這其實也暗合了真理軍的心理，他們要麽是一群剛拿起槍的烏合之衆，要麽也隻在遠東共和國草草訓練了幾個月，跟正規軍的自衛隊正面作戰，肯定是心虛。而遵循青木元爲其制定的城市遊擊戰方略，他們隻需要欺負普通平民或者警察，騷擾公務機關并搞破壞，而真正自衛隊前來的時候，他們則直接撒丫子走人，好不快活。
在轉變方略之後，青木元指揮了真理教武裝分子于東京都市圈，與進城的自衛隊大約一個師團的力量進行了周旋。在作戰之前，青木元特地破壞了東京的民用通信設施，這并不能對自衛隊形成影響，但是卻限制了東京居民爲自衛隊和政府通風報信的能力，同時也增強了城市的恐慌。
當人們大不了電話，甚至一些電網也被迫中斷，街上傳來零零散散的槍聲時，很多東京市民也顧不得埃博拉病毒的危險了，帶着家人和一些細軟，從家中逃出來，想要從戰區中撤離。公路上開始排起了車流長隊，也使得自衛隊的戰車難以在東京順利運轉，特别是90式主戰坦克這樣笨重的家夥，根本無法在城市戰中得到施展。
沒有辦法，自衛隊員們隻有放棄重型裝備，徒步進入東京市區，開始對真理軍進行圍剿和搜捕。可是這注定是自衛隊的噩夢，雖然真理軍不會打大仗，正面作戰也基本無能，但是搞這樣有心算無心的偷襲，卻是并不困難。
特别是真理軍士兵手中的武器，很多都是中國和前蘇聯出産的自衛隊神器，幾個家夥背着一門迫擊炮就出來了，看到遊蕩進城裏的自衛隊員，就支起小炮，朝着他們放一炮。60mm的迫炮炮彈威力不算太大，但是卻讓也沒怎麽經曆過戰争的自衛隊員大爲驚恐。往往真理軍放過幾下迫炮之後，就是輕重機槍在固定好的位置朝着自衛隊員掃射。
自衛隊員的戰争經驗甚至還不如一些真理教士兵，被這種打法打得神志不清，也損傷不小。或者有一些真理教士兵更加光棍，背着不用炮架的中國107火箭彈，直接用引信發射，一個人扛着兩個炮彈也能跑，看到自衛隊就開火。自衛隊被這種在城市的每個角落都可能出現敵人的戰鬥十分不适應，東京巷戰開始的10個小時内，自衛隊前線指揮官不得不向統合幕僚監部申請，以破壞建築物爲方式，爲自衛隊員們開道。
可是這樣的手段肯定不能實行，東京市是日本的精華所在，而且也是各大财團株式會社的利益所在，以日本這種盤根錯節的政商關系，富豪們得知自家寫字樓、旺鋪要被自衛隊拿炮彈炸掉，而且之後的賠償還沒有個定計，自然不能容許。而統合幕僚監部要做出以毀壞城市爲方式的決定，也是壓力重大，根本不可能實施下去。
在沒辦法有效在城市内部推進的時候，自衛隊隻能爲了避免造成更大的損傷，暫時停止了在東京更激進的攻擊手段，而是占據一些要點，開始準備步步爲營，跟真理教在東京繼續打下去。
這不能說是很笨的方法，隻能說是比較穩健的策略，可是這樣下去，東京必然成爲了雙方争奪的主戰場，而曠日持久的争奪，必然造成巨大的損失，不僅僅是在經濟上的。
除了在東京，日本其他一些地區的真理軍活動也同樣猖獗。他們跟在東京的方略差不多，雖然沒有老辣的指揮官青木元的帶領，但是打得也并不難看。聰明一點的基本上都能做到踩好點，當自衛隊來臨的時候，就立即撤退到避難之地。然後繼續在自衛隊無法顧及的一些地區活動，破壞政府，殺傷公務員，并裹挾信衆等。
這種強度的内戰，自衛隊的規模根本不足以應付，日本就算再小，也有大小市縣幾千，在一個縣混不下去了，以幾十人爲一個單位的真理軍立即轉向下一個縣活動，繼續搞他們的破壞。而真理軍所過之地，即便不算是滿目瘡痍，但造成的影響和傷害也是不小的。
最讓日本政府和自衛隊頭疼的就是，真理軍是奧姆真理教的軍事組織，而任何一個軍事力量，必須依靠于一個什麽基幹，才能夠發展下去。遊擊戰當年在中國可以執行，也是因爲有着群衆基礎。不斷擴張的真理教，雖然因爲與政府沖突而喪失了一部分信衆，但也有相當數量的人因爲病毒，或者單純信仰的問題，對奧姆真理教深信不疑。
而真理軍活動的地區，基本上都有奧姆真理教建立的地方教會的。在奧姆真理教公開反叛日本當局後，很多原本還留在外面的地方真理教教會都轉入了地下。一些真理教教徒都各自散布在不同的地方，看上去與平民無異，但是當真理軍和真理教需要他們的時候，他們便跳出來提供各種援助，包括提供物資，提供情報等。
這也使得自衛隊對于真理軍的清剿變得異常困難，就如同當年日軍在中國清剿土八路一樣，有民衆支持、遮掩的遊擊隊，很難消滅。更何況日本比之當年中國算得上是建築鱗次栉比、樓宇林立，而日本自衛隊根本沒有那麽多兵力可以一座座樓的排查過去。
當然，更麻煩的是，此時還是埃博拉病毒傳染爆發的時期，不少日本民衆對于來來回回穿進穿出，可能帶來病毒的自衛隊十分不歡迎，抱着不合作的态度，更拒絕讓自衛隊進入到他們家裏檢查。
自衛隊硬着頭皮強闖，就可能造成人身侵犯的問題，而很多真理軍還很賊，他們都是日本本地人，把武器藏在什麽地方，然後找提前安排的一些住所，假裝就是普通平民，日本自衛隊也根本分辨不出來，隻能幹瞪眼。
而且，在長達數月的對真理教的圍剿活動中，真理教也是不斷在壯大的。感染埃博拉病毒的人越來越多，而且戰争帶來的創傷更讓人恐懼且尋求寄托。顯然日本政府已經是個爛攤子了，不少人已經叫嚷着讓細川護熙下台，爲整個事件負責。但是按照戰時特殊的處理辦法，隻要細川護熙強撐着，别人也拿他沒有什麽辦法。
麻原彰晃派出的真理教傳教士在日本各地私下裏活動中，他們主要接觸那些生活在病毒和戰争恐懼中的人，然後秘密地将他們集中在私密的活動場所，進行一場集中式的洗腦，而這個過程中，大部分信衆都會成爲對真理教的狂信徒，并願意爲了信仰付出一切，真理教組織再遴選出一部分人放出去，秘密地爲真理軍的活動服務，而他們認爲還不夠忠誠和虔誠的信徒，則繼續進行洗腦教育。
戰事越來越糜爛，而日本仍舊對于埃博拉病毒束手無策，甚至在圍剿真理軍的過程中，一些自衛隊員也感染了埃博拉病毒，并造成了大量的非戰争傷亡。一些自衛隊員十分恐慌，他們随時可能被陰險的真理軍偷襲，而且還要防備着高緻死的病毒，任何的一次接觸都可能造成感染，從而喪失生命。
在跨過這個混亂的年關，進入1994年的時候，日本關西的一支自衛隊發生了嘩變，一群自衛官槍殺了上級，并且一哄而散，各自逃離了。反正現在因爲埃博拉病毒和真理教的緣故，日本各地政府已經處于半癱瘓的狀态之中了，就算是他們當了逃兵和罪犯，日本當局想要捉拿他們都不那麽容易，而且還有真理教要先處理，他們也輪不上。
于是，越來越多的日本自衛隊員開始當逃兵開小差，不再與真理軍作戰，而是偷偷地逃離，甚至一些人還是帶着武器彈藥離開的，這更造成了日本社會中武器更加流傳，增加了不安定的因素。
看着日本越來越敗壞，美國方面也絲毫沒有幫忙的意思。駐日美軍在煎熬了一段時日後，終于被克林頓宣布從日本暫時性全部撤離，從日本撤離的不僅僅還有駐日美軍，還有不少的外國僑民，這些僑民被各國組織的聯合撤僑船先是帶到海上進行隔離，超過40天沒有任何問題後，然後又撤到其他地方。
中國則把一些中國在日僑民先在海上隔離，然後又撤到台灣島進行觀察，最後确認沒問題再把他們送回各自故鄉。
日本就像是長得其醜無比，又一臉癞子的病人，全世界任何國家現在都唯恐避之不及，之前隻有病毒的時候還有一些國家派出醫療救援隊之類的組織幫忙，但與真理教的内戰爆發後，很多國家爲了避免本國人受傷害，就把能撤的人都撤走了。至于那些倒黴染上病毒的，就沒有什麽辦法了。
而顯然真理教的歪招還沒有使完。
麻原彰晃認爲現在雖然真理教和真理軍生命力依舊頑強，但實現他謀朝篡位的野心，恐怕并不是一朝一夕可以完成，所以麻原彰晃命令他的部屬們，增強埃博拉病毒的傳播，并且對一些地區發動可怕的毒氣攻擊。
真理教選定了一些人口相對稠密的地方，确保自己人并不在其中，隻不過由于擔心病毒，所以很難有人口大量密集的地方，好在真理教囤積了大量的化學武器，沙林毒氣之類都是成噸成噸的。這些化學武器攻擊往往發生在日本政府還比較有效控制的地區，主要殺傷對象其實還是日本官方，以及自衛隊。
倒是自衛隊都配備了三防服，對于毒氣的殺傷并不是很懼怕，但是普通人就相當麻煩了。在連續多日的沙林毒氣襲擊中，有超過一千人喪生，絕大部分都是平民。
細川護熙又趕忙發表聲明，譴責真理教的邪惡行徑，并第一次張口向世界各國請求援助，需要一切有必要的手段幫助日本解決埃博拉疫情危機以及******的奧姆真理教。
而麻原彰晃也不甘示弱，他宣稱：“舊世界沉破的秩序已經走到了盡頭，宇宙的規則我已看清，一切将要重新開始，末日天啓已經來臨，認不清形式的愚者，隻有被徹底毀滅一條路，隻有認同了我，認同了宇宙至高的真理，才能在末日中得到解脫，并生于全新而更美好的世界！”
他的觀點自然被正常人嗤之以鼻，但是很多對奧姆真理教中毒已深的信衆，對此卻是深信不疑，更多奧姆真理教教徒覺得那些不信他們的人，都是注定被消滅的東西，而他們對這些人的殺戮，将會是對邪惡存在的解脫，更是促進新世界的來臨，早日結束末日的方式。
日本也愈加混亂了。
期間，日本政府也俘獲過一些真理教的人士，也确實發現了他們對埃博拉病毒是免疫的。興奮萬分的日本醫學界人士想要用當初中國逆向開發狂人病毒疫苗的方式開發出埃博拉病毒的疫苗，可是十分奇怪，從這些免疫病毒的人身體裏提取的血清，卻沒法制造出任何疫苗。
而這種現象又更加助漲了奧姆真理教宣傳一切跟醫學無關，而是信仰才能讓末日中的人們得救。這更是忽悠了一批害怕死于病毒的日本人投入到了奧姆真理教的懷抱中，短短幾個月的時間，到1994年初，奧姆真理教的規模已經發展到了超過一百萬人。
而同時，日本因病毒、戰争死亡的人口也超過了10萬。