這一戰朝廷大軍收獲太豐盛，繳獲的黃金白銀超過四千萬兩，糧食四萬多石，還有十多門紅夷大炮，以及數量不菲的虎蹲炮、弗朗機等等。
黃金白銀以及糧草，絕大部分都是李自成通過追饷令獲取的，如今全部歸于朝廷。
留守西安府城的孔友德、耿仲明和尚可喜三人全部被活捉，因爲看守漢軍軍士的疏忽，孔友德在營房裏面自盡身亡，新任陝西總兵黃得功請示朱慈烺之後，毫不留情的斬殺了耿仲明和尚可喜兩人。
如何處置被看押的近三萬原大順軍軍士，令黃得功頭疼，這些投降的軍士，早就被殺戮吓破了膽，進入軍中是不可能了，如果安置到地方上去，又需要有人看守，免得有些蠢蠢欲動之人從中作亂，還是朱慈烺一句話提醒了黃得功，這些大順軍的軍士，不久之前還是流民和百姓，讓他們回到地方去耕種土地，沒有多大的麻煩。
黃得功沒有多少學識，亦不會處理地方上的政務，也不耐煩做這些事，處置陝西各地事宜暫時以内閣大臣、兵部尚書史可法爲主，因爲需要處置的事情頗多，朱慈烺在西安府城停留了三天的時間。
陝西一地，嚴重缺乏地方官員，特别是地方的主官，史可法建議從南方各地抽調官吏進入陝西，擔任府州縣的主官，朱慈烺沒有采納這個建議，開年之後就是會試，朱慈烺内心已經有了定奪，在使用官員這件事情上面，他要拟出來全新的條陳，要對全國的各級主官進行全面的考核，徹底清理那些占着茅坑不拉屎的蠹蟲。
朱慈烺親筆寫下诏書，要求大同總兵姜骧前往西安府城，原徐州總兵胡華山出任大同總兵，至于說姜骧如何安排，朱慈烺還沒有考慮。
大同一地位置太過于關鍵，務必派遣得力之人駐守，至于說南直隸各地，不需要設立那麽多的總兵，譬如說廬州、徐州和鳳陽等地，不管是總督還是總兵，都要撤銷。
大戰之後剩下的十二萬多軍士，楊文聰率領其中兩萬人，已經趕往山東德州，黃得功麾下近三萬人全部留在陝西，胡華山率領兩萬人趕赴大同，其餘軍士跟随河南總兵孫明凱暫時返回河南，過了潼關之後，将交于四川總督馬士英指揮，進入四川徹底剿滅張獻忠。
史可法提出了建議，等候在湖廣鄖陽的鄧世秋，麾下有五萬軍士，馬士英若是率領十萬大軍近川，總兵力達到了十五萬人，剿滅張獻忠不需要如此之多的兵力，再說了，多爾衮若是真的領兵進攻山東德州，黃得功與胡華山率領的兵力進逼京城，看上去有些單薄，還是應該留下一部分兵力駐守河南，這樣陝西與河南兩地都能夠迅速穩定下來。
朱慈烺略微考慮之後，同意了史可法的提議，改由馬士英率領參加了馬欄山之戰的五萬精銳軍士進入四川，與鄧世秋率領的五萬大軍合兵一處，剿滅張獻忠，穩定四川的局勢。
征伐八旗軍的明軍還剩下五萬人，按照史可法的提議，其中兩萬人留在河南，歸于河南總兵孫明凱指揮，兩萬人暫時留在西安府城，準備進駐北直隸和京城，其餘一萬餘人跟随皇上前往南京。
作戰繳獲的糧食全部留下，陝西與河南兩省各自分配兩萬石，繳獲的黃金白銀，陝西與河南兩省各自留下五百萬兩，其餘全部押解到南京去，扣除需要撫恤和賞賜的部分，還可以省下一千五百萬兩白銀，戶部的日子能夠好過很多了。
因爲兵力的調動，馬士英率領等候的五萬軍士之中的三萬人經過潼關，抵達西安府城，其餘兩萬軍士原地等候，将要跟随河南總兵孫明凱前往開封和洛陽等地駐守。
西安府城沒有遭遇過多的破壞，這讓朱慈烺略微的松了一口氣。
走上城牆的時候，朱慈烺看着身邊的馬士英開口了。
“馬大人，明日你就要率領大軍進軍四川了，朕調撥給你的五萬軍士，全部參加了馬欄山之戰，他們徹底剿滅了八旗軍之中的正白旗與鑲白旗，經曆了慘烈的厮殺，強悍的戰鬥力得到了上下的認可，加上鄧世秋率領的五萬軍士，一共十萬人，朕相信你能夠以最快的速度，徹底剿滅張獻忠，穩定四川的局勢。”
“張獻忠号稱百萬大軍，其實也就是三十萬人左右，其中真正有戰鬥力的軍士不多，楊展率領的地方軍隊，都能夠打的張獻忠苦不堪言，可見其力量也就那麽回事，張獻忠的四個養子孫可望、劉文秀、李定國、艾能奇，聽聞戰鬥力不錯，特别是劉文秀和李定國，若是能夠招撫，盡量招緻麾下，讓他們爲朝廷效力。”
“四川地方的士紳富戶，因爲張獻忠的入侵，抱成團反抗，也爲朝廷出了一些力，穩定四川局勢的時候，切不可粗暴，要區别對待，對于那些冥頑不化、魚肉百姓、不服從朝廷調遣之士紳富戶，嚴懲不貸，不可手軟，且要抄沒他們的家産，以儆效尤。”
說到這裏，朱慈烺再次看向馬士英。
“馬大人，朕最爲痛恨的就是官吏貪墨、軍官克扣軍饷糧饷之行徑，遇見此等的行爲，不管是誰，不管他有多大的功勞，朕都是要嚴懲的，你此番率領大軍入川，統領四川的一切軍政民政事宜，在穩定四川局勢的同時，應該能夠查抄不少的錢糧，朕相信你不會動心，可還是擔心有人伸手，你一定記住，該賞賜的不要吝啬，該查抄的不要手軟，若是有人貪墨錢财，一律斬殺，治亂世用重典，如此才能夠震懾宵小，盡快穩定四川的局勢。”
馬士英用力的點點頭。
“皇上，臣記住了，臣一定竭盡全力，不辜負皇上之重托。”
朱慈烺拍了拍馬士英的肩膀。
“馬大人，朕相信你的能力，朕會看着你将四川治理的井井有條。”
朱慈烺的這句話，讓馬士英感激涕零，撲通的跪下了。
“臣竭盡全力，治理好四川，若是有違皇上囑托，萬死難辭其咎。”
朱慈烺伸手扶起了馬士英，看着馬士英眼睛裏面的淚光，感慨萬千，皇權的威嚴就是如此，簡單的幾句話可以讓人拼死效忠，曆史上的馬士英，被譽爲奸臣，名聲很不好，實事求是的說，南明時期的馬士英，掌握了權力之後，的确做了一些壞事情，導緻南明的半壁江山在最短時間之内陷落，可當時的南明第一任皇帝福王朱由崧，僅僅用昏庸來形容還不夠，可以說是混吃等死，荒淫無度，毫無作爲，跟着這樣的皇帝，好人都會變成壞人。
朱慈烺有着足夠的自信，能夠掌控馬士英和阮大铖這類的官員，而且他一般不會用那些特别清廉之人，譬如對于明朝時期的大清官海瑞，朱慈烺是絕對不會重用的，這種人不懂轉圜，認死理，缺乏署理政務和處理政事的能力，倒是将名譽看的特别重，這些特别清廉的官員可以用來裝點門面，想辦法供起來，就是不要讓他們掌控權力。
東林黨人和複社之人就是将沽名釣譽的行爲運作到了極緻，由此掌控了輿論，進而開始插手朝政，爲自身的小集團謀取最大的利益，導緻大明朝廷黨争不斷，朝中官吏隻認小集團，不認皇上和朝廷。
“馬大人，兵馬未動糧草先行，先前二十萬大軍征伐，還剩下不少的糧草，其中一半交付給你，足夠維持五萬大軍兩個月以上的開銷了，朕已經重新拟定軍士之俸祿，一會史大人會告知于你，你麾下有十萬大軍，朕調撥給你一百萬兩白銀，務必保證諸多将士的俸祿，若是有不足之部分，可在其他錢财之中予以開銷，總之一點，諸多的将士在爲朝廷拼命，朝廷就要讓他們沒有後顧之憂。”
馬士英連連點頭，臉微微有些紅，以前擔任鳳陽總督的時候，還是打過軍饷的主意，現在可不敢做這些事情了，不管怎麽說，都是腦袋重要。
“皇上，臣記住了，臣一會就去詢問史大人，一定按時給将士發放軍饷。”
朱慈烺點點頭，臉上露出了笑容。
“馬大人，朕想說的話其實很多，思來想去有些話不必說，你都是清楚的，朕還是那句話，完全相信你的能力，期盼你在最短時間之内剿滅張獻忠，将四川治理好，朕給你一年到兩年的時間，到時候朕在京城等着你歸來。”
朱慈烺剛剛說完，馬士英撲通再次跪下了。
不遠處的史可法和曹化淳等人，看着這一切，臉上悉數露出沉思的神情。