施琅入鹿耳門之時尚有各種船隻五百五十三艘，如今幾近損失了四分之一。
“陣亡總兵官陳昌、副将黃昌、蔣懋勳，參将許克濟、羅士鉁、陳遠緻、謝英，遊擊何應元、方鳳、陳義、朱春以下将官二十九員、其餘官弁目兵四千二百二十六員、傷者有參将羅易以下二千五百七十一員”
傷亡這麽慘重的原因主要是外圍戰船被鄭軍的火攻小劃子突破之後，内圈艚船上的清軍陸師在火起之後紛紛選擇跳水逃避，結果不識水性的清軍燒死、燒傷的不過一千餘人，其餘的皆是溺斃在内海之中。
“損失一千五百斤大佛郎機炮一門、三百斤虎蹲炮一百四十七門，戰馬及馱馬二百五十六匹，鳥铳、铠甲、刀槍、火藥等不可估算，另有”
面對慘痛的傷亡數字和極大的物資損失，施琅雖不動聲色，但他手下那些總兵、副将們卻未免有了一些其他的想法。
要知道，當初攻打澎湖時施琅帶來的清軍約有三萬，海戰中傷亡了八千多，盡管又俘獲和接收了一萬左右的鄭軍，但施琅對他們信不過，隻是選取了中的八千人作爲補充，此後因爲鄭克臧不願投降施琅便又從銅山和思明運來三萬人的部隊，其中一萬清軍及二千鄭軍俘虜留守澎湖，跟着施琅一起攻打東甯的約有五萬。這五萬之衆當中陸師約占六成有三萬之數，水兵不過兩成計兩萬人。
抵達東甯之後，清軍先是在北汕尾島上損失了八百多人，久攻不下之後留下二千餘人圍困童子軍炮壘；其後，在突破南航道時，前後又折損了包括一艘大炮船在内的十七條戰船一千餘人，至此清軍隻剩下四萬六千餘人，如今又有幾近七千人的傷亡，等于說前後清軍已經有超過五分之一的人馬不能參與主力決戰了。
在這個時代，通常一支部隊損失超過五分之一時就已經接近崩潰的邊緣了，然而更讓一衆清軍将官揪心的是此刻前進不能後退無路，總不見得讓四萬多人就這麽在海上飄蕩着等待食糧和飲水用盡的那一刻？
也許是覺得現場的氣氛太過壓抑了，施琅清了清喉嚨，向坐在一旁的海壇鎮總兵林賢探問道：“海壇鎮，炮船隊可曾破壞了海逆設置的海底阻攔？”
林賢面色沮喪的報告着：“回施軍門的話，炮船火炮置于船頭，遠高出水線甚多，船上大炮又動辄數千斤，根本不能以人力移去直接瞄準海底水泥樁，所以發射炮彈多數失的，即便有一兩枚偶爾命中的，也因海水阻隔而效力大減，所以整整一個時辰，也未能打斷了其中的一根，實有愧軍門重托。”
施琅臉色一黯，然而他還沒有繼續說話，邊上的随征都督陳蟒站起來抱拳說到道：“施軍門，海逆詭計多端，先以水泥鐵索阻攔，又施火船，緻使官軍局促内海一隅動彈不得，卑職擔心，及我而言此處海面甚爲陌生，一旦天色将晚，海逆會不會再行偷襲？”
陳蟒的話讓所有人背上升起了寒意，是的，盡管現在才午時，可一旦耽擱下去，别的不說，人家借着夜色再給你來一次火攻或是派遣些水鬼鑿船，那該如何是好？
所以廈門鎮總兵楊嘉瑞當即重提之前林賢的建議：“施軍門，還是讓兒郎們上岸。”
“對，上岸。”金門鎮總兵陳龍也跟着附和着。“海逆固然在岸邊以逸待勞，但據之前所報，其多爲老弱充數，能戰之兵甚少，而官軍如今尚有幾近四萬之衆，想來隻要上了陸上，必讓海逆知道官軍的厲害。”
林賢進一步建議道：“其實施大人若怕鄭逆半渡相擊，可行聲東擊西之策惑之。”
三個實職總兵你一句我一句說個沒停，施琅臉上盡管不動聲色，但心中已然是翻江倒海了。這些聽起來是爲了解決當前困居而作出的進言，其實質卻可能是對他接連幾番決策失誤的質疑聲，錯非施琅手上還有康熙授予的專征之權，恐怕這些桀骜不遜的部下們就要按捺不住、反客爲主了。
“諸位大人說得很有見地。”施琅想了想，他雖然可以強壓住幾人的建議，但卻無法改變當前的局面，因此也隻能順水推舟的予以采納。“看來如今不上陸是不行了，”不過登陸地域狹窄，爲了不被早有準備的鄭軍壓制在灘頭，所以施琅先故布疑陣。“陳總兵，你率船四十隻于鹽水溪一帶佯動，林大人，你亦率船四十隻于曾文溪口佯動。”兩人領命而去。“楊大人，你率大小炮船先行炮擊西港及大排，其餘各艦聽候号令”
震耳欲聾的炮聲重新響了起來，數十斤的炮彈帶着硝煙飛過裏許的海面，重重的砸在地上，頓時屋倒牆摧，好在，沿海的百姓在鄭克臧率軍抵達之際就被安置到其他地區，否則在清軍沒有準頭的炮擊下，死傷是在所難免的。
“有八百多清軍在曾文溪口登岸”
“世孫，剛剛查知有千餘清軍在鹽水溪一帶上岸”
“世孫，清軍炮船轉向西港”
“慌什麽！”各種信息紛至沓來，隻讓鄭克臧覺得頭大如鬥，于是斷喝一聲，恰好讓有些騷動的童子軍參軍事們安定下來。“八百、一千都不要管他，盯緊了施琅的主力，另外再催一催洪拱柱，讓他至少先把右武衛調上來”
未時一刻，大隊清軍艦船終于行動了，不出所料還是分頭行動。大隊的清軍在已上陸的部分清軍的指引下分别自西港、大排及曾文溪之間搶灘上岸，情況已經非常清楚了，盡管分頭上岸會造成清軍兵力分散，但施琅卻可以利用鄭軍兵力不足，以一部拖住鄭軍主力，從而造成反包圍的事态，反之，若鄭軍也分散兵力，那就即不能阻止清軍上岸，又會陷入各自爲戰的境地，對此鄭克臧又該如何應對呢？
自思明撤回台灣之後，鄭軍陸師在童子軍系統之外共有五衛、十四鎮，其中何佑率五常、五通兩鎮在淡水動向不明，吳淑率戎旗第二鎮、戎旗第四鎮、五宣鎮、右虎衛鎮在鹿港、秀水等地爲*清軍所牽制無法立刻南下，洪拱柱率建威鎮、建威右鎮、宣毅鎮、右武衛鎮原在倒風内海各港設防，如今正急急收攏趕回參戰，而留在鄭克臧身邊的隻有王進功的左虎衛、張學堯左武衛鎮以及建威左鎮、戎旗鎮、戎旗第三鎮、壁宿鎮、五沖鎮、勇衛軍第二鎮，再加上由童子軍及銮儀衛兩部。
雖說看起來番号頗多，但銮儀衛有九百多人留守安平城、童子軍有二百人在北汕尾島，另外在内海上遊弋巡防的五十條商船、民船雖然用的是原水師的老兵操縱，但一百五十個臨時炮組卻也已經将除昆侖第二标和鎮屬騎隊以外的童子軍第二鎮抽調一空了，再加上鄭克臧又将壁宿鎮八百多人留在承天府和萬年州維持治安，匆匆編入地方汛兵和老兵的其餘五鎮的戰力也無從保證，所以留給鄭克臧決斷的餘地并不算多。
“着張學堯率左武衛及建威左鎮四千人直取鹽水溪之敵；”鄭克臧猶豫了整整一炷香時間才終于作出了決斷。“着王進功率左虎衛鎮并戎旗第三鎮四千人攻打曾文溪，何乾領銮儀衛兩标及第二鎮昆侖标并戎旗鎮三千九百人阻斷大排之敵，曾儀領勇衛軍第二鎮并五沖鎮四千人攻取西港之敵，毛洪言領童子軍第一鎮充孤的護衛”
鄭克臧的調度是按就近原則調度的，不過他手下的部隊有強有弱，這種戰力差自然也反應到了具體的戰鬥當中。其中裝備有鹿铳、鳥铳及瘊子甲的銮儀衛很快就将大排之敵打得落花流水；但同樣裝備了一部分瘊子甲的左虎衛、左武衛兩部卻因爲鄭克臧之前的肅清而元氣大傷，殲敵不能但也勉強把當面的清軍擋住；勇衛軍第二鎮鎮将曾儀是陳永華手下的老人，因此得到鄭克臧的信任，但此人有心殺敵卻無力回天，好不容易把登陸西港的清軍殺得節節敗退，卻在逼入港區後遭到施琅不分青紅皂白的炮擊，曾儀當場戰死，于是這一路便就此崩潰了
之所以會出現這樣參差不齊的戰況是因爲狡猾的施琅還留了一手，他的布置不僅僅是分兵上陸這麽簡單，各路上岸的清軍的兵力其實各有參差。譬如王進功和張學堯，一個在曾文溪遇到的是五千五百清軍，另一個在鹽水溪則碰到的是五千敵人，何乾卻是碰到了個軟柿子，在大排登陸的清軍是牽制部隊，總數不過三千五百，這也是爲什麽他能勢如破竹的原因。
至于西港之敵卻是清軍主力，除卻駕駛船隻看管大炮、戰船及傷兵的水師三千人以外，其餘二萬二千清軍悉數在此上岸，所以勇衛軍第二鎮、五沖鎮即便不被炮火驅散其勝利也将是昙花一現。
“天怎麽還沒有黑。”鄭克臧收到戰報後擡了擡頭發出一聲莫名的感歎，随即下達了指令。“着何乾留下昆侖第二标肅清殘敵，其餘火速趕往鹽水溪，協助張學堯，等擊潰鹽水溪方面之敵後，何即率本部及建威左鎮立刻返轉支援本隊，張率左虎衛鎮增援王進功部，務必及早肅清當面之敵，然後馳援本隊。”說罷，鄭克臧站了起來。“毛洪言，”邊上的第一鎮副鎮統俯身聽命着。“孤跟你一起去會會施琅，看看他陸戰如何？”
“世孫，萬萬不可啊，據各地探報來看，西港之敵乃是敵軍主力，少說也有兩三萬兵馬，就算沒有三萬，也有兩萬，第一鎮及銮儀衛騎軍營相加卻不過二千六百人。”毛洪言當即勸阻道。“敵至少八倍與我，臣雖可以豁出命來抵禦，但世孫乃本藩上下所系，有道是千金之子不坐垂堂，臣懇請世孫不可冒險呢。”
“難道看着童子軍去死？”鄭克臧此舉當然不是爲了逞能、爲了突出個人英雄主義，實則在他清醒的認識到，要是前方敗了，他在後方肯定也不安全，還不如冒險跟着上前線或許能以最高統帥的身份給第一鎮提供部分加成，而且他權衡過，無敵統帥的形象可以讓他壓制住剩餘的那些鄭軍元老，既然有這樣雙重的好處，他又怎麽可能不試着搏一把呢，當然他話不能這麽說。“孤跟他們說的是同生共死，而不是眼睜睜的看着他們犧牲，此事不必再勸了。”鄭克臧拍了拍毛洪言的肩膀。“孤信得過你的忠心，更信得過童子軍的戰力。”
鄭克臧一向獨斷慣了，毛洪言說什麽也攔不住他，但這個消息傳出去之後，童子軍第一鎮的士氣果然高漲起來：“軍心可用。”
鄭克臧如是評價着，當然他也留好了後手：“再派人去催洪拱柱，命令他務必在申時三刻之前趕到西港，若是屆時不至，就讓他替孤和夫人收屍好了”