而經過了唐鎮和孫和鬥對士兵們詳細解釋，成爲正式士兵之後能夠亨受到的優惠條件，加上這一段時間以來，穆陵軍連續獲勝，商毅也從未苛刻士軍的軍饷，有不少士兵都覺得當職業兵其實也不錯，而且還有相當一部份士兵和清軍有仇，覺得跟着商毅，有希望報仇，因此絕大多數人都想繼續當職業兵，紛紛報名。當然也有一部人不想再當兵了。一切都以他們自願的原則進行。
最終有一萬八千七百五十二人願意繼續從軍，其餘的人，就則都全部轉爲民兵。而商毅也馬上開始着手，對全軍的編制進行一番大的整編。
軍隊的編制方法，在戚繼光所著的［紀效新書］裏有過詳細的說明，現在的明朝軍隊，也基本都是按照戚繼光的方式來編制軍隊。但商毅顯然不打算釆用這種通常模式。
其實就在清軍退兵之後，商毅就以經在考慮重新編制軍隊的問題，他的目地是要把自己的軍隊，打造成一支全新的軍隊。因此準備借鑒後世的軍隊的班、排、連、營、團、旅、師等分級的建制來編制軍隊，以表示和這個時代的其他軍隊的區别。
當然雖然在後世，世界各國幾乎是全部釆用班、排、連、營、團、旅、師等分級的建制來編制軍隊，但俱體編制的人數，并沒有一個定論，不僅是在不同的國家各不相同，而且就是在相同的國家，在不同的時期，也是不一樣的。商毅也沒有必要去死搬硬套。在這幾天的時間裏，以經完全考慮成熟了。
因此唐鎮和孫和鬥将統計出來願來從軍的人數上報給商毅之後，商毅立刻招集全軍的主要将領，招開軍事會議，并将自己制定出來的建制向衆人宣布。
按商毅制定的軍隊建制，以十人爲一班，設班長一名、副班長一名；五個班爲一個排，設排長一名，副排長一名；四個排爲一個連，設連長一名、副連長一名；四個連爲一個營，設營長一名，副營長一名；四個營爲一個團，毎個團設團指揮部，團長一名、副團長一名、團參謀長一名，文書二名，團部警衛班一個，由十人組成。兩個團爲一個旅，三個團爲一個師。若幹個旅師組成軍團或縱隊，但目前的建制隻到團級爲止。而各級軍官也都從以前各大隊、小隊的隊長、以及有戰功的士兵中選撥。
本來按商毅的想法，還計劃引入後世共和國軍隊的政治委員這一職位，在連、營一級設立政治指導員，團級以及未來的旅、師、軍團、縱隊設立政委，以加強對全軍的政治思想教育和控制，但目前自己手頭上缺少有文化并接受自己思想觀念的軍事人員，另外在大明朝還在的情況下，在軍隊中設立政治委員這樣的職位，也過于敏感了，因此商毅隻能暫時取消這個打算，等以後再說。
對商毅這的安排，衆将都沒有意見，一來商毅在衆将心目中有很高的威信力，他的意見在一般情況下，都沒有人會反對。二來在這個時候，天下大亂，軍隊的編制方式其實也沒有一個嚴格的規定，而團長、營長、連長這類叫法都是各級軍官的名稱，和官級大小并沒有關系，因此衆将雖然都覺得很新鮮，但并沒有什麽不妥的地方。
這樣一來，全軍目前共分爲五個團、毎個團的标準人數爲三千三百八十三人，可以成爲一個獨立的作戰部隊。另有兩個獨立營，毎個營的标準人數在八百四十二人。
各團的軍官人選分别是：一團團長唐鎮、副團長蔣義渠、參謀長鮑銅鋼；二團團長周少桓、副團長童大勇、參謀長黃震；三團團長成進、副團長成鋼、參謀長趙英傑；四團團長王信、副團長趙英豪、參謀尤洪亮；五團團長羅遠斌，副團長劉伯濤、參謀長趙拓。
兩個獨立營分别爲騎軍營和偵察營，騎軍營的營長由楊武丞出任，而偵察營的營長爲周琦、副營長爲吳漢生，四個連的連長分别是何沖、田楚、張達江和段鵬。
按照商毅的計劃，每個團的備配爲兩個全火槍兵營；一個火炮營，擁有火炮二十到四十門左右，由一個炮兵連操縱火炮，一個鋪助連，使用其他火器，另有一個火槍兵連，付責保護火炮，并使用其他火器，一個騎兵連，付責偵察敵軍動作，爲火炮提供射擊方向，另外每一門火炮将配驢馬三到四匹，包括有炮車一輛，彈藥車一輛；剩下的一個營爲後勤營，付責運輸物資和後勤保障。
騎兵營爲全騎兵編制，每名士兵配兩匹戰馬，作戰時會根據戰事的需要，臨時編入所需要的其他各團中或着獨立作戰。而偵察營也會根據戰事的需要，分散爲連排單位，向其他各團提供偵察人員。
當然目前穆陵關的火炮和火槍數量都不足，隻能一個一個團來實現，計劃将在這一年内逐步補充齊全。這樣毎個團将擁有火槍一千八百支左右，超過全團半數，這也是商毅所希望達到的目标，未來自己的軍隊，将是以火器爲主要武器。
因此商毅也要求孫和鼎立刻擴大槍炮房的規模，至少要達到每月制造火槍三百到五百支，火炮十到二十門的水平。同時也要求火藥作坊和木工作坊，加緊制造火藥、車輛等。
同時商毅又重新制定了軍官士兵的饷銀标準，士兵被分成三個等級，分别爲初級列兵、中級列兵、高級列兵。每月的饷銀分别爲三兩、四兩、五兩白銀。班長是八兩、副班長七兩，排長十二兩、副排長十兩，連長爲十八兩、副連長十六兩，營長爲二十四兩、副營長二十一兩，團長爲三十兩，副團長、團參謀二十七兩，文書十兩。
當然士兵的饷銀支付也是在十兩白銀以内，可以自選是白銀或是米支付，毎石米拆價按二兩白銀計算，超出十兩白銀的部份，一率用白銀支付。另外士兵所分到的田地的租金，則是全以白銀支付。
而士兵的等級劃分，暫時以從軍時間長短爲标準，現在穆陵軍的士兵大體分爲三類，一是從民團時代是跟着商毅的士兵，這批士兵從軍的時間最長，訓練最系統也最嚴格，經曆的戰鬥也很多，經驗也最豐富，同時也最受商毅信任，這批士兵現在一共有兩千四百多人，新編制的班長、排長等中下級軍官有很多都将從他們中間選拔，而其餘的也全部都提升爲高級列兵。
第二類是在商毅守衛穆陵關時陸續招募，這批士兵從軍的時間也不短，經曆過一段時間的嚴格訓練，基本都參加過與清軍的曆次作戰，也有相當的作戰經驗，除了少數立下過一定功勞的士兵提升爲高級列兵，其餘全定爲中級列兵。
第三類就是在守衛濟南府時，從難民中招募，也包括一部份原來的青州兵，這類的人數最多，有一萬二千多人。都經曆過濟南戰役，也算見過大陣仗，但訓練時間不長，基礎普遍不足，因此還需要一段時間的嚴格訓練，他們全定爲初級列兵。
士兵的分級暫時就是這樣确定，商毅本還打算引入後世的士、尉、校、将的軍銜制度，但目前的條件還不允許他這樣做，因此也暫時隻定了士兵的三個等級。而低級的士兵可以通立戰功，或者是通過測式，升級爲中高級的士兵。商毅規定毎年都會舉行一次士兵等級測式，考核通過的士兵，都可以得到晉升一級的機會。
而商毅對軍隊又做出了另一項大的改變——就是取消了自己軍中的跪拜禮節。
來到了這個時代之後，商毅最反感和最不習慣的就是下跪叩頭禮節。因爲做爲現代人，商毅除去在極少數特殊時候，比如祭奠去世的先輩、英烈，或者是結婚慶典這種場合，在其他時候，對無論是什麽原因的下跪行爲都非常排斥，無論是自己給别人還是别人給自己下跪，或者是看到别人給别人下跪，都很不适應。
在商毅看來，下級對上級下跪，絕對是一種不正常的關系行爲。雖然在目前，有些時候他也不得不對别人曲膝下跪，但至少可以取消在自己軍隊裏的跪拜行爲。于是将所有的下跪禮節改成了行軍禮。而且還是采用立正站好，右手四指伸直并隴，斜指在太陽穴邊的後世的軍禮。同時也規定，下級給上級敬禮之後，上級必須還禮。
對于這一點，穆陵軍的衆将都覺得非常意外，因爲在他們的觀念裏，下級給上級下跪，是天經地義的事情。不過商毅取消下跪，隻是在本軍隊中，而且耍說有受損的，反而是商毅自己，既然商毅這麽決定，其他人也隻有尊行了。