鄭克臧深知到統治的基礎是經濟，所以在武定朝初步穩定了在江南、浙江、福建、廣東等地的統治後，他下令着手的第一件事便是清理土地和戶口。 當然，清理土地的目的并不是爲了效仿當年在東甯執行的無償授土政策，而是希望通過沒收“漢奸”家族的财産迅速積累起一大批直接掌握在明鄭政權下的官田。
這數量驚人的官田一共三個用途。第一，是供奉給鄭克臧作爲内廷直接經濟來源的王莊，日後鄭氏開國，皇子皇女的爵田當由其中撥付。因此數目幾乎占到了全部罰沒土地的一半，并且鄭克臧還不斷下令将大量的山林充爲王莊。
第二，是作爲世爵的封地。鄭克臧其實并不想在大陸範圍内實施分封，但是目前海外殖民都督府并不成氣候，若是僅直将功臣分封過去，那就不是褒獎而是流放了，故此他隻能妥協的給予世代傳承的永業田和永業林。又鑒于永業田和永業林是豁免田賦的，因此爲了避免國家稅收上的進一步損失，故而所有世爵的封地都不大，通常一位三等伯隻有田千畝、山林三千畝，地位最高的一等侯也不過田百頃、山林千頃。
除了上述兩部分的用途外，這批罰沒的官田還将繼續按東甯時期的政策分授給功民。所謂功民，自然就是指各個時期參加鄭軍的官兵，其中包括各個等級的顯爵。不過由于罰沒的大頭已經被鄭克臧自己拿走了，所以分配給這些功民的土地還包括官府原本掌握的荒地，這種荒地由于戰亂的原因，數目頗多，自是不虞分配。當然爲了體現功民與普通百姓的不同，鼓勵投軍，這些功民賜田在三十年内是免去田賦的。
由于鄭藩一開始就免去了口賦人頭稅，現在又大量流失田賦，所以鄭克臧隻能腦筋打在工商（鹽鐵）業上。爲此，他一方面以内廷親自經營缫絲、織布、冶鐵、瓷器、漆器、紙張、糖、酒等商品生産，另一方面爲了鼓勵民間發展工商業，鄭藩還采取了降低了稅率，取消境内所有的鈔關，撤銷江南三織造，默許大戶兼并，禁止官方和買等政策。
海貿和關稅收入更是明鄭政權維持現階段财政不破産的關鍵所在。
根據鄭克臧的指示，在廣東的廉州府劃歸廣西之後，沿海各省分别擁有欽州、廣州、廈門-泉州、甯波、松江五個主要對外的貿易口岸，溫州、興化、澎湖、雷州等地也對泰西客商開放。此外鄭克臧還開放了對日、朝的貿易，雖然專營權的失去使得内外藩庫因此蒙受了不小的損失，但卻促進了船隻的銷售和沿海經濟的進一步繁榮
武定四年二月，甯陽侯鄭明過世，臨死前，鄭明請求鄭克臧赦回避居日本的鄭智等人，對此，基業已經穩固的鄭克臧并沒有拒絕。但是意外的事情發生了，前往日本召回鄭智等人的使者并沒有把他們帶回來，來的反而是幕府的使臣。
鑒于鄭藩在日本廣泛銷售阿芙蓉，造成相當一批中、高級武士萎靡不振和大量金銀外流，幕府對此深惡痛絕。掌握幕政的柳澤吉保在斷然宣布禁絕煙館的同時下令沒收“唐船”所載的鴉片膏，不過鑒于中日貿易的重要性，日本不得不遣使來解釋這一問題。此外，日方還提及降低絲價以及償還到期借款等幾項關西豪商極度關切的問題。對此，鄭克臧盡管十分惱怒日方扣留鄭智等人的作法，但在清廷尚未服輸，中日貿易如火如荼的時候，也隻能生生隐忍了。随即，總理蕃洋列國事務衙門奉命展開了曠日持久的對日談判
康熙三十五年四月，在得到朝鮮資助的第一批十萬石稻米後，有了充足軍糧的清軍遂在多羅平郡王讷爾福的統領下，以二萬五千旗兵越過鴨綠江，經義州直撲平壤。朝軍猝不及防，接連失地，在短短半個多月的時間裏，勢如破竹的清軍已經打到了漢江畔。
此時的朝鮮方面已經慌亂一團，朝王李焞先是逃亡江華島，而後因爲覺得不甚保險，轉而逃亡慶州。留在漢城的議政府接連向清軍遣使求饒，但清軍置之不理，不得已，朝方隻能召集各路兵馬勤王。可是之前的大軍已經解散，在春季農忙的時候根本無法立刻召回，而各地守牧面對氣勢洶洶的清軍又底氣不足，因此勤王大軍遲遲不到。
眼見得清軍要渡過漢江，朝鮮方面忙不疊的派使趕往濟州島，希圖以徹底割讓濟州的代價換取鄭藩出兵。不過，使臣還在路上，清軍已經攻下了漢城，并在城内大肆奸*淫擄掠，将近百年來朝鮮王室官府的積蓄悉數掠往北京。
聽到清軍出兵朝鮮，擔心尚未完工的淮河防線防務的鄭克臧終于松了一口氣。
于是，鄭克臧便利用這個空檔期對現有的陸師體制再次做了微調。
根據新的體制，一個班爲十一人；一個隊爲三十五人；每個哨轄步铳隊兩個、白兵（擲彈兵）隊一個，另外還有一個火頭軍班，合計一百二十人；團一級這次也被壓縮爲隻轄三個哨和一個缁兵隊計四百二十五人；三個團及一個炮軍哨組成旅，每旅一千四百五十人；以這樣的三個旅并炮軍團、缁兵團、中壘團各一，中軍一部編組爲師，如此，每師差不多六千人。
對于野戰部隊來說，改編後的各師兵力有所增加，自然是好事，更加強了團（旅）對哨一級的指揮，有利于戰時的調度。而對于地方鎮戎部隊來說，多劃分了一個指揮層次，也便于其安排地方駐軍和就近調度。
除了進行了隊伍的整編外，鄭克臧還複員了至少三千名官階在正八品修武副尉以下的東甯老兵和同等數目的閩省兵，這些除役老兵将連同曆次戰役的傷殘者一起被作爲功民分配到浙閩贛粵及江淮、直隸各地充當鄭藩在地方上的中堅，以便鄭藩代明之後維系地方安定。
部隊調整當然需要時間，湖南等地的戰事卻沒有因此停止。爲了破壞敵方的經濟基礎，在四月間，洪拱柱、毛洪言兩部多次沿沅江、資水發動小規模的襲擾，同時進入洞庭湖和荊江段的鄭軍水師長江艦隊紅單船也屢屢威脅澧州。
迫于鄭軍切斷長江水運和闖入澧水後威脅，退居澧州的四格不得不繼續退過長江。正是由于四格的退兵，桑額部便陷入了孤立無援的境地，恰好此時貴州巡撫噶爾圖再度請求援兵入黔助剿反清義軍，于是桑額便從玉屏一線撤入黔境，由是，湖南落入鄭藩之手。
湖南雖然易手，但湘西、鄂西南的土司們尚未歸順，因此洪拱柱和毛洪言商定，以一部北上公安，控制荊南地區，與沙納海、四格所部隔着長江對峙，主力則沅、辰休整，以壓制苗彜各族，并窺視川東、黔北。
可毛洪言卻沒有想到，他在湘黔邊境上頓兵不前卻讓本來已經如火如荼的貴州義軍蒙受了極大的損失。從廣西調回的清軍連同桑格部在貴州大開殺戒，幾乎把整個貴州殺成了白地。被清軍暴*行震懾的各路義軍不得不撤向川東、川南，另有一部遁入滇省與當地義軍會師，還有一些則冒險翻越大山投向鄭軍
廣西的易手驚動了升龍的鄭主，已經直接跟明鄭方面接壤的鄭主忙不疊的派出使臣至南京朝觐。基于兩國統治者擁有同一個姓氏的原因，安南北朝很希望能夠得到鄭克臧的支持，以便鄭朝能統一整個安南。爲此，年紀足以成爲鄭克臧叔叔的定南王鄭根恬不知恥的在拜表上自稱侄兒，希圖以此博得鄭克臧的歡心。
對于鄭主的無恥，鄭克臧卻受之無愧，不過，區區稱謂上的便宜并不足以讓鄭克臧付出大代價支援對方。于是，遵奉鄭克臧旨意，總理蕃洋列國事務衙門向鄭主的使者提出了援助的兩個先決條件。第一個條件是割讓包括日後命名爲鴻基的海陽沿海地區，上述地區将直接并入廉州府内；第二的條件是鄭朝需要免去中國商人來安南北部貿易時強迫支付的每船一千兩的額外規費。而作爲對鄭主經濟上損失的彌補，明鄭政權可以用超低的價格向鄭主出售鳥铳、紅夷炮、虎蹲炮等火器及火藥等物資。
考慮到鄭軍水師在東北亞地區的絕對霸權，再加上明鄭方面又明确許諾可以在日後在鄭主發動對阮主的戰争中幫忙運輸鄭主軍隊繞過“長城”防線，因此代表鄭朝的使者覺得這樣的代價可以接受。這就樣，當年四月十一日，這位全權的鄭朝使者便在南京簽訂了《丙子藩屬條約》，由是，鄭克臧攫取了一塊巨大的寶藏。
其實《丙子條約》的意義還不單單在于到手了一處儲量驚人的煤礦，更重要的是鄭克臧由此獲得了幹預安南事務的權力，而且鄭根沒有意識到，正是因爲他對鄭克臧稱侄，使得鄭克臧擁有了幹涉鄭朝王位繼承并進而兼并鄭朝有了倫理上的基礎。
等搞定了鄭朝，朝鮮的局勢也發生了新的變化。并不想直接統治朝鮮的康熙在獲得了大筆金銀物資之後，終于同意讷爾福接見朝鮮使者。在朝鮮使者指天發誓，認賭服輸之後，清軍便以朝鮮原本每年歲貢黃金百兩、白銀千兩、白苎布二百匹、各色綿細二千匹、各色細麻布四百匹、各色細布萬疋、米萬包的基礎上将歲貢的數目加碼到黃金五百兩、白銀三萬兩、各色布匹五千疋、米二十萬石。已經是砧闆上的肉的朝鮮方面又如何拒絕得了，隻能同意買單，至此，（朝鮮方面所謂的）第二次“丙子胡亂”終于落幕。
第二次“丙子胡亂”的餘波還未平息，清軍尚未完全撤出朝鮮，一場大亂便在朝鮮拉開了帷幕。