其實，對于真理教打擊最嚴重的并不是自衛隊大規模的反攻和圍剿，而是教衆信仰的破裂。由于奧姆真理教的“真神”麻原彰晃号稱埃博拉病毒是滅世的征兆，末世已經來臨，隻有信仰他才能夠得救。可現如今，不信仰他而且唾棄他的日本當局已經獲得了解救病毒的方法，現在不需要信仰他就能得救，而日本當局總之還是讓大部分日本人感覺到安全和正常的，但動辄人道毀滅，用沙林毒氣屠城的奧姆真理教，在人們反應過來後，怎麽看都像是恐怖組織。
失去了信仰的奧姆真理教不斷出現了教衆反水，将重要的地方教會組織所在地和幹部名單上交政府的情況。這使得基層的奧姆真理教組織遭到了重要打擊，甚至還出現了應該算是最忠誠的真理軍士兵主動投敵，并且充當帶路黨，清繳真理軍城市遊擊隊的情況。
這樣的情況持續了近一個月後，真理教再度遭遇了重大打擊——真理軍實際的最高軍事指揮官青木元不知所蹤。外界推測他是看出了奧姆真理教的窮途末路，不願爲奧姆真理教陪葬所以才逃走了。考慮到這個“名将”埋葬了上千名自衛隊士兵的性命，就算他投靠自衛隊，自衛隊也不可能善罷甘休。
随後這個名字變得特别有傳奇色彩，傳言日本自衛隊重金懸賞想要抓捕青木元，讓他付出代價；也有人說自衛隊求賢若渴，希望冰釋前嫌，邀請這位軍事頭腦和天賦過人的将才加入自衛隊；還有人說青木元早已逃離日本，去到了巴布亞新幾内亞，加入了一個用并組織，繼續着他的傳奇。
不管怎樣，青木元的消失，使得本來就算不上精銳的真理軍不僅群龍無首而大亂，而且失去了統一的指揮，各個真理軍分支在得不到有效支援的幫助下，最終被各個擊破，甚至直接向自衛隊繳械投降。
首相細川護熙也打出了“國家和解”的旗号，号稱隻要向政府和自衛隊投降，一切罪責既往不咎，爲的就是盡快平息這場持續一年時間的****，讓日本從壓抑和消沉中快速恢複正常。
這位頂住了辭職壓力，甚至不惜用戰時手段強硬解散國會，并且專斷獨行，雖然飽受非議，但是不能不說他的種種行動還是真的有利于日本的。可随着真理教瀕臨覆滅，日本上下絕對不能夠容許這樣一個首相繼續擔任下去，甚至還有一些人認爲細川護熙是對整場危機富有重大責任的，不僅無功，而且要追責。而細川護熙也确實犯了一些錯誤，屁股上不幹淨，爲反對派将他放倒提供了口實。
真理教叛亂的餘波直到1995年年中才算是徹底平靜，正常變亂之中，由于病毒和戰亂先後死亡的日本人，近三十萬人，在這樣一個現代國家幾乎是難以想象的事情。且不論造成的人員傷亡，真理軍故意地破壞日本各大主要城市的設施，對于城市經濟圈造成了重大破壞。在這一年的時間中，日本經濟别說增長，甚至還大傷元氣，硬件上的損傷總有一天還會建好，但由于長達一年時間日本産品無法出口國外，導緻了如中國、南洋、朝鮮等國的商品迅速奪占了日本産品原來取得的高地。
由于埃博拉病毒的緣故，美國并沒有對日本進行多麽大的支持，雖然這并不是不能理解的，但日美同盟關系還是因此受到了一些影響。日本遭受這場危機所丢失的還不僅僅是經濟、人口和信任等，東海之珠的釣魚島列嶼也被中國收回，雖然那裏無法興建大規模的軍事基地。但是中國以援助日本爲名在那裏搞了簡易的無人機基地，在那裏起飛的無人機可以探查到琉球甚至日本本土的軍事情報，日本在西太平洋地區的整個防守态勢都嚴重惡化了。
這同樣是美國十分憂慮的一方面，于是在日本結束其****之後，美國私下裏向日本表示，會對日本的國家正常化，以及軍事能力增強，進行必要的支持和增援。這讓很多日本的右翼勢力十分振奮，似乎借助中國不斷前出海洋而造成的“對世界和平的威脅”的大環境，日本終于可以慢慢地從二戰後那個被閹割的國家，慢慢轉正成正常化的國家了。
中國海軍的力量不斷提高着，在1995年初公布的國防白皮書中，中國海軍的完整艦隊編制也第一次呈現在了世界面前，引起全世界的大嘩。中國擁有7艘航空母艦，其中4艘002型核動力航母，2艘001型航母，1艘烏裏揚諾夫斯克級核動力航母；8艘075型兩栖攻擊艦，12艘船塢登陸艦；30艘055型神盾巡洋艦，8艘052A驅逐艦，52艘052D神盾驅逐艦；16艘054A護衛艦，24艘054B護衛艦，60艘056型輕型護衛艦；16艘戰略核潛艇，包括4艘094和12艘096，30艘戰略核潛艇，40艘常規動力潛艇。（武庫艦仍沒有披露）
可能在絕對數量上中國海軍仍差美軍一籌，但是從艦艇質量上來說，美國海軍自己都不得不擦一把冷汗，因爲中國攢出的規模如斯的艦隊，基本都是八十年代以後的新艦艇，而且其中綜合戰鬥能力強大的神盾艦總數超過了一百艘（054B可以用作小神盾）。而美國擁有神盾艦的數量僅有這個數字的不到一半。
再說中國的潛艇，一直被認爲是世界上最緻命的海軍武器之一。中國生産的AIP潛艇也被若幹海軍大國争搶。美國當時評估認爲在近海地區活動的中國AIP潛艇作戰效能不遜于美國的核潛艇，甚至在靜音能力上比洛杉矶級之流也強一些。
而中國建造的核潛艇，一直是美國等西方國家看不穿又很想了解的武器。此前美國一直弄不清楚中國到底有多少艘戰略導彈核潛艇，有人猜不超過五艘，有人猜至少有十艘，不靠譜地猜二十艘的也有不少。現在公布了16艘，雖然并不怎麽意外，但仍舊讓美國人審慎擔憂。這些核潛艇技術水平如何，他們不得而知。曾經在中英沖突時，發射一枚裝有核彈頭的巨浪-2導彈的094，美國人就認爲已經是相當有威脅的武器了，即便是094不前出大洋，隻在邊緣海活動，就足以威脅美國的阿拉斯加、夏威夷、關島等重地，更何況中國潛艇似乎熱衷于在世界上任何一片海洋活動，這兩年美軍潛艇偶遇中國潛艇屢見不鮮。
而096型潛艇除了有少數照片證實這種潛艇的存在，具體技術細節美國人更是兩眼一抹黑。大體知道的事情有，這型核潛艇堪比美國的俄亥俄級，能夠發射24枚射程超過10000公裏的巨浪-3導彈。而其他諸如動力水平，靜音水平等，幾乎一無所知。
現在美國人知道了中國居然裝備了12艘之多的096型戰略核潛艇，顯然是中國海基戰略核威懾的關鍵組成部分，頭頂上的核陰雲感覺壓迫力十足。
另外中國不聲不響中已經裝備了7艘航空母艦，雖然總數隻有美國的一半，但是每一艘的作戰能力都不差，最強的幾艘002型航母足以跟美軍最新銳的尼米茲級相提并論。尼米茲級雖然是一個艦級，但實際個體差異性比較大，一些九萬多噸，一些近十萬噸，内部細節也不太相同。中國002型核動力航母的設計水平很高，外界認爲雖然其噸位稍小，但戰鬥效率不亞于美軍的幾艘近十萬噸的超大航母。
在中國的《國防白皮書》出爐後，美國知名大報《華爾街日報》刊登了一篇文章，題爲——中國厲兵秣馬，十年時間整軍備戰，世界和平堪憂。其他一些美國媒體也紛紛跟風報道，口徑也大體相同，再也沒有了十年前中美蜜月期時那種對中國的吹捧和信任了。
有著名的新聞記者寫道：“……最可怕的不是中國擁有的大量先進武器裝備，也不是中國人出色的戰争藝術和理論，可怕的是中國人到底是抱持怎樣的心理和目的的。我們無法想定是怎樣的思維讓這個國家借着經濟發展的紅利期，瘋狂地擴張着自己國家的軍事裝備，也無法想定當擁有了如此強大武力後，中國下一步會要去做些什麽。正因爲不知道，我們理所當然地恐懼，也同樣有足夠地理由去武裝自己，保護自己免于任何非正義的武裝襲擊。”
不管怎樣，美國今日面對的對手顯然是比當年之蘇聯還要難纏的對手，他們也許沒有蘇聯人更富侵略性，但明顯也更加的聰明，同時他們擁有比蘇聯強盛十倍的海軍，而這海軍的力量則嚴重威脅了美國的利益，甚至嚴重威脅了美國的本土。