1653年，衛拉特綽羅斯部洪台吉（注：台吉是蒙古首領的尊号之一）巴圖爾去世，繼之的僧格又在康熙九年（1670年）爲同父異母的兄弟所暗殺，巴圖爾的遺孀立刻派人前往拉薩，安排巴圖爾的幼子噶爾丹歸來繼位。
時年26歲的噶爾丹應母親的請求向第五世達*賴喇嘛羅桑嘉措和西藏第巴（注：執政官）桑結嘉措辭行，得到了兩人的許可，達*賴喇嘛還親自授予他“丹津博碩克圖”的頭銜，籍此噶爾丹回到家鄉後立刻繼位爲洪台吉。
噶爾丹繼位之後不斷要求衛拉特蒙古的其餘各部族歸順自己，并先後接納了杜爾伯特部的阿勒達爾台吉、和碩特部的丹津洪台吉、土爾扈特部的衮布台吉等人，引起來其他衛拉特部族的不滿。衛拉特蒙古盟主鄂齊爾圖車臣汗根據《喀爾喀-衛拉特法典》率部讨伐噶爾丹，但卻被噶爾丹擊敗，至此噶爾丹控制了衛拉特蒙古全境，并取消台吉、濟農（副王）、克什（太師）等舊有頭銜确立“宰桑”制度。
該制度規定汗國最高權力屬于汗廷，可汗身邊設立宰桑數名，幫助處理日常事務，凡大事均要禀明大汗。汗庭自上而下設立兀魯斯、鄂托克、愛馬克、四十戶、二十戶等單位，分别由諾顔、洪台吉、宰桑、愛馬克之長、德木其、舒楞額、主管人等大小官員管理，百姓訴訟由紮爾固沁負責，重大案件則由汗國大紮爾固沁裁斷。就這樣噶爾丹将全部權力控制在自己手中，從而完成了從部落聯盟到國家政權的過渡。康熙十七年，五世達*賴喇嘛向噶爾丹贈送了“博碩克圖汗”的稱号，一個新的準格爾帝國便由此誕生了。”
準格爾帝國肇建之後，噶爾丹繼續向外擴張，當年冬天便攻打了青海。青海的和碩特部聽到準格爾來攻，退入甘肅，由此驚動了清廷。甘肅守軍橫戈待枕，由于新生的準噶爾帝國羽翼未豐，噶爾丹明智的避免與清廷正面沖突，在出兵後半個月内便班師返回伊犁。
此後，噶爾丹在康熙十八年攻占了察合台汗後裔統治的哈密和吐魯番，又在康熙二十年攻占衛兀爾人控制的南疆，康熙二十二年又北上攻占了了安集延，康熙二十三年又征服了浩罕、那木幹、瑪爾噶朗、塔什幹，再過一年又攻占了布哈拉、撒馬爾罕，其帝國邊境一直擴展到了裏海西岸的廣大地區。
噶爾丹在向西發展的同時并沒有忘記當年避戰的恥辱，時時刻刻關注着東方的局勢。此時新任劄薩克圖汗成衮與土謝圖汗察珲多爾濟發生沖突，因爲清廷和達*賴方面的調解都宣告無效，不得不與準格爾帝國結盟。
爲了不讓喀爾喀蒙古分裂，不讓準格爾人從喀爾喀蒙古的分裂中獲得好處，康熙除了向喀爾喀蒙古各劄薩克（注：蒙語執政官，清代每旗設一人，位在汗、親王、郡王、貝勒、貝子之下，可通稱爲王爺）派出使臣外，還邀請五世達*賴派出使者參與調解喀爾喀蒙古内亂。但清廷所不知道的是，早在康熙二十一年（1682年）二月二十五日，五世達*賴就在拉薩布達拉宮突然去世，但第巴桑結嘉措決定密不發喪，對外宣布達*賴喇嘛長期入定，除第巴之外不見其他任何人，但對外的信件、公告和文件依舊以達*賴的名字簽署。
康熙二十六年十一月，“達*賴喇嘛”的使者出席了在外蒙三音諾顔部的庫倫伯勒齊爾舉行的會盟，參加這次會盟的有除土謝圖汗以外的喀爾喀蒙古的全部七個劄薩克王公以及各部的台吉、活佛和清廷理藩院的使臣。
庫倫伯勒齊爾會盟非但沒有成功，反而發生了一件禮儀上的大事：由于清廷理藩院尚阿爾尼爲了擡高身爲土謝圖汗之弟的哲布尊丹巴活佛的地位，讓他與達*賴的使者額爾德尼達*賴西勒圖活佛并坐一席。
這個失禮的舉措立刻成爲了噶爾丹最好的即可，他不但緻信責問清廷，同時又緻信譴責哲布尊丹巴，随後又與劄薩克圖汗再次發誓結盟。做好了這些準備，噶爾丹又将主力部隊從阿爾泰山南麓移動到毗鄰喀爾喀蒙古的科布多地方，同時又向喀爾喀蒙古左翼各部派出了一千多名喇嘛，以“佛事活動”的名義收集情報，一場漠北大戰即将拉開了序幕。
“察珲多爾濟真是個渾球。”南房裏康熙當着寵臣明珠的面咒罵着土謝圖汗。“成事不足敗事有餘，幹掉了衮布也就是算了，還居然去聯絡噶爾丹的幼弟多爾濟紮布，這不是往火上澆油嗎？噶爾丹正愁找不到借口呢，這家夥倒好，生生送上一個。”
由于索額圖已經去了尼布楚跟俄羅斯人商定東北邊疆線，因此明珠此刻已經真正成了一人之下萬人之上的存在，然而這位熙朝第一寵臣卻不敢直視這位聖君的失态，隻是以低着頭看着自己的官靴的舉動做着隐晦的勸誡。
康熙當然是個聰明絕頂的皇帝，見到明珠的樣子就知道自己露底了，好在他此刻已經把該發洩的發洩了，所以便一屁股坐回椅子上，然後才當什麽事都沒有發生過一樣探問着明珠：“卿家以爲此事該如何處置？”
“如今康親王正準備在東南用兵，國中之用浩大，朝廷并無餘力幹涉漠北戰事，不如先勸察珲多爾濟退兵以緩和噶爾丹的怒氣。”明珠這才擡頭回應道。“臣以爲等消滅了海逆，再回過頭來教訓噶爾丹不遲。”
“蒙古向來前明大患，本朝要是收結了漠南蒙古以後才得以順利入主中原。”面對旗下奴才的明珠，康熙的話說得很直接，絲毫沒有爲祖宗隐諱的意思。“萬一坐視準格爾坐大，焉不知其會成爲朕的林丹汗。”
林丹汗是忽必烈系黃金家族的最後一任蒙古大漢，曾經在努爾哈赤和皇太極兩代跟清廷的前身後金政權做對，其子察哈爾親王阿布奈的兩個兒子布爾尼和羅布藏更是在三藩之亂時在察哈爾舉旗反清，虧得有老将圖海在，否則清廷就完了，以這個禁忌的名字做比喻，可見康熙對噶爾丹的深切忌憚。
“臣以爲噶爾丹不如林丹汗。”明珠開解着。“林丹汗雖然狂傲無能，但畢竟是蒙古共主，四下部族甘願供奉遂能使其屢敗屢戰。”明珠頓了頓。“噶爾丹雖能征慣戰風頭一時無兩，然四下鲸吞，蒙古各部忌憚的大有人在，若我大清起兵讨伐，即便無人景從，可蒙古各部也絕無投靠噶爾丹的。臣以爲，執此一項，我大清便穩操勝券。”
“這話有些道理，但草原上向來以強者爲尊。”康熙點頭對明珠的說法表示認同，但認同歸認同，語氣上有些猶豫。“若是任由準格爾擊敗土謝圖汗的話，萬一”
明珠會意的提議着：“臣以爲，是不是可以請達*賴喇嘛約束噶爾丹的行動。”
“善。”康熙同意了，但他并不知道正是“達*賴”方面的挑唆才使這場大戰愈演愈烈！
看到康熙作出了決定，明珠小心翼翼的探問道：“皇上，那東南主帥的人選？”
“萬正色又想撂挑子，這個混賬東西。”再次提到東南。康熙的臉色充滿了憤怒。“他以爲朕離了張屠戶便隻能吃帶毛豬了嗎？”
“皇上，萬正色是國朝屈指可數的水師名将，上次他不看好施琅，果然應證了”
明珠的話還沒有說完，康熙暴怒的一掌拍到禦案上：“不要跟朕再提施琅。”
明珠一激靈，當即不言語了，就見康熙眯着眼珠想了想：“萬正色覺得人船多了不好分功，這樣，着傅魁率部自南澳和銅山進擊澎湖，讓萬正色率部從金廈出擊，至于浙江方面，可從海壇出兵，各路水師齊頭并進，孤且看海逆如何抵擋。”
明珠眼珠一轉立刻拍案叫絕起來：“皇上的主意好，如此一來，各軍分功變成了各軍搶功，由不得一幹臣工不刻心盡力。”
“畢竟都是漢人，比不得國族忠心的，也隻好依次激勵了。”康熙淡淡的說着。“朕還要加一把火，傳朕的意思，告訴他們，這一次若是能底定東甯，功績最著者朕不吝公爵之賞。”
原來指望施琅平定台灣時指了一個侯爵的賞賜，如今賞格開到了公爵，想來必定會讓萬正色等人雙眼猩紅的，對此，明珠簡單的回應道：“喳！奴才這就去辦”