離開夜叉嶺後，基利并沒有回到吐蕃，而是在川康一帶的藏傳佛教寺院内住下，這期間他的行爲不可細考，也未見于其他史料。
蒙元在雲南建立中樞行省時，基利似乎摒棄了教派芥蒂，一直在蒙古帝國巨大疆域内的各寺院間傳經講法，據傳期間還去過天竺，考證老子化胡經的真僞，随後還參加了佛道間著名的辯論；蹊跷的是，在正史記載的佛道辯論會裏，并未留下這個名字，也許隻是基利對徒弟們撒的一個謊，也或者他用了一個假名。
雖然每隔幾年基利都要回到雲南，但是據查未再回夜叉嶺北，也未向元朝政府洩露月宮的情況，如此奔波了幾十年，最後在基利大約80歲的時候，歸隐于洱海以東三十裏的靈覺寺内，不再問世事。
一直到了元末，關于靈覺寺内高僧基利法力高深，并且已經活了一百四十歲的傳聞不禁而走，但是世間并沒有多少人知道其中虛實。
元至正元年，與基利有交往的妙峰和尚在遊龍山上興建遊龍寺，山下積水潭中突然出現惡龍，阻斷了工程。妙峰和尚顯然知道一些基利道行的，于是請他出山驅龍，基利欣然而往。
因爲基利做法驅龍時，圍觀者衆多，所以《諸事考略》記載此事頗爲詳細。
文中記載：整整一個白天，基利隻站在山巅觀看積水潭中的惡龍遊動，而看熱鬧的來百姓也越聚越多，都在幾裏外山上看着；有眼力好的說，這個和尚怎麽可能有一百多歲，分明隻有五十上下，怕不是來騙人蒙事兒的吧？到了午夜月盈時份，基利忽然将手中六環伏魔杖指向積水潭，片刻後，那譚水如開鍋般沸騰起來。基利再揮動伏魔杖向南一指，兩條惡龍便騰空而起，隐入稠雲，向南遁去，從此不再回來。
基利和尚一杖驅雙龍的故事，立即就傳到了末代梁王巴爾紮拉瓦兒彌耳中。當時，元朝在中原的腐朽統治正處**速瓦解之中。梁王坐鎮雲南，卻苦無實力自保一方，于是突發奇想，想借奇門法術來支撐局面。
《諸事考略》記載，梁王第一次赴靈覺寺與基利密會，基利并未答應出山挽救元朝。隻是說了一句：本朝氣數已盡，傾覆在即，此乃是天意，不是陽世間的兵馬可以扭轉之類的掃興話。
梁王碰了一鼻子灰，悻悻而回。但是身邊有官員聽出基利話中機鋒，于是進言道：高僧所謂，非陽世間的兵馬可扭轉之言，似有奧妙；數月前，有人眼見高僧持鎏金六環伏魔法杖站立龍潭之上，有如神人一般；其法力之駭人，即使扭轉不了天下，庇護雲南這偏僻一隅，怕是足夠了。梁王頓有所悟，覺得基利當日所言，确實暗有所指。于是隔月再秘赴靈覺寺，求護國之策。
這一回，基利不再遮掩，直說中原覆亡就是眼前的事了，他無力逆轉乾坤；但是說到法術，早年因爲一些機緣倒是學會一門赴黃泉、借陰兵本事；如能布設此“太陰屍陣”，不消戰就足可以吓退敵軍，隻不過，施展此法要劈山開壇，耗費實在巨大；另外還需掘墓開墳，積屍成山，也着實過于陰損；所以他勸梁王不要再做此想，中原若遣使勸降，不如就降了，也可保此地百姓平安。
梁王哪裏肯輕易罷休，當即痛哭流涕，跪地叩拜，稱如能阻擋中原大軍南下，金山、銀山他都有；基利見梁王決心已定，這才半推半就，受拜做了護國法師。然後，他又與梁王約定，這件事隻能偷偷來辦，萬不可将消息走漏出去。
據《太陰仙宮隕如凡塵諸事考略》中記載，基利離開寺院前，自知日後所行之事，邪佞昭彰，狂悖乖謬，絕不爲佛門所容；于是在大雄寶殿外，對着大日如來法像叩拜了半日，其間靈覺寺上黑雲壓頂，擂鼓般的驚雷自東方滾滾而來；直到基利磕破頭皮淌下血，起身離開山門，陣陣滾雷才歇。
基利離去時，在佛堂前留下了，經、律、缽、瓶，三衣、念珠、坐具等物；隻帶走了那根形狀怪異的六環伏魔法杖。從此後，他自絕于正道，再未踏足佛門。
此後十餘年間，沒有人知道基利的所作所爲，他和他的徒弟們藏匿于山野莽林間，行迹飄忽不定；隻是每月初，基利必然遣人赴中樞行省府庫提出梁王應允的白銀。而梁王自以爲有世外高人相助，有恃無恐，将明庭數次招降的使節全部斬殺，以示必死抵抗的決心。
洪武十四年，明朝北境稍定，太祖命大将傅友德率軍三十萬，由黔入滇攻打梁王，隻一年間大軍所向披靡，元軍望風而潰。
洪武十五年，昆明不戰而破，梁王投滇池自盡。而護國法師基利隻是在昆明城破一個月前，差人支取了最後一筆錢，從此後就消失在了所有人的視線中，不再露面。
由以上記載可以推測，基利對梁王的效忠幾乎就是一個謊言。而他在與梁王兩次密商國是時，先是假意推脫，卻又有意無意地流露出他有借陰兵的法力，也很像是欲擒故縱的伎倆。其真實的目的，沒有人知道；但是顯而易見，他隻是借梁王的錢和勢，來辦他自己的事。
由于基利借陰兵的陰謀鮮有人知道，明朝軍隊攻打到滄山附近時，并沒有防備。藍玉部将魏人龍率一支偏師偷渡霧水河疾行向南，以圖從側後偷襲龍尾關，一舉完成切斷最後殘敵退路的戰役企圖；軍馬連夜經過滄山附近無名山嶺時，蹊跷被迷霧所阻，魏将軍礙于軍令所限時日，隻得涉險進兵。
子夜時，前隊騎兵走到了霧瘴的盡頭，竟然是一座密布穴孔的山坡，山坡上隐約可見黑漆漆一座高台，坡下則橫七豎八地堆滿了幾千具棺材，卻都是空的。
有大膽的軍士翻過棺材闆，走上山坡，見布滿山野的小坑中，竟然填滿了未腐爛的屍骸，春末時節，這些屍骸并不發臭，也不生蟲，實在怪異，有讓人驚懼作嘔。
軍士策馬回中軍禀報魏将軍，說前面山坡上布滿屍坑，遠看十分蹊跷，近看更加邪門。這些埋屍的淺坑每一個都形制相當，長五尺，寬二尺；，每一個穴裏都有一具不腐屍骸。而這山坡上連片的屍穴，何止上千？都是依山坡而掘，呈放射狀排列；無碑無封，似墓非墓，就像是馬蜂窩一樣，那詭谲的氣勢直叫人膽寒。
魏人龍隻是一介行伍，哪裏見識過這早在人神魔三界，上古惡戰以降，就已絕了迹的“太陰屍陣”，隻以爲是滇西喪葬的古怪風俗。他自恃見過屍山血海，執意月下進兵，隻讓傳令士兵招呼各隊點起火把，不要靠近那密布的屍穴，繞行便是。
大隊人馬走近山坡時，寒霧漸濃。忽聞山上鸮聲連連，魏将軍也難免驚懼，于是命中軍護衛，将火把投進大霧中。忽見霧中跌跌撞撞的鬼影已然很近了，再看時卻又哪裏是鬼？分明是搖搖晃晃的屍首；想回軍已經來不及了，成千的行屍借着夜色和霧霾的掩護，從四面湧入軍陣，見人馬就咬，放倒了再撓破肚腹掏出内髒。衆軍見狀早已喪膽，哪裏還能抵抗，此後就是一場陰陽兩隔的屠戮。
這一戰雖不見于史籍，但卻是明軍入滇後的最大敗績，兩千步騎竟然隻有押運糧秣的後軍，有三人逃脫。這三人幾天後穿過森林，逃到藍玉大營，在軍帳内将那一夜駭人所見，盡數告知諸将，講到喪膽處，聽的人神色驟變，說的人更是抖作一團。
按那三人所說，即便是厲鬼，也隻聽說害人，沒聽說咬馬的；更不會将活人掏心挖肺，生吞活剝。藍玉身爲大将，自然不敢全信，但是那兩千軍馬的離奇失蹤卻又是事實無異。
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