面對這樣的窘境，明治政府軍對前奧羽越列藩同盟進行了殘酷的迫害。會津藩藩主松平容保因爲地位高，影響大。殺了松平容保的話，會讓更多會津藩以及前奧羽越列藩同盟的人投奔蝦夷共和國去。所以明治政府軍裏面的薩摩藩不建議殺了松平容保，而是剝奪一切地位，送到江戶“蟄居”。長州藩最後也同意了這個處置。
長州藩不敢殺松平容保，就拿會津藩百姓洩憤。對于抵抗最激烈的會津藩，長州藩将會津藩的戰死者判爲“賊黨”而不允許下葬，屍體因長時間放置遭到風吹日曬，或被鳥獸啄食而慘不忍睹。在整場戊辰戰争中，以會津戰後對死者遺體的淩辱最爲殘忍，甚至有人因埋葬了死者而被入獄關押數日。
到了夏天，當瘟疫開始出現之後，長州藩才不得不允許埋葬死者，而對遺體的掩埋等處理方式也非常極端。
瘟疫流行，家園又被長州藩蹂躏，會津藩的百姓不得不開始逃離。他們能去的地方現在隻有一個，那就是蝦夷共和國。不僅是會津藩，包括前奧羽越列藩同盟的很多人都選擇了逃離。短時間之内，大量民衆跑到了蝦夷共和國。這當然大大的增加了蝦夷共和國的人力資源。也大大增加了蝦夷共和國的糧食壓力。
盡管靠了中國方面的物資支持渡過了難關，蝦夷共和國卻做出了一個戰略判斷，明治政府軍在前奧羽越列藩同盟的地盤上人心盡失，這給蝦夷共和國反攻本州創造了很不錯的機會。加上海軍上有巨大的優勢，蝦夷共和國獲勝也未必不可能。
中國代表當然對這種愚蠢的念頭很不以爲然。以當年滿清的那個搞法，弄到天下無處不造反。但是天下造反者本身可不會是志同道合的戰友。如果蝦夷共和國錯誤理解了前奧羽越列藩同盟逃到蝦夷共和國的百姓們對待明治政府軍的态度，吃虧隻怕是無可避免的。
不過中國代表們的勸說并沒有被蝦夷共和國認同，蝦夷共和國的首領就是堅信派遣軍隊反攻本州，很容易就能在北方站穩腳跟。他們甚至認爲可以在本州島北部山區獲得穩固的根據地，并且逐漸擴大。
對此，派遣軍隻能消極抵抗，他們再次聲明，“中國派遣軍的目的是爲了保護蝦夷共和國的領土不遭受倒幕軍的攻擊，反攻本州根本不是派遣軍的責任。”即便是做出了如此明确的表态，也無法讓蝦夷共和國的這幫人改變看法。所以派遣軍決定派船返回，把這個消息傳遞給中央。
如果青島号使用電報通訊的話，這消息立刻就能傳到國内。鲸海風高浪急，船隻航行并不太安全，憑白的派遣軍艦前往的話的确沒有使用無線電來的利落。所以北上艦隊的司令部裏面有人提出了使用無線電的建議。
艦隊司令丁汝昌在黨委會議上反對這個看法，“同志們，我們有保密規定，既然上級沒有在駐紮蝦夷共和國的艦隊上安排無線電，我們就必須遵守保密規定。”
丁汝昌是廬州人，1853年就加入了韋澤的部隊，現在地位在海軍也是前十位之内。能夠指揮青島号以及與青島号同級别的軍艦組成的艦隊，足以證明韋澤對他的器重。
這位34歲的少壯派軍人拿出了保密的理由，大家一時也沒辦法反駁。參謀鄧世昌今年21歲，廣東人，海軍學院畢業後在一艘驅逐艦上服役。因爲表現優秀而被選到青島号上服役。他提出了自己的看法，“我們不如向北方司令部發一通電報，告訴他們現在的情況。派遣軍艦進行通訊怎麽看都有些浪費了。如果我們的建議錯了，司令部肯定會告訴我們。如果是司令部一時沒有考慮這個問題，那麽我想司令部就會對此有看法。”
丁汝昌一聽可就不高興了，你這是要老子被黑鍋挨訓麽？不過這想法也就是一瞬而過，仔細想想鄧世昌的建議也很有道理，派遣一艘軍艦去傳遞信息在沒有無線電之前是必須做的，可是有了無線電之後，怎麽看都是極大的浪費。來往一趟，燒煤的錢隻怕都夠一台無線電了吧。
所以在約定的通訊時間裏面，北方司令部的阮希浩就接到了丁汝昌的電報。除了得知北上艦隊已經做好進軍海參崴的準備之外，又得知了蝦夷共和國的事情。如果丁汝昌不提的話，阮希浩基本就忘記了蝦夷共和國的事情。在他看來，蝦夷共和國不過是中國在日本扶植的一個小勢力而已。共和國一方面是要給英國添堵，另外一方面也是看中了蝦夷共和國函館的位置，這個位置的确能夠讓中國的整個北方海上有了一個更加穩固的支點。得知了蝦夷共和國準備瞎胡鬧的事情，他就發報給南京。
當天，韋澤就給了回電，讓派遣軍艦隊的上層了解無線電的事情。此次北上艦隊的臨時母港就是函館，等奪取海參崴之後就把母港放到海參崴。那時候北海艦隊就可以名至實歸了。很快，韋澤就得知了蝦夷共和國的情況。他告訴派遣軍，“日本人自己冒傻氣，就讓他們自己冒去。中國絕不參加他們的行動。收複海參崴與庫頁島才是當前大事，奪取了這裏之後俄國的海軍就沒有了落腳點。中國就得到了收複領土的重要支點。北海艦隊一定要完成任務！拔除俄國人在中國領土上據點。”
四月四日，北海艦隊終于開到了海參崴外海。海參崴是一個良港，每年冰凍期100-120天。3月中旬的時候冰凍期結束，此時海面上偶爾還能看到一點冰塊，但是那些冰塊對全水線的裝甲根本沒有任何威脅。
在海港裏面有幾艘俄國船的，海岸上有俄國房屋的影子。丁汝昌下令，“通告各艦，前進，收複祖國的領土。”
俄國船隻見到十幾艘大軍艦沖了進來，他們無一例外的試圖逃竄。青島号一馬當先，軍艦上新換的200炮向着那些木質帆船開始猛轟。沒多久就把敵人的船隻給解決了。此時岸上也響起了炮聲，俄國人的據點開始對海上這些不速之客開炮了。
“切，12磅炮也敢出來現眼？”丁汝昌冷哼一聲。青島号很快就橫過艦體，在12磅炮的射程外用200炮猛烈轟擊。五六發200炮發射的爆裂彈命中了俄國人的炮台後，那木料石頭的炮台就轟然倒塌，再也沒了動靜。
海軍陸戰隊随即開始登陸。到了四月六日，以海參崴爲中心的三十公裏内所有俄國人的據點都被占領。除了被打死的之外，總共俘獲了700左右的俄國人。
丁汝昌向韋澤發報，得到的回應是，“俘虜全部就地槍斃。”
這對光複軍來說是很少見的命令，所以丁汝昌忍不住回電詢問。第二次回電依舊是同樣的内容，“如第一次電報所言，俘虜全部就地槍斃。對于入侵中國的俄國人，沒有任何放過的理由。俄國人殺光了當地的百姓，他們都是兇手。”
丁汝昌還不太信，他命令懂俄語的翻譯對俘虜進行了審問。結果俘虜們居然承認了自己接到了俄國官員的命令，所到之地，隻要不是俄國人，就統統殺死。原本還對俘虜有點憐憫之心的丁汝昌立刻簽署了命令。
四月八日，在一部分俄國俘虜挖好的坑邊，丁汝昌鐵青着臉把俄國俘虜承認的内容告知了行刑官兵。官兵聽完之後都是大怒，他們握緊了手中的武器，怒目橫眉的瞪着那些瑟瑟發抖的俄國人。
丁汝昌大聲說道：“對于這些禽獸沒有任何寬容的必要，統統槍斃。以後凡是在中國領土上抓到的俄國侵略者，統統這麽對待。現在，開始行刑！”
一個多小時之後，部隊把俄國俘虜統統槍斃在他們挖掘的坑裏面，然後都給埋了。
四月十日，從天津出發的運輸船隊抵達了海參崴，開始卸下物資，建設沿海炮台。
四月十五日，北海艦隊正式确定了在海參崴的錨地。軍艦整齊列隊，岸上的部隊同樣列隊。在青島号的船頭，丁汝昌高高舉起手中的紅旗，紅旗内裏包裹着泥土。轉身360度，讓所有觀禮者都能看到，丁汝昌才把包裹着泥土的紅旗抛入了海裏。包裹着泥土的旗幟劃了一條弧線，很快就消失在海面之下，沉入了海底。
各艦汽笛随即開始鳴響，軍艦都放下了自己的船錨。巨大的鐵錨帶着粗大的鐵鏈紮入海中，濺起了雪白的浪花。這是祖國的旗幟，祖國的泥土，也是祖國的海域。
在海參崴正在修建的堡壘上，一面紅旗正在迎風招展。<