南北朝以來，佛教盛極一時，寺院遍及各地，僧尼人數與日俱增。傅奕見笃信佛教者甚多，在武德四年六月，他就首次上奏《請廢佛法表》，文中記載曰：“竊聞八十老父，擊壤而歌；十五少童，鼓腹爲樂。耕能讓畔，路不拾遺。孝子承家，忠臣滿國。庠序成林，墨翟、耿恭之俦，相來羽翊。乃有守道含德，無欲無求。寵辱若驚，職參朝位。”
“定天門之開阖，更新寶位，通萬物之逵否，再育黔黎，布李老無爲之風，而民自化；執孔子愛敬之禮，而天下孝慈。但聞郊祀上帝，官治民察，未見寺堂銅像，建社甯邦。胡佛邪教，退還天竺；凡是沙門，放歸桑梓；令逃課之黨，普樂輸租；避役之曹，恒忻效力。勿度小秃，長揖國家，自足忠臣，宿衛宗廟。則大唐廓定，作造化之主，百姓無事，爲犧皇之民。”
“臣還有益國十一條，還請皇上禦覽：一是青壯年僧尼不婚不嫁，以緻減損戶口，且有違天地之化，背陰陽之道，請僧尼六十以下簡令作丁，則兵強農勸，有利于國計民生；二是西域諸國兵員雖少，皆得紹其王業，據其土地，自相征伐，屠戮人國，今大唐丁壯僧尼有二十多萬，其結胡法，足得人心，應防其不測；三是佛教廣緻精舍，甲第當衢，虛費金帛，請求諸州縣減省寺塔，則民安國治。并且，臣懇請皇上将寺舍分給孤老貧民，無宅義士，規定三萬戶的州設置一寺，胡僧二人，草堂土塔，以安經像，并銷毀銅鐵像，不得更鑄，以保證泉貨不再損毀，益國利人，興家多福。”
“四是讓僧尼衣布省齋，則貧人不饑，蠶無橫死者，不讓僧尼揮霍浪費；五是斷僧尼崌貯則百姓豐滿，将士皆富，禮佛不得尊豪，設齋不得富貴；六是帝王不崇信佛教則大治、年長，信佛則虐政、祚短；七是建議将周孔之教封送西域，以抵制佛教思想的流傳；八是視佛經爲邪說，稱其爲家鬼，不須廣讀佛經；九是隐農安近，市廛度中，國富民饒；十是帝王受命皆革前政；十一是直言忠谏，古來出口，禍及其身。”
當初，傅奕首次上書奏請廢除佛教，唐高祖李淵根本就沒有放在心中，認爲是傅奕此人小題大做，佛教根本不足以爲懼。但是，傅奕再次上《請除釋教疏》，主張禁斷佛教。在奏章中，又提出了“生死壽夭，由于自然”的唯物論觀點，批判了佛教所宣揚的因果報應說的虛妄。
在教權與皇權的鬥争中，傅奕是站在了皇權的一方，進一步陳述了他反佛的思想。傅奕把國家的興衰治亂統統歸之于佛教，顯然是有偏向的，因爲他隻看到了佛教“亂儒教化”的一面，而對封建統治者利用佛教維護其統治則視而不見。
這一次，傅奕提出的觀點深深地說中了唐高祖李淵的心思，任何一位君王都不願意有一家勢力淩駕于皇權之上，李淵也是如此。傅奕正是看中了這點，他屢次上疏奏請廢除佛教，而且建議唐高祖李淵前往寺廟去實地勘察，就能明白一切。于是，唐高祖李淵當真前往寺廟，隻不過是微服私訪，看見那些極端的笃信佛教者，就連皇上的命令都不在意，觸及了唐高祖李淵的心中的軟肋，他擔心佛教之人叛離大唐之心，且佛教使臣來往大唐密切，引起了唐高祖李淵的戒備。
恰逢其時，那個時候正是李逍遙率領大軍攻打突厥，朝中兵力削弱，一旦佛教徒真的暴動，以京師中的兵力無法與之相抗衡。若非李逍遙率領大軍前往突厥，大唐國内兵力虛空，緻使唐高祖李淵的警覺，他見識到佛教的影響力後，決定廢除佛教，要滅佛。
于是，唐高祖李淵回到皇宮之中就诏令百官議論廢除佛教之事，朝臣中信佛者較多，唯有太仆卿張道源支持傅奕的主張，而中書令蕭瑀帶頭發難，攻擊傅奕爲妄說。蕭瑀大聲呵斥道：“佛，聖人也。傅大人爲此議，非聖人者無法，臣懇請皇上将他嚴刑查辦。”
由于傅奕屢次上疏奏請唐高祖李淵廢除佛教，而李淵雖有此心卻不能真正的不顧朝中大臣反對。因此，傅奕就直接被唐高祖李淵喊道紫宸殿中，與朝中大臣對峙，将他的觀點陳述出來。此時，蕭瑀官級别傅奕高許多，而且蕭瑀又是跟随李淵起兵的功臣，但是傅奕不畏權勢，與蕭瑀唇槍舌劍，激烈論争，以一人之力與信佛者展開激烈的争論。
“釋迦憫斯塗炭，哀其沈溺，陳經敦勸善以誘賢，制戒律禁惡以懲罪，皆令息妄歸真，還源返本；比手中原之地，上古之初，世樸時淳，書契未作，民澆俗僞，典籍方興。故周公不出于上皇，孔子唯生于下代，制禮作樂，導俗訓民，緻治興風，匡時救弊，皆欲令止澆息競，返素還淳，出于釋迦，其揆一也。”
傅奕見蕭瑀言辭激烈，他從容不迫地據理反駁道：“禮本事于親，終于奉上，此則忠孝之理著，臣子之行成。而佛逾城出家，逃背其父，以匹夫而抗天子，以繼體而悖所親。蕭瑀非出于空桑，乃遵無父之教。臣聞非孝者無親，其瑀之謂矣！”
蕭瑀被傅奕批駁得啞口無言，想要反駁卻又無從下手，隻能将雙手合十，喃喃地道：“地獄所設，正爲是人。”
當時，參加朝會的有太子李建成、秦王李世民等人以及魏徵，太子李建成什麽話都沒有說，任何意見都沒有提出來，不反對也不支持；秦王的态度也是如此，但是張道源卻是秦王府的人。因此，張道源的支持使得傅奕成爲秦王府的人，與李世民交好，成爲秦王府的門人。
秦王李世民之前也不曾将傅奕當成一回事，認爲他隻不過是文人墨客，根本就不堪重用。但是，經曆過朝堂上的激烈争鬥，使得李世民對他刮目相看。雖然傅奕太過于極端，反對信佛者，一心想要廢除佛教，尊崇道教以及儒學，隻不過傅奕敢在唐高祖李淵的面前與朝中權貴據理力争，毫不退縮。
他就知道傅奕定是一位忠君愛國之人，隻要傅奕成爲秦王府中的人，必定會對秦王李世民盡忠職守，絕對不會叛離。因此，秦王李世民私下裏邀請傅奕進王府中一叙，直接了當的表達了自己愛才之心，願意将他招攬麾下，也是借此告訴于他，隻要歸附于他的話，傅奕可以繼續上疏奏請唐高祖李淵廢除佛教，使得傅奕二話不說效忠于李世民。
魏徵等人屬于逍遙王府的勢力，他們隻是站在一邊看着，根本就不曾有任何的意見。不過，魏徵也對傅奕不懼權貴的傲骨實在是佩服不已，隻不過魏徵知道他已經效忠于秦王，也就不了了之，而且魏徵覺得傅奕所言并非全部沒有道理，他也知道佛教徒甚多，一旦真的出現大規模的暴亂，或者被有心人利用的話，後果的确不堪設想，然而李逍遙率領麾下大将全部離開京師，使得魏徵隻能作壁上觀，不支持也不反對，一切聽從唐高祖李淵的意思。
恰如其分，唐高祖李淵接到前方捷報，使得他沒有立即當着群臣就表明自己的想法，這件事也就不了了之。然而，傅奕卻沒有放棄，他勢必要将自己的想法貫徹到底，堅決上疏奏請唐高祖李淵滅佛。隻不過，唐高祖李淵一直都是模拟兩可的态度，根本就沒有明确的答複與他，而且唐高祖李淵的心思根本就不放在這件事上，全部都轉移在前方的戰況，聽聞李逍遙節節勝利，大破突厥等消息，整個大唐都歡呼雀躍，李淵也沒有心思再去顧慮其他事情。
秦王李世民将傅奕收納成自己的麾下，唐高祖李淵也視而不見聽而不聞，隻不過這件事被太子李建成知道了。當時，太子李建成對于反對滅佛之事，根本就不在乎。隻不過，有一位高僧卻意外的找上門來，李建成好奇之下也就接見與他，但是這件事并沒有任何人知道，不是在東宮之中發生的事情，就連唐高祖李淵都不清楚。
李建成原本是微服私訪出去探查民情，卻意外與寺廟的高僧相遇，而且那個高僧似乎知道李建成的身份，直接向他傳教，并且将佛教之中的佛祖以及信仰一一相告，還稱贊李建成一臉的福相，像極了佛教中的多聞天王，樂善好施，認爲李建成将來必定能夠事業順利宏圖大展，而且直指李建成胸有大志，卻擔心另外一個人的看法，使得李建成本性被壓制，這才讓李建成真正的相信了佛教，也開始信仰佛教，甚至小字改成毗沙門，但是這件事他卻不敢跟任何去說，若是被唐高祖李淵知曉，後果不是他能承受的。
隻因爲在當時，發生了一些事情，使得唐高祖李淵更加對佛教深惡痛絕，隻不過時機尚未成熟，也就一直沒有真正的下旨清除佛門教徒。恰逢其會，有一個從西域來的和尚，擅長咒術，他念起咒語能讓人立即死去，再念咒語又能讓人活過來。
如此的驚天動地的神術，能讓人死去活來，轟動了天下，就連唐高祖也感到莫名其妙，不知其中的奧妙，心中也有些不相信，就挑選了幾個強壯的騎士來實驗。結果被那個和尚試試，還真的顯靈。唐高祖就把這件事情說給了傅奕聽，他也認爲佛教的确有些本事；傅奕聞之不屑一顧，斬釘截鐵地說道：“回禀聖上，這是邪術。臣相信邪不壓正，您讓他來給我念咒語，一定不會成功。”
于是，反佛鬥士宮廷占蔔師傅奕和西域高僧咒法大師就在皇帝主持下公開比賽。隻見那位高僧念念有辭，再看看傅奕也是定力深厚，紋絲不動。再過了一會，隻聽“咕咚”一聲，衆人定睛一看，隻見有人倒地。衆人再仔細瞧看，還以爲是傅奕，沒想到倒地的竟然是那位高僧。那位西域高僧身體僵硬，仿佛他是被外物擊倒，一直不再複蘇。
最後，唐高祖李淵命宮中的禦醫前來查看，發現那人脈象正常，根本就沒有任何事情。大怒之下的李淵，直接命人将他拉出午門斬首示衆，原來他是害怕自己的把戲被揭穿，故意裝死躺下。這件事使得傅奕名聲大震，秦王李世民也是自豪無比。
唐高祖李淵以爲這件事發生了，也就算了。沒想到，又出現一起。這次，唐高祖李淵根本就置之不理，置若罔聞，直接将此事交給了傅奕。從印度來了個婆羅門僧，說自己手裏拿的東西非同一般，是佛齒，堅硬無比，所擊之處，無物可擋。
長安的男男女女從四面八方趕來看熱鬧，一時間婆羅門僧這裏門庭若市。當時，傅奕正卧病在床，但強烈的反佛意志和高度的責任心不容自己坐視不管，而且唐高祖李淵又任命他督查此事。于是，傅奕就叫自己的兒子來，對他叮囑道：“我聽說有一種東西叫金剛石，堅硬無比，外物是不能損傷的。這個僧人裝神弄鬼，估計他拿的就是這種東西。但是羚羊角能破金剛石，你且去試試。”
他的兒子聽從傅奕的吩咐，就拿着這個羚羊角去看這個佛齒。他與那位僧侶見了之後，也像其他人一樣要求試試。僧人胸有成竹地答應了，就連他自己都不知道羚羊角能夠破掉他手中的金剛石；當傅奕的兒子拿出羚羊角狠狠地擊打佛齒，結果佛齒是應手而碎，看熱鬧的人也就一哄而散。
那名僧侶也被打入天牢，次日直接推出午門斬首示衆。這兩件事，使得唐高祖李淵更加痛恨佛教。隻不過，李淵暫時沒有心思顧忌這件事。沒想到，早朝時分，傅奕再次提起，卻被太子李建成反駁；唐高祖李淵非常的詫異，最後聽聞李建成的建議，見識到李建成有太子的威嚴，也就直接答允了李建成的請求，不滅處佛教，但是又不能寒了傅奕的心。
于是，李淵發布《沙汰僧道诏》，雖然不像傅奕建議的那樣徹底廢除佛教，但其整頓、純潔宗教的想法顯然也是在一定程度上對博奕反佛建議的回應。而且，也使得太子李建成無法反駁，這是按照他的意思去做的。
唐高祖李淵沉聲道：“乃有猥賤之侶，規自尊高，浮惰之人，苟避徭役，妄爲剃變，托号出家，嗜欲無厭，營求不息，出入闾裏，周旋阃阃，驅策畜産，聚積貨物，耕織爲生，估販成業，事同編戶，迹等齊人，進違戒律之文，退無禮典之訓。至乃親行劫掠，躬自穿窬，造作妖訛，變通豪猾，每罹憲網，自陷重刑，黩亂真如，傾毀妙法。譬茲稂萎，有穢嘉苗；類彼瘀泥，混夫清水。”
“諸僧、尼、道士、女冠等，有精勤練行，守戒律者，并令就大寺、觀居住，官給衣食，勿令乏短。其不行精進、戒行有阙者，不堪供養，并令罷退，各還桑梓。所司明爲條式，務依法教，違制之事，悉宜停斷。京城留寺三所、觀二所，其餘天下諸州，各留一所，餘悉罷之。”
于是，唐高祖李淵直接命令宗教内部整頓，使得傅奕、太子李建成等人全部閉嘴，然而李逍遙聽聞魏徵所言，才知道一切的原因。隻不過，就連李逍遙都不清楚太子李建成爲何突然之間轉變态度，直接反駁傅奕所言。雖然李逍遙也覺得傅奕上疏奏請，的确有些過分，但是也不至于如此的反應激烈，他别有深意的看了一眼太子李建成，沉默不語。
太子李建成聽聞唐高祖李淵所說，知道父皇沒有滅佛之心，心中的大石頭也放下來了，他舒了一口氣，心中暗暗地想道：“孤已經盡力了，這件事也就這麽處理，實在是兩全其美的方法。若是再反駁的話，恐怕父皇必定堅決廢除佛教，到時候适得其反，還不如見好就收！”
大唐國内，凡是宗教在唐高祖李淵的一道聖旨之下，全部整頓、修改，使得信仰宗教都是一些真誠之人，其餘者全部都被清除出去，一時之間，大唐國内掀起了整頓之風。任何宗教都無法反駁，縱然損失了一部分利益，依然能夠繼續薪火相承就足夠了，而佛教也免遭厄難，在太子李建成的建議下，免遭一劫，不然佛教必定遭受重大地打擊。