不過并不是所有的國家都離開了地球，别看如今已是二十三世紀，可是許多欠發達國家和地區仍然有許多人生活在原始的部落狀态，甚至還美其名曰原生态保護區。
即使是地球被亞特蘭蒂斯人控制的時期，亞特蘭蒂斯人也沒對這些原始地域産生任何一點興趣。
這些生活在原始狀态，憑刀耕漁獵過活的人類，根本不買政府的賬，也不懂什麽外星人入侵，除非将所有人都綁架，否則别指望他們主動走上戰艦。
偏偏各方面的嚴重滞後又反過來制約了這些國家和地區的撤離，哪怕遠征軍将運輸艦白送給他們，這些國家也湊不出合格的人後來操縱這些先進的飛船。以至于普通民衆壓根兒就沒人管，頂多是國家的高層和精英想方設法加入了移民大軍。除此之外，還有一些頑固的宗教分子或者其它一些原因不願意離開地球的人留下，這就完全屬于個例了，除非是掌握了重要機密，否則各國政府也不會強迫這些人離開。
當然也不是不管不顧任其自生自滅，凡是有能力的政府。基本上都将滞留人員送進了爲核災難建設的地下城，他們可以在那裏生活很長一段時間，或者在地下城老死，或者在地球城等到亞特蘭蒂斯人離開地球。
由于亞特蘭蒂斯人的占領和持續一年的撤離行動，各個國家的法律基本上成了無用的擺設，撤離的整個過程始終伴随着暴力和陰謀，小城市因爲放棄得早，雖然失去了人氣，但是建築和街道什麽的還算基本完整，承擔了國民集中任務的各大城市則完全是另外一番景象。
人流如織的大街開始變得冷冷清清。直到最後一個人也看不到；先是五光十色的霓虹燈失去了往日的光芒。接着街道的交通指示燈、路燈也不再點亮。白天入眼就是滿地的紙屑、随意丢棄的垃圾和翻倒的車輛；街邊的角落甚至大街上很容易找到慘死的路人，很多人早就變成了一堆白骨；烏鴉、野狗、野貓來往穿梭于鋼骨水泥的森林之中，用不了多久，這裏就會徹底變成它們的天堂。夜晚不管到了哪裏都是一片恍若鬼城般的死寂。任何一個有燈光的地方。都會招來不法之徒的頻繁光顧。凡是能夠逃掉的民衆全部提前逃到了空港。
隻有等待登上運輸船的空港是政府能夠有效控制的地方，在軍隊的強力彈壓之下，唯有這裏還有早已失去的秩序和法律。
總而言之。曾經處處繁華的勃勃生機已經遠離這片滄桑的大地，剩下的隻有冷寂和空曠。
當亞特蘭蒂斯人即将抵達的消息傳回地球，所有沒能完成撤離的國家不約而同地選擇了立即撤走，沒能及時撤離的國民，已經徹底顧不上了。
遠征軍的最後一支艦隊也撤到了位于太陽系邊緣，這裏有一顆掏空的小行星，小行星内部已經被機械人掏空了，巨大的内部空間足以容納兩支滿編艦隊的主力艦隊。
這裏是遠征軍駐太陽系的秘密基地，能爲艦隊提供必要的後勤支持。
遠征軍撤離後，留下了幾處關押亞特蘭蒂斯人的集中營，集中營時關押的俘虜并不多，但基本上都是情況部門留下的“暗樁”。
這些暗樁事先已經被情報部門進行了深層次的洗腦，暗樁自身的記憶中都沒有自己的身份信息，隻有在符合某些特殊條件的時候，位于記憶深層的身份信息才會主動顯現出來。
在情報部門的計劃裏，暗樁将永遠不會被激活，這些克隆人将徹底取代母本的身份在亞特蘭蒂斯人中生活下去，并通過殖入暗樁體内的各種微型儀器，将他們看到的、聽到的各種信息彙聚起來，發送給行星上空的遠程衛星，并最終送回基地星的總參二部。
爲了執行這個計劃，葉飛沖入亞特蘭蒂斯境内時留下的衛星，基本上都被情報部門秘密征用了，短時間内這些衛星應該夠用了。不過爲了防止将來這些克隆人分散的範圍擴大，情報部門已經做好了計劃，一旦共和國的戰艦再次進入亞特蘭蒂斯人領空，就會收到戰略指揮中心的直接命令，盡可能多地釋放僞裝好的遠程通訊衛星。
最後，爲了便于控制這個群體，軍方在集中營裏進行了一系列的操作，最終的目的就是讓這些冒牌貨在艱苦的歲月裏建立牢固的私人關系，這樣一來，即使這些克隆人回到了亞特蘭蒂斯境内，也會一直保持着聯系，形成一張特殊的關系網，從而讓軍方牢牢掌握住這張另類的“情報網”。
順便說一句，克隆間諜體内的微型儀器，是由一号實驗室開發的微型生物儀器，這些小東西都是由活生生的細胞構成，具備間諜需要的各種實用功能寄生體。
比如克隆間諜聲帶附近的組織裏都埋藏着一個豆粒大小的生物儀器，作用是收集供體的聲音。
再比如克隆間諜的大腦或者心髒的隐密處都有一個不足米粒大小的寄生體，這東西唯一的作用是被激活後釋放強力毒素，或者殺死大腦，或者殺死心髒，比任何一種藏在牙齒中的毒藥都要好用千百萬倍，而且作用時間短，見效快，絕對不給亞特蘭蒂斯人搶救的機會。
當然也不是所有的“儀器”都這樣小，負責發送電磁波的寄生體有兩個拳頭那麽大，幸好亞特蘭蒂斯人擁有四米半高的巨型身材，否則總參的情報人員甭想在克隆人身上找到合适的寄生位置。
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