永曆三十八年二月中，鄭克臧向各方番社下達了版籍歸一的政令，從當年的夏稅征收日起，各社不再歸屬與承宣司直屬，而将在劃清地界之後，成爲各州縣、安撫司治下的自治村落，除了社首可由各社自行産生外，其餘包括警察權、審判權等一律收歸明鄭地方政權所有，社番不得擁有包括火器、弓箭在内的各種武器，其安全有各地汛兵及警察保障。另外劃界之後的各社不準超越界線從事開墾、伐木、攔壩等活動，社内土地也要按漢民的同等出産水平繳納田賦，應承擔的勞役也将按戶而不是之前的社來規劃，年幼的社番也被統一要求進入蒙學就讀，爲此各戶還要支付蒙學的束脩。
這樣一來，對于生産力低下的社番而言，等于是變本加厲的盤剝，爲此，幾百家社番紛紛派出社首等向明鄭方面請願要求廢止二月的诏令，明鄭各級官員也對短時間内再興大戰心存疑慮紛紛建言慎重其事，但未料鄭克臧卻顯得十分強硬，受到鄭克臧态度的影響，顧同山也不得不表示出與主君一緻的立場。
“主上說了生還是死，或者是更悲慘的爲奴爲婢，一切都在各位的選擇當中”
三月中，請願未果的各地社番開始先後叛亂，這場叛亂規模遠比永曆三十六年的那一次更大，面對處處有警的形勢，鄭克臧當即大開殺戒。尚未完全整編好的各師奉命輪流出擊，在一個月的時間内徹底剿滅了二十一個社，逼迫另外三十三個社向玉山山脈深處搬遷，此外還有一百零五個社在青壯大量被殺後被迫再度臣服，在受到縮減了社區的處分後勉強保留了下來，隻有二百四十七個社或攝于鄭軍的武力或漢化程度較高的原因未做反亂才得以保全。經此一變鄭克臧不但徹底将台灣西岸平原地帶的平埔社番納入王化，而且還從平埔番手中奪取了近四千五百甲的熟田，相比四百餘人的傷亡可謂收獲頗豐。
就在社番哀鴻遍野之時，英圭黎商館悄然複館，鄭克臧以歸還飛霆号爲代價，從英圭黎人手中接受了三千名黑奴的補償，待這批免費的黑奴及部分曾在甘蔗園内勞動的黑奴編入各師之後，鄭克臧批準原昆侖标中班長、沖鋒官以下四百名傷殘及一部分有功的奴軍除役，并慷慨的授予其金蘭灣附近土地。
四月末，鄭克臧又以遷往南北兩路的近萬戶罪民屯民以及千餘抽調充任牌長甲首保正的家庭爲基礎在濁水溪以北設立彰化縣、在打狗溪以東南路安撫司舊地設立屏東縣，并降天興和萬年兩州爲縣，至此東甯一共擁有六縣二安撫司
“呂宋夷承諾将徹底放棄對東甯全島及澎湖、琉球等地的領土要求，同意協助本藩駐馬尼拉港商館征召漢民回屯台灣，而本藩隻要答應他們在北汕尾島開設商館，享受跟英國人同樣的待遇，并且幫助他們在朝鮮和長崎銷售貨物。”徐青當着鄭克臧和政事堂的參政、參議們侃侃而談，仿佛這一切都是由他而不是邊上低頭不語的應太農一手主導的。“呂宋夷每年從墨西哥運來數船金銀，可是如今大陸實施海禁，朝鮮根本不與夷種交易，日本市場又隻能通過薩摩口高價出售少量日本商品，以至于呂宋夷隻能被迫向佛郎機人、荷蘭人乃至英國人高價購買東方商品，此番能夠跟本藩達成互設商館、開展正常貿易的協議，對其可謂有利，而本藩即能從呂宋夷手中獲得金銀又能從呂宋回遷人口，也有兩宗大利，因此本司希望能夠主上批準，以便雙方換文落實條約。”
“幫呂宋夷在朝鮮和長崎銷售商品？本官沒有聽錯？”參政柯平冷冷的發問道。“聽起來本藩好像得了轉口的利益，可是我怎麽從來沒有聽說過呂宋夷有好東西出賣呢？”
“柯大人記錯了，呂宋夷有地球儀、西洋琴和夷教經，對了對了，還有自鳴鍾、金平糖。”楊英因爲表現堅貞而得了參議的彩頭，不過升了官的他一樣不受鄭克臧的見待，因此每日裏辦事并不熱切，插科打诨倒是日漸功力。“或許說不準還有其他什麽好東西呢。”
“金雞納霜！”鄭克臧突然插嘴補充着。“這個能防瘧疾，是定好的東西，另外可可和可可做的巧克力也是好東西，日後在北方行軍用得着的。”幾名大臣聽得目瞪口呆，他們根本不知道鄭克臧嘴裏冒出來的東西是什麽，就連徐青也一臉的茫然，倒是應太農依舊不動聲色，以至于徐青誤會了是應太農越過自己向鄭克臧彙報的，所以看向他的眼光也充斥着一絲惱怒。“洪卿，你有什麽看法？”鄭克臧卻不做解釋，反而向參政參議們發問到。“鄭卿也說說看，你可是賓客司的老前輩。”
鄭斌有些哭笑不得：“主上，賓客司跟通商司可不是一回事啊。”
鄭克臧卻不以爲意的笑了笑，于是鄭斌隻好明說：“臣對這些事不太清楚，也沒什麽意見，還是聽聽洪大人的意見好了。”
“昔年國姓爺曾以呂宋夷屢屢殺戮我漢民而欲興師讨伐，先王在世時也有兩度議征呂宋，就連王上當年也有取呂宋爲狡兔三窟之說，不知道今日主上又爲何與改弦更張。”洪磊作爲事實上的首相對通商司跟西班牙的談判大加批駁着，甚至把話引到了鄭成功、鄭經以及鄭克臧的身上。“遙想數萬百姓死于呂宋夷之手，徐大人卻要跟其通商，本官不說你其心可誅，但徐大人你日後又以什麽面目去見國姓爺和先王！”
徐青面如豬肝之色，憋了半天才來了一句此一時彼一時，但洪磊卻針鋒相對着：“什麽叫此一時彼一時，當面本藩起兵抗清是爲了鞑虜侵我中華毀握衣冠，而克定東甯是因爲荷蘭人殺戮我百姓商民，這些都是本藩名留青史的豐功偉績，要按徐大人的意思，日後留在史冊上的就是對主上的罵名了。”
“洪大人說得對。”柯平也贊同着。“财物不足可以另想辦法，與虎謀皮斷然不行。”
楊英知道名義上鄭西談判都是徐青的主意，可實際上這是鄭克臧的意思，就連操辦的也是鄭克臧的親信應太農，所以借着洪磊和柯平的反對也跳出來搗亂：“發兵攻打呂宋倒是好主意，但跟呂宋夷握手言歡，絕不可行！”
能打下呂宋固然是好，畢竟那裏有金礦、鐵礦和紅土鎳礦，但明鄭目前有這個實力嗎？沒有實力卻不退縮，這難道是天朝上國的好習慣嗎？鄭克臧不禁皺起了眉頭，他實在沒有想到政事堂的反對聲音這麽高漲，除了基本上是打醬油的鄭斌以外，其餘三人可謂意見一緻。
“幾位大人，跟呂宋夷談判固然是爲了他們的錢，可也有助于把呂宋島上的漢民完整的救回來。”徐青啞口無言了，但鄭克臧卻似乎等着人幫腔，因此應太農不得不從幕後跳了出來。“更可以籍此充實本藩的人力，如此明顯的好處，幾位大人不可不加以考量啊。”
談到人的問題柯平不說話了，洪磊面有不甘，但也陷入了思索，隻有楊英爲了反對而反對着：“應大人此言，仆不同意，你怎麽就能保證呂宋夷跟本藩簽這個條約不是圈套，萬一當地的百姓相信了，卻被呂宋夷趁機屠殺，你的罪過就大了！”
“楊大人這話有道理，但大人也不能确定對方就一定是圈套？”應太農毫不以對方的官品地位高于自己而卑躬屈膝，反而針鋒相對的用最尖銳的語氣表明了自己的态度。“難道楊大人能掐指一算就算出前因後果來？還是楊大人以爲一個莫須有就可能自圓其說的？”
“你！放肆！”楊英一聽應太農把自己比作秦桧，頓時勃然大怒，轉身用手指着應太農。“你區區一介卑官竟敢用這樣語氣跟本官說話，你這個幸進之徒也太過猖狂了！”
“好了，楊大人！”洪磊眉毛一彈，幸進之徒，這個話打擊面太廣了，幾乎把整個童子軍系統出身的文臣武将都一打盡了，因此他不得不出面喝住這位同僚，以免他成爲衆矢之的。“應大人從前不是在軍中就是在敵後，自然不知道朝堂的規矩，語氣激烈點也可以理解，再說了，主上還在上座，你這是要置主上于何地。”
“幸進之徒？”但洪磊這話已經晚了，就見鄭克臧似笑非笑的看着楊英。“楊卿啊，孤記得楊傑如今也是正六品承信校尉銜的哨官了，你這麽一說，讓别人知道了，還以爲他是借着你的力才到了今天，這不好，不公平，他也是付出不少血汗的。”
楊英像吞了大便一樣難受，但此刻鄭克臧卻不想聽他的解釋，隻是沖着徐青、應太農吩咐道：“徐卿、應卿，洪卿他們考慮的甚至，呂宋夷多有背信棄義之舉，所以不可輕信，這件事你們回去再好好權衡一下利弊。”
鄭克臧看着有些失望的兩人，微微一笑，提點道：“說起來不想讓英圭黎人在東甯一枝獨大，其實也未必一定要拉上呂宋夷，同安不是有法蘭西夷和什麽丹麥夷、瑞典夷出沒嗎？或許派人跟他們談談，也是一種以夷制夷的法子。”
“是！”徐青和應太農應着。
“那就這樣，”鄭克臧示意兩人退下，等他們離開了，鄭克臧向洪磊探問道。“上次寶泉司提議機制新币的事，政事堂是怎麽議的”