這些城門名稱來作爲當地的地名。
南京城是依水而建的，隻有東南兩面爲陸地，北有玄武湖，西有秦淮河，都可做南京的屏障，而且在南京的地外，除四周山川的天然屏障外，還修建了六座衛城。又經曆數代的修健之後，防禦結構設計得很合理。整座城市還分爲内城、外城兩部分，一但外城失守，守軍還可以退入内城，繼續抵抗敵人的進攻。
外城有長牆圍護，城牆高大，普遍都在四丈以上，十分堅固，外圍城牆寬達五丈，可容多騎并排而馳，不僅可以放置床弩、投石器、火炮一類的大型城防武器，而且分爲上下兩層，守軍在下層，弓弩手在上層。既使敵人攻上城牆，也可以由下層的守将迎戰，弓箭手可以在上層從容利用城牆上的掩護，與敵軍周旋。而城樓更加宏大，高達六丈，可以府視全城，一覽無餘。用固若金湯來形容，一點也不爲過。
不過商毅也知道，無論是在明清，還是近代的曆史上，南京依托堅城防守成功的例子并不多，甚緻幾乎可以說是沒有，無論是南明、太平天國，還有國民政府，其實都沒有守住南京，因爲當敵軍攻到南京城下的時候，基本上都以經大勢以去了，可見城防的強弱，并不是戰争的決定性因素。
商毅的人馬是從南京内城南面的通濟門進城，吳甡和史可法以經城内的通濟門大街和崇樓街的交彙處等候他的到來。
見了他們，商毅照例要首先施禮，吳甡到是十分激動，趕忙上前幾步，拉着商毅道：“以恒，你終于來了。”
商毅道：“督臣，卑職來得晚了，還請督臣見諒。”
吳甡呵呵笑道：“不晚，不晚，你來了就好。”
這時史可法也過來，兩人也算有過一面之交，因此客氣了幾句，吳甡笑道：“好了，以恒，爲你準備的接風宴都安排好了，就在秦淮河畔的醉杏樓上，你先去安頓人馬，梳洗一下，然後入席。”
商毅也不禁怔了一怔，心裏想着，吳甡一封信一封信的催着自己快到南京來，簡直就像是火燒眉毛一樣，現在自己總算是趕到了南京，怎麽又不急了，還有心情爲自己準備接風宴。他當然不知道，自己率軍一到，吳甡頓時就覺得心裏有底，因此整個人也輕松多了，同時也想借這個機會，向商毅示好，把商毅拉隴到自己的陣營來，這樣自己有商毅在前面沖铎陷陣，平亂的事情就好辦多了，日後自己回朝，也有很多地方還要依靠商殸。
雖然商毅不知道吳甡的這些想，不過既然吳甡都不急，自己還急什麽，既來之則安之，而且“秦淮河畔”這四個字對他來說還是有相當大的吸引力，因爲在過去早就聽說過秦淮河的大名，今天到是可以見識一下這大明時代的天上人間是什麽樣子了。
當下史可法首先告辭，商毅随着吳甡，将人馬帶到軍營中安置下，然後又摘盔禦甲，換了上了長衫軟帽，不過商毅還是在長衫裏穿着他的防彈衣，帶着護臂、護腿，軍刀、雙截棍、手槍等防身物品一應俱全。這到并不是說有什麽防範，而是他一直保持的良好習慣。随後商毅又帶了段鵬等八名随員，吳甡坐橋，商毅騎馬，向秦淮河走去。
南京以富庶的江南爲依托，表現出和北京完全不同的繁華景色。這時雖然是天色将晚，但南京城的大街兩側卻是燈火通明、人群熙來攘往，青樓酒肆林立、隐傳燕語莺聲，顯是有美偕行，春色暗藏。顯得十分繁華熱鬧。其實這還是在浙江發生叛亂，和正常時候相比，隻有六七成風貌。
秦準河最繁華的地段其實就是在通濟門外東南方的河面上，這裏的河面較其他地段爲寬闊，沿河都遊蕩着大小花舫，無不燈火輝煌，隻見船中人晃動，紅女綠男，不時傳出絲竹琴韻、猜拳鬥酒，以及女子含羞帶嗔，男子粗聲喝城的熱鬧聲音。或卿卿我我，或打情罵悄，或撫琴和瑟，或尋歡作樂，莫不一是。絲毫也不再意岸上或其他船舫上他人的目光。
商毅看得也不禁感歎，誰說古人保守了，這不也很開放嗎？
這時吳甡的轎子在河邊一座高達三層的酒樓前停下，吳甡下轎之後，門口候着的小厮們立刻過來，恭身道：“吳大人，您來了，各位老爺們都等着您呢！”
吳甡點點頭，對也以經下馬的商毅道：“以恒，我們上樓去。”
不過商毅也有點奇怪，在後世政府官員出入娛樂場所，都十分謹慎，生怕被發現了，而吳甡似乎到是一點也不忌違。看來明朝的這種風氣還是不錯，幹革命也不忘生活享受。
其實在這個時代，官員出入風月場所，并不算什麽大不了的事情，因爲風月場所一般都還兼顧有社交和文化場所的作用，達官貴人，富商豪客來這裏主要目的是爲了社交，滿足文化生活需求，并非是隻爲滿足身體的需求。