蘇祿人提出厘定疆域、歸還被掠人口、雙方通商等三個方面的主要議案；對應的是華夏方面提出的歸還被俘将士、賠償軍費、在桑切斯将軍城之外另開通商港口、約束蘇祿海盜、蘇祿朝貢等五個方面的和議條件；雙方随後圍繞這些議題議案進行了逐一談判。
蘇祿人所謂的厘定疆域不但要求将目前該國控制的棉蘭老島、錫阿加奧島、迪納加特島、甘米銀島、襲擊霍爾、巴蘭西島納入蘇祿境内，而且還要求華夏歸還戰争中奪取的塔普爾群島、塔威塔威群島、潘古昙蘭群島、卡加延蘇祿島，更爲過分的是要求華夏将長島及附屬島嶼、整個米沙鄢群島以及棉蘭老島上的桑切斯将軍城交給蘇祿。如果這些要求都能被華夏朝廷滿足的話，蘇祿的國土面積将擴大至少一倍以上，并對呂宋本島形成了包圍。
對于蘇祿人的貪婪，華夏使團代表嚴詞拒絕，并針鋒相對的提出蘇祿退出錫阿加奧島等部分被其占領的米沙鄢群島，隻準其保留棉蘭老島、巴蘭西島、薩蘭加尼群島等領土且不予歸還蘇祿人尚未攻克的桑切斯将軍城。
由于彼此在領土上的要求差距甚大，雙方在互不相讓的情況下，隻能暫且擱置這一問題，轉而讨論華夏方面提出的約束蘇祿海盜的要求。
蘇祿海盜在環蘇祿海地區都是有名的，其搶劫範圍甚至到了汶萊和馬魯古海峽一帶，給沿海的各族人民帶來了嚴重的危害---在另一個時空中蘇祿海盜還在二十世紀後發展成爲摩洛民族解放陣線、阿布紮耶夫武裝組織等暴力恐怖組織---可以說是活躍在蘇祿海周邊的另類倭寇，是地區發展的一個宿瘤。
以前華夏在蘇祿海地區隻有長島、北勃泥諸内藩存在，呂宋和東印度群島群島也是西班牙人和荷蘭人的勢力範圍，因此對這個惡疾還更多的感受，但如今呂宋和東印度群島都落入了華夏手中，香料貿易及其運輸的獨占權也歸屬了華夏，再加上拓殖方丈的東線航路由此經過，容不得華夏在坐觀蘇祿海盜的壯大了。
對于華夏方面的要求，蘇祿使團倒想拿捏一番，然而他們中到底是有明白人在的，知道華夏朝廷并非真的被蘇祿打怕了，才被迫求饒的，隻是華夏朝廷覺得花大的精力來教訓蘇祿這個區區小國有些得不償失，才願意接受蘇祿求和，因此一旦真的關涉到華夏的命脈，龐大的華夏帝國一定會如史前惡獸一般撲過來将蘇祿撕成碎片的，而蘇祿海航線顯然就是華夏的命脈之一，容不得他們在海盜話題上讨價還價。
不得已，蘇祿方面全盤接受了華夏的要求，答應制止國内百姓出海劫掠---事實上，日後蘇祿在這方面做的并不好，這固然是因爲封建國家對基層的約束力有限，但不可否認是蘇祿國高層有意放縱，因此這也引起了後來發生的第二次蘇祿戰争，當然，這些都是後話了。[
覺得自己什麽都沒拿到，反而先答應了華夏方面一個要求的蘇祿人很快就歸還被掠人口的問題向華夏方面發難。按道理說，蘇祿人的要求也不過分，隻是在卡加延蘇祿島、潘古昙蘭群島、錫基霍爾島等島嶼上被俘的蘇祿人及當地土人已經全部被當成奴隸販賣給南下的各家宗藩，此刻人已經到了方丈，如何還能追回。
眼見得從華夏手中要不回這些同族，蘇祿人隻能将這個要求作爲籌碼，進而要求華夏方面以與身體等重的黃金來償贖被俘的将士。然而蘇祿人在馬拉維之戰勝利後肆意殺戮，使得最終僥幸生還下來的神策軍官兵不過二十來人，因此盡管蘇祿人要價不菲，但償贖金的總數實際也沒有多少---當然，沒有多少也要據理力争，于是經過華夏使團的争取，蘇祿人最終還是接受以等重的絲綢贖買神策軍官兵的報價，并又以三百匹絲綢的價格允許華夏方面派人到馬拉維尋找陣亡華夏籍武官的屍骸，就此了斷了雙方在“人”方面的問題。
鑒于蘇祿方面以勝利者自居，堅決不能答應賠償夏軍軍費，離京時并領受華夏朝廷強制要求的曾孝胥等人便提議以增開通商港口作爲彌補。對此，蘇祿方面雖然願意擴大本地香料、檀木、龍腦、樹脂、珍珠、海龜的出口，但對于華夏方面增開貿易港口的要求反應極其冷淡---這其實也可以理解，蘇祿人連桑切斯将軍城都想收回，又如何能答應夏軍在棉蘭老島上繼續興建新的據點呢？
于是問題又繞回了雙方的領土争議上---華夏方面很快拿出了西班牙人的交割文件，以證明自己的主張是合乎道理的，可惜蘇祿人卻認爲西班牙人也是侵略者，整個呂宋都是蘇祿人的，沒跟華夏要回呂宋本島已經是給面子了。
論是雞同鴨講，還是秀才遇到兵有理講不清，胡攪蠻纏的蘇祿人反正打定了主意，隻差沒公開宣揚“是我的就是我的，不是我的，說成是我的之後也是我的”說辭了，激得氣急敗壞的華夏使團随後主動中斷了雙方的談判，并派船送還了蘇祿使團。
十一月十九日，爲了給蘇祿方面施加壓力，曾孝胥以欽差大臣的命令調動夏軍水師第八艦隊所屬龍骧軍第十一師兵分兩路在巴蘭西島及棉蘭老島的三寶顔港登陸。得到南樞密院使麻英事先關照的龍骧軍第十一師第一旅随後以不可阻擋之勢橫掃了整個巴蘭西島，而在三寶顔登陸的該師第二旅也先後奪取了詩巫格、比塔、錫偶空等棉蘭老島東部地區。
十一月二十二日，退到宿霧島、萊特兩島休整的神策軍五個團也重返保和島、迪納加特島，對島上的蘇祿軍進行了新一輪的清理。
在夏軍的威脅下，被戳穿了勝利者畫皮的蘇祿方面隻能一方面把沿海人口、兵力再度向内陸山林地區轉移，另一方面再派使節前往夏軍營地，要求重啓談判。
十二月初九，馬港談判重開，雙方就未達成一緻的部分重新進行了商讨。
十二月十一日，蘇祿方面接受了華夏使團的意見，以放棄巴蘭西島、塔普爾群島、潘古昙蘭群島、塔威塔威群島、卡加延蘇祿島及保和海以北、萊特灣以西以北的米沙鄢群島爲代價，保留棉蘭老島、錫阿加奧島、甘米銀島、迪納加特島以及桑吉群島以北的薩蘭加尼群島、卡威沃群島、讷奴沙群島。
十二月十六日，在華夏同意放棄并拆毀桑切斯将軍城及将第八艦隊鎮守府遷往和樂島之後，蘇祿方面答應在三寶顔、格達巴都、達沃等三處開口通商，并同意華夏商賈在商港設立木栅欄和石頭倉庫用于保護貨物。
十二月十七日，正準備與蘇祿方面就朝貢達成一緻的華夏使團突然接到武昌快船送來的訓令，隻好将原定簽署的宗藩條約改爲通商條約。對于這突如其來的改變，蘇祿方面驚疑不定，雖然華夏使團解說是因爲蘇祿人的抗争，讓華夏朝廷給予特别優待，然而在環顧周邊，隻有蘇祿一家不是華夏藩屬的事實面前，蘇祿人不得不擔心華夏對其别有企圖。
不過别有企圖也好，另眼相看也罷，雙方的和平還是最終得以實現了---武成十八年十二月二十二日，華夏議和大臣曾孝胥與蘇祿使臣柯羅及蘇祿王子瑪剌遜分别代表兩個在馬（尼拉）港正式簽訂《夏蘇通商條約》。盡管這份條約的有效期隻有短短七年，但畢竟意味着從武成十六年開始就沸騰喧嚣的南洋海域終于暫時消停下來，從現在起，充滿希望的遠洋拓殖和和平貿易代替了槍炮聲、反抗聲成爲本地區的主流
在《夏蘇通商條約》簽訂後的幾年間，抽出手來進行遠洋探索的第八艦隊陸續發現了包括東一（帕勞）群島、東二（恩古盧）群島、東北（北馬裏亞納）群島在内的整個加羅林群島以及更加東面的馬紹爾群島；而主基地在安汶的第九艦隊也相繼發現了衣洲以東的瀛台（所羅門）群島、新長島（新喀裏多尼亞）、新東（新赫布裏底）群島、又東（斐濟）群島等一系列中太平洋群島，并最終發現了整個波利尼西亞群島。
但對于華夏來說，最重要的發現還是武成二十三年發現的失落的海外五仙山的最後兩島---岱輿、吳峤（新西蘭南島、北島）；另外在尾随新墨西哥副王領地派來貿易的大帆船過程中，迷航的華夏水師還意外的發現了整個太平洋航線中至關重要的中途島及其東南不遠處的鄰居夏威夷-火奴魯魯群島。[
這段不斷發現驚喜的日子，日後在中國曆史乃至世界曆史上有着濃重的一筆，史稱“華夏海上大發現時代”或“華夏人的大航海時代”，标志着華夏從此确立了在太平洋的霸權，進而使得未來的太平洋時代都屬于執掌世界牛耳的華夏帝國